More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3553 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  93.56 
 
 
388 aa  756    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.61 
 
 
388 aa  639    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
388 aa  792    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  79.9 
 
 
388 aa  654    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  88.63 
 
 
388 aa  722    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  93.56 
 
 
388 aa  752    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  93.04 
 
 
388 aa  751    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.41 
 
 
389 aa  634    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  88.92 
 
 
388 aa  728    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  98.97 
 
 
388 aa  784    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.55 
 
 
388 aa  635    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.48 
 
 
388 aa  615  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.97 
 
 
387 aa  607  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.52 
 
 
387 aa  607  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  75.45 
 
 
387 aa  605  9.999999999999999e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  73.32 
 
 
389 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.74 
 
 
387 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.06 
 
 
389 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.32 
 
 
389 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  76.23 
 
 
387 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.23 
 
 
387 aa  599  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.68 
 
 
387 aa  596  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.97 
 
 
387 aa  595  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  75.2 
 
 
379 aa  586  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  61.48 
 
 
388 aa  492  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.24 
 
 
388 aa  480  1e-134  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  49.22 
 
 
388 aa  384  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  48.96 
 
 
389 aa  378  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.65 
 
 
386 aa  363  4e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.87 
 
 
388 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.39 
 
 
386 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.8 
 
 
389 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.26 
 
 
386 aa  342  8e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  47.56 
 
 
389 aa  329  6e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.58 
 
 
388 aa  328  7e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.58 
 
 
388 aa  328  7e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  48.06 
 
 
388 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.81 
 
 
384 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.33 
 
 
370 aa  135  1.9999999999999998e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.66 
 
 
398 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.03 
 
 
398 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.03 
 
 
398 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.03 
 
 
398 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.03 
 
 
398 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.03 
 
 
396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.43 
 
 
373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.64 
 
 
398 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.6 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.2 
 
 
398 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.18 
 
 
381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
369 aa  119  7.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.79 
 
 
421 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.46 
 
 
383 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.76 
 
 
375 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.22 
 
 
378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.7 
 
 
385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  27.78 
 
 
359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.7 
 
 
375 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.87 
 
 
378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.42 
 
 
389 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.65 
 
 
378 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.25 
 
 
369 aa  109  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.49 
 
 
367 aa  108  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.65 
 
 
396 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.85 
 
 
396 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.34 
 
 
379 aa  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.65 
 
 
381 aa  107  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.89 
 
 
369 aa  107  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.21 
 
 
381 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.34 
 
 
378 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.36 
 
 
384 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.36 
 
 
377 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  28.04 
 
 
383 aa  103  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.5 
 
 
389 aa  102  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.06 
 
 
378 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.33 
 
 
388 aa  100  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  27.08 
 
 
362 aa  99.8  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.29 
 
 
369 aa  96.7  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.97 
 
 
385 aa  96.7  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.03 
 
 
351 aa  96.3  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.48 
 
 
380 aa  95.9  1e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.96 
 
 
366 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
371 aa  95.5  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.4 
 
 
395 aa  94.4  3e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  27.6 
 
 
382 aa  93.6  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.31 
 
 
387 aa  93.2  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  28.43 
 
 
431 aa  93.2  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.65 
 
 
379 aa  92.8  9e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.96 
 
 
393 aa  92.4  1e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.47 
 
 
370 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.72 
 
 
374 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.03 
 
 
387 aa  92  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.98 
 
 
431 aa  91.3  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.38 
 
 
370 aa  90.9  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.08 
 
 
401 aa  90.1  7e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.36 
 
 
390 aa  89.7  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.66 
 
 
398 aa  89.7  8e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.13 
 
 
432 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.17 
 
 
400 aa  89  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.67 
 
 
380 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>