More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6388 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  93.56 
 
 
388 aa  752    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  90.21 
 
 
388 aa  740    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  79.18 
 
 
389 aa  639    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  78.61 
 
 
388 aa  647    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.09 
 
 
388 aa  639    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  89.66 
 
 
388 aa  728    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  94.07 
 
 
388 aa  761    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  95.1 
 
 
388 aa  766    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  93.56 
 
 
388 aa  753    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
388 aa  796    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.52 
 
 
388 aa  632  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.52 
 
 
387 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.48 
 
 
388 aa  613  9.999999999999999e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.26 
 
 
387 aa  607  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.94 
 
 
387 aa  604  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  74.68 
 
 
387 aa  605  9.999999999999999e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.45 
 
 
387 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.02 
 
 
389 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.9 
 
 
387 aa  597  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  71.5 
 
 
389 aa  594  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.76 
 
 
389 aa  597  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  74.42 
 
 
387 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.42 
 
 
387 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  74.93 
 
 
379 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  60.42 
 
 
388 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.05 
 
 
388 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  49.48 
 
 
389 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  48.96 
 
 
388 aa  386  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.27 
 
 
388 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.29 
 
 
389 aa  351  1e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.74 
 
 
386 aa  351  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50 
 
 
386 aa  348  7e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.53 
 
 
386 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  47.69 
 
 
389 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  48.53 
 
 
388 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.66 
 
 
388 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.66 
 
 
388 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.82 
 
 
384 aa  162  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.89 
 
 
370 aa  127  4.0000000000000003e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.76 
 
 
398 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.78 
 
 
398 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.76 
 
 
398 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.76 
 
 
398 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.76 
 
 
398 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.49 
 
 
398 aa  122  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.36 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.22 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.49 
 
 
396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.73 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.74 
 
 
383 aa  113  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.98 
 
 
421 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.32 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.24 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.11 
 
 
375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.21 
 
 
381 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.69 
 
 
378 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.11 
 
 
375 aa  108  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.21 
 
 
396 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.03 
 
 
396 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.54 
 
 
378 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.91 
 
 
385 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.93 
 
 
389 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.12 
 
 
378 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
367 aa  105  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.15 
 
 
381 aa  105  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  26.9 
 
 
359 aa  104  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.88 
 
 
378 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.54 
 
 
384 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.95 
 
 
369 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.39 
 
 
378 aa  103  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.68 
 
 
377 aa  100  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
379 aa  99.8  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
369 aa  99.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.44 
 
 
389 aa  96.7  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.86 
 
 
366 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  25.91 
 
 
383 aa  94  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.74 
 
 
380 aa  94  5e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.34 
 
 
351 aa  94  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  27.08 
 
 
382 aa  93.2  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  27.33 
 
 
362 aa  93.2  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.65 
 
 
379 aa  92.8  9e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25 
 
 
369 aa  92.8  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.16 
 
 
389 aa  92  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.47 
 
 
388 aa  91.3  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.58 
 
 
370 aa  90.5  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  27.8 
 
 
431 aa  90.1  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.84 
 
 
385 aa  90.1  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.06 
 
 
453 aa  89.7  7e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.41 
 
 
374 aa  89.4  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.45 
 
 
387 aa  89.4  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.6 
 
 
380 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.2 
 
 
431 aa  88.6  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.75 
 
 
371 aa  88.6  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.75 
 
 
393 aa  87.8  3e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.2 
 
 
370 aa  87  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.56 
 
 
435 aa  87  6e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.61 
 
 
372 aa  86.3  8e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.98 
 
 
376 aa  86.3  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.92 
 
 
398 aa  85.5  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.08 
 
 
432 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>