More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1860 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1860  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
408 aa  850    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.32 
 
 
413 aa  557  1e-157  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.26 
 
 
434 aa  381  1e-104  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2815  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.5 
 
 
436 aa  380  1e-104  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.143363  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3012  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  45.12 
 
 
435 aa  378  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.89 
 
 
442 aa  374  1e-102  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3515  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  45.28 
 
 
433 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000711925  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  46.8 
 
 
431 aa  368  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  43.45 
 
 
432 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  43.58 
 
 
438 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.79 
 
 
431 aa  367  1e-100  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2951  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.66 
 
 
437 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.364706  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.93 
 
 
437 aa  361  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.72 
 
 
432 aa  360  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.96 
 
 
432 aa  358  7e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.17 
 
 
425 aa  358  9e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.93 
 
 
425 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.45 
 
 
425 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.96 
 
 
425 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.69 
 
 
425 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.28 
 
 
437 aa  355  1e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.46 
 
 
435 aa  354  1e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  43.45 
 
 
425 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.45 
 
 
425 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.79 
 
 
431 aa  353  4e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.12 
 
 
425 aa  352  5.9999999999999994e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  41.89 
 
 
425 aa  351  1e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  41.89 
 
 
425 aa  351  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.89 
 
 
425 aa  351  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2104  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  43.41 
 
 
431 aa  350  3e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.429752  normal  0.478191 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2831  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  44.3 
 
 
411 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236635  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7202  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.82 
 
 
425 aa  348  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0303573 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00640  L-fuconate dehydratase  44.12 
 
 
442 aa  348  1e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.75 
 
 
470 aa  347  3e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.82 
 
 
444 aa  347  3e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.72 
 
 
453 aa  345  8.999999999999999e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6044  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.09 
 
 
425 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.946493 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  41.36 
 
 
427 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5129  hypothetical protein  41.85 
 
 
429 aa  341  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.34 
 
 
425 aa  339  4e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.28 
 
 
453 aa  338  7e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0366  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  43.48 
 
 
440 aa  338  9e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.95 
 
 
426 aa  338  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.26 
 
 
426 aa  337  1.9999999999999998e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3391  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  41.19 
 
 
425 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.404506 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06035  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09810)  41.71 
 
 
451 aa  336  5e-91  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  42.48 
 
 
439 aa  335  7.999999999999999e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0878  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.67 
 
 
426 aa  335  1e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.16 
 
 
448 aa  333  3e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0245  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.61 
 
 
425 aa  333  4e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01020  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  40.47 
 
 
472 aa  333  4e-90  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.629016  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.88 
 
 
425 aa  333  5e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0238  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.36 
 
 
451 aa  330  4e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.2 
 
 
376 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.35 
 
 
371 aa  155  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.13 
 
 
370 aa  144  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.09 
 
 
369 aa  142  9e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.53 
 
 
372 aa  138  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.27 
 
 
372 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.01 
 
 
370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
375 aa  130  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.45 
 
 
375 aa  127  3e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.71 
 
 
390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.37 
 
 
369 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.73 
 
 
396 aa  124  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.65 
 
 
396 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.65 
 
 
396 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.1 
 
 
398 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.94 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.45 
 
 
398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  35.82 
 
 
359 aa  121  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.18 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.18 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.18 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.18 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.81 
 
 
398 aa  120  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  26.1 
 
 
362 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.88 
 
 
421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.22 
 
 
383 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.9 
 
 
385 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.3 
 
 
358 aa  113  8.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.22 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.24 
 
 
362 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.93 
 
 
381 aa  109  8.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.59 
 
 
367 aa  108  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  28.14 
 
 
383 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.4 
 
 
378 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.67 
 
 
378 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.04 
 
 
379 aa  106  7e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.36 
 
 
367 aa  103  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.91 
 
 
378 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.55 
 
 
377 aa  103  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.3 
 
 
351 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.14 
 
 
369 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.67 
 
 
384 aa  102  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.82 
 
 
390 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0809  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.44 
 
 
365 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.87 
 
 
377 aa  100  3e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.97 
 
 
390 aa  100  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  24.78 
 
 
391 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>