More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1172 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  82.32 
 
 
387 aa  644    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  100 
 
 
379 aa  779    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.43 
 
 
387 aa  657    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  84.08 
 
 
387 aa  655    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  82.01 
 
 
387 aa  639    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.62 
 
 
387 aa  657    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  81.22 
 
 
387 aa  641    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  82.76 
 
 
387 aa  646    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  80.95 
 
 
387 aa  640    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.04 
 
 
388 aa  607  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.32 
 
 
389 aa  597  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.78 
 
 
388 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.73 
 
 
388 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.73 
 
 
388 aa  594  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  74.93 
 
 
388 aa  589  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.2 
 
 
388 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.2 
 
 
388 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  74.41 
 
 
388 aa  585  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.93 
 
 
388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  73.28 
 
 
388 aa  579  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.82 
 
 
388 aa  577  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  70.29 
 
 
389 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.76 
 
 
389 aa  551  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.76 
 
 
389 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  60.6 
 
 
388 aa  457  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.16 
 
 
388 aa  439  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  48.15 
 
 
389 aa  358  7e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  47.59 
 
 
388 aa  356  5e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  48.52 
 
 
389 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.06 
 
 
388 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.45 
 
 
388 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.45 
 
 
388 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.3 
 
 
386 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.28 
 
 
386 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50.56 
 
 
386 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  50.14 
 
 
388 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  49.44 
 
 
389 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.87 
 
 
384 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.15 
 
 
373 aa  116  7.999999999999999e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.4 
 
 
398 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.6 
 
 
398 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.6 
 
 
398 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.6 
 
 
398 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.67 
 
 
396 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.6 
 
 
398 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.92 
 
 
369 aa  102  9e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.6 
 
 
398 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.6 
 
 
398 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.16 
 
 
377 aa  101  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.1 
 
 
389 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.79 
 
 
370 aa  97.8  3e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
421 aa  97.1  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.13 
 
 
383 aa  96.7  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.8 
 
 
381 aa  96.7  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.65 
 
 
367 aa  96.3  9e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.61 
 
 
390 aa  94.7  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1012  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.87 
 
 
384 aa  92.8  8e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.38 
 
 
374 aa  92.8  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.46 
 
 
385 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.66 
 
 
384 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.07 
 
 
378 aa  92.4  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
369 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.15 
 
 
375 aa  90.5  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.89 
 
 
389 aa  90.5  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.78 
 
 
375 aa  89.4  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.72 
 
 
378 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.98 
 
 
378 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  28.49 
 
 
359 aa  87.8  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.53 
 
 
396 aa  87.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.82 
 
 
380 aa  87.4  4e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.59 
 
 
396 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  31.72 
 
 
383 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.12 
 
 
366 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.33 
 
 
379 aa  84  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.71 
 
 
378 aa  84.3  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.67 
 
 
453 aa  84  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.8 
 
 
381 aa  83.6  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
380 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  26.52 
 
 
431 aa  82.8  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.01 
 
 
405 aa  81.3  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.03 
 
 
387 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.7 
 
 
351 aa  82  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25 
 
 
378 aa  82  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  28.26 
 
 
362 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.72 
 
 
366 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.81 
 
 
379 aa  79.7  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  28.48 
 
 
391 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  21.51 
 
 
356 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.13 
 
 
381 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.4 
 
 
363 aa  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.63 
 
 
369 aa  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.4 
 
 
389 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.09 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.03 
 
 
366 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  28.67 
 
 
382 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2215  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.74 
 
 
378 aa  76.6  0.0000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.133795  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.75 
 
 
371 aa  77  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  28.16 
 
 
391 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.51 
 
 
369 aa  76.6  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.53 
 
 
390 aa  76.3  0.0000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>