More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0800 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  97.15 
 
 
386 aa  707    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  83.76 
 
 
388 aa  646    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
386 aa  770    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  85.49 
 
 
386 aa  631  1e-180  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  84.02 
 
 
388 aa  621  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  83.76 
 
 
388 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  65.52 
 
 
389 aa  471  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  65.54 
 
 
388 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.65 
 
 
388 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  52.33 
 
 
387 aa  373  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.39 
 
 
388 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.32 
 
 
388 aa  368  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.32 
 
 
388 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.52 
 
 
387 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  48.84 
 
 
388 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.32 
 
 
388 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.85 
 
 
387 aa  364  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.74 
 
 
388 aa  363  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  52.07 
 
 
387 aa  361  1e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.32 
 
 
388 aa  361  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.74 
 
 
387 aa  360  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.3 
 
 
387 aa  360  3e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.07 
 
 
387 aa  359  4e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.87 
 
 
388 aa  355  5.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.93 
 
 
389 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  48.19 
 
 
389 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.3 
 
 
387 aa  352  7e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.41 
 
 
389 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.71 
 
 
388 aa  344  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.32 
 
 
388 aa  342  5.999999999999999e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.42 
 
 
389 aa  338  8e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  47.48 
 
 
388 aa  335  7e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  50.28 
 
 
379 aa  333  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.1 
 
 
388 aa  302  5.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  41.18 
 
 
389 aa  289  6e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  39.22 
 
 
388 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  39.95 
 
 
389 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
398 aa  95.1  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.04 
 
 
373 aa  95.1  2e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.34 
 
 
390 aa  94  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.51 
 
 
369 aa  93.6  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.73 
 
 
384 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.35 
 
 
385 aa  92  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.22 
 
 
398 aa  90.5  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.33 
 
 
398 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.33 
 
 
398 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.33 
 
 
398 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.33 
 
 
398 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.78 
 
 
396 aa  89.7  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.9 
 
 
398 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  30.97 
 
 
362 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.74 
 
 
378 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.06 
 
 
396 aa  82.8  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.58 
 
 
383 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
396 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.67 
 
 
381 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.94 
 
 
405 aa  82  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.33 
 
 
421 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.49 
 
 
378 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.62 
 
 
377 aa  77  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.11 
 
 
369 aa  77  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.66 
 
 
379 aa  76.3  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.54 
 
 
389 aa  76.3  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4480  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.76 
 
 
409 aa  75.9  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.38 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  25.91 
 
 
359 aa  74.3  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.8 
 
 
378 aa  74.7  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.72 
 
 
375 aa  73.9  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.81 
 
 
378 aa  73.6  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.87 
 
 
370 aa  73.6  0.000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2579  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.01 
 
 
405 aa  72  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.42 
 
 
401 aa  72.4  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.95 
 
 
377 aa  72.4  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.64 
 
 
428 aa  72.8  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.967336  normal  0.603396 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1145  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.76 
 
 
412 aa  71.6  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.35 
 
 
366 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.39 
 
 
378 aa  72  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.58 
 
 
381 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.06 
 
 
377 aa  71.2  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356872  normal  0.166182 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.26 
 
 
367 aa  70.9  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.12 
 
 
384 aa  70.5  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.37 
 
 
382 aa  70.5  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1300  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.03 
 
 
412 aa  70.5  0.00000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.57 
 
 
373 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.54 
 
 
381 aa  70.1  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1155  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.68 
 
 
412 aa  70.1  0.00000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.516862  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2242  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.57 
 
 
412 aa  70.1  0.00000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.464149  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  24.24 
 
 
383 aa  69.3  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.74 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
370 aa  68.2  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.29 
 
 
366 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.71 
 
 
370 aa  67.8  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.42 
 
 
369 aa  67.8  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.24 
 
 
366 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.21 
 
 
385 aa  67  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3682  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.63 
 
 
384 aa  66.2  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.71 
 
 
435 aa  66.2  0.0000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2654  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.11 
 
 
412 aa  66.2  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.55 
 
 
366 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.89 
 
 
379 aa  65.1  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>