More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2553 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.86 
 
 
432 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.73 
 
 
432 aa  656    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3515  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  69.98 
 
 
433 aa  644    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000711925  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.14 
 
 
442 aa  644    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  72.9 
 
 
432 aa  670    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
434 aa  899    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3012  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  73.15 
 
 
435 aa  661    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2815  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  94.19 
 
 
436 aa  847    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.143363  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2951  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.82 
 
 
437 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.364706  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.67 
 
 
437 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  65.89 
 
 
438 aa  609  1e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.28 
 
 
425 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.55 
 
 
425 aa  599  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.55 
 
 
425 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  67.31 
 
 
425 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.31 
 
 
425 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.49 
 
 
431 aa  591  1e-168  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.59 
 
 
425 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  64.76 
 
 
425 aa  588  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.83 
 
 
425 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.76 
 
 
425 aa  588  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  64.76 
 
 
425 aa  588  1e-167  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  66.43 
 
 
427 aa  586  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2831  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  65.69 
 
 
411 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236635  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.32 
 
 
425 aa  583  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2104  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  63.26 
 
 
431 aa  578  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.429752  normal  0.478191 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.09 
 
 
426 aa  580  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.47 
 
 
426 aa  577  1.0000000000000001e-163  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  63.66 
 
 
431 aa  571  1.0000000000000001e-162  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6044  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.29 
 
 
425 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.946493 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7202  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.05 
 
 
425 aa  569  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0303573 
 
 
-
 
NC_004310  BR0245  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.81 
 
 
425 aa  566  1e-160  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.33 
 
 
425 aa  565  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0238  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.57 
 
 
451 aa  563  1.0000000000000001e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5129  hypothetical protein  63.06 
 
 
429 aa  561  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.1 
 
 
425 aa  555  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0878  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.2 
 
 
426 aa  553  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.83 
 
 
437 aa  543  1e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.66 
 
 
453 aa  537  1e-151  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.77 
 
 
453 aa  531  1e-150  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06035  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09810)  57.18 
 
 
451 aa  527  1e-148  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.67 
 
 
431 aa  526  1e-148  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.91 
 
 
444 aa  526  1e-148  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01020  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  55.99 
 
 
472 aa  523  1e-147  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.629016  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.34 
 
 
470 aa  522  1e-147  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3391  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  59.1 
 
 
425 aa  520  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  58.88 
 
 
439 aa  521  1e-146  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.2 
 
 
435 aa  515  1.0000000000000001e-145  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.45 
 
 
448 aa  487  1e-136  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0366  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  54.08 
 
 
440 aa  474  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00640  L-fuconate dehydratase  53.66 
 
 
442 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1860  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.26 
 
 
408 aa  381  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.24 
 
 
413 aa  347  3e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.51 
 
 
371 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.78 
 
 
370 aa  133  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.24 
 
 
376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  29.9 
 
 
362 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.44 
 
 
372 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.44 
 
 
372 aa  124  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.85 
 
 
369 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.61 
 
 
378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.46 
 
 
390 aa  121  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.81 
 
 
370 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.1 
 
 
369 aa  117  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.04 
 
 
375 aa  117  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.76 
 
 
375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.71 
 
 
374 aa  112  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  39.1 
 
 
359 aa  111  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  29.58 
 
 
383 aa  110  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.82 
 
 
398 aa  109  8.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.82 
 
 
398 aa  109  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.18 
 
 
384 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.05 
 
 
398 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.08 
 
 
377 aa  106  6e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
369 aa  107  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.43 
 
 
396 aa  106  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  39.39 
 
 
398 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  39.39 
 
 
398 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  39.39 
 
 
398 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.8 
 
 
377 aa  106  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  39.39 
 
 
398 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  43.97 
 
 
351 aa  106  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.38 
 
 
379 aa  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.85 
 
 
382 aa  103  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.88 
 
 
378 aa  103  8e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 
389 aa  102  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.68 
 
 
380 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.6 
 
 
373 aa  102  2e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.2 
 
 
390 aa  102  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.38 
 
 
389 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.04 
 
 
385 aa  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
362 aa  101  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
367 aa  100  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.51 
 
 
368 aa  100  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  24.83 
 
 
361 aa  99.8  8e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.03 
 
 
358 aa  99.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0857  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.63 
 
 
365 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5689  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.09 
 
 
392 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.905556 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.97 
 
 
381 aa  98.6  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0809  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
365 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>