More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4969 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011366  Rleg2_6044  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  87.74 
 
 		 425 aa  787    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.946493 
 
 
-
 
NC_004310  BR0245  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  85.41 
 
 		 425 aa  762    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.06 
 
 		 425 aa  686    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  70.75 
 
 		 425 aa  658    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7202  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  88.47 
 
 		 425 aa  793    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0303573 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.35 
 
 		 425 aa  676    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  73.65 
 
 		 427 aa  679    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.29 
 
 		 425 aa  684    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  70.75 
 
 		 425 aa  658    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.75 
 
 		 425 aa  658    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.71 
 
 		 425 aa  761    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3391  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  71.63 
 
 		 425 aa  638    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  75.06 
 
 		 425 aa  682    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.59 
 
 		 426 aa  688    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5129  hypothetical protein  83.92 
 
 		 429 aa  759    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 425 aa  873    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.82 
 
 		 425 aa  681    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.53 
 
 		 425 aa  685    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0238  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  85.18 
 
 		 451 aa  759    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.06 
 
 		 425 aa  682    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.76 
 
 		 425 aa  649    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.66 
 
 		 426 aa  655    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0878  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.94 
 
 		 426 aa  624  1e-178  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.1 
 
 		 434 aa  555  1e-157  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  62.26 
 
 		 432 aa  551  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2815  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.71 
 
 		 436 aa  551  1e-156  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.143363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.08 
 
 		 432 aa  543  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.67 
 
 		 431 aa  540  9.999999999999999e-153  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.38 
 
 		 432 aa  536  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2951  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.95 
 
 		 437 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.364706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3012  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  60.81 
 
 		 435 aa  536  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.38 
 
 		 442 aa  533  1e-150  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.48 
 
 		 437 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.56 
 
 		 437 aa  528  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.66 
 
 		 453 aa  530  1e-149  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3515  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  58.96 
 
 		 433 aa  526  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000711925  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  60.1 
 
 		 431 aa  522  1e-147  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  58.35 
 
 		 438 aa  518  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06035  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09810)  57.04 
 
 		 451 aa  513  1e-144  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.92 
 
 		 435 aa  512  1e-144  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2104  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  56.26 
 
 		 431 aa  513  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.429752  normal  0.478191 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.76 
 
 		 444 aa  510  1e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.31 
 
 		 470 aa  509  1e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.08 
 
 		 453 aa  508  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2831  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  58.4 
 
 		 411 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  57.55 
 
 		 439 aa  498  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.37 
 
 		 431 aa  499  1e-140  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00640  L-fuconate dehydratase  56.03 
 
 		 442 aa  485  1e-136  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01020  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  52.88 
 
 		 472 aa  484  1e-135  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.629016  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0366  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  54.35 
 
 		 440 aa  479  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.85 
 
 		 448 aa  479  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1860  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.88 
 
 		 408 aa  333  5e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.47 
 
 		 413 aa  315  9e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.24 
 
 		 371 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.36 
 
 		 376 aa  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.24 
 
 		 372 aa  123  7e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.28 
 
 		 370 aa  123  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.24 
 
 		 372 aa  122  9e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.12 
 
 		 369 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.51 
 
 		 390 aa  112  9e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  28.12 
 
 		 362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.08 
 
 		 384 aa  110  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.85 
 
 		 396 aa  110  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.93 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.03 
 
 		 379 aa  107  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.21 
 
 		 398 aa  106  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.98 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.19 
 
 		 370 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.52 
 
 		 390 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.88 
 
 		 398 aa  103  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.72 
 
 		 375 aa  103  8e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.4 
 
 		 389 aa  103  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.56 
 
 		 398 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.56 
 
 		 398 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.56 
 
 		 398 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.56 
 
 		 398 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  28.98 
 
 		 359 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.72 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.69 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.97 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.88 
 
 		 398 aa  100  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.93 
 
 		 378 aa  100  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.94 
 
 		 381 aa  99.8  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.61 
 
 		 378 aa  99.8  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.47 
 
 		 370 aa  99.4  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.16 
 
 		 374 aa  99.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.23 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  26.21 
 
 		 383 aa  98.6  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.4 
 
 		 381 aa  98.2  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0857  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 		 365 aa  97.1  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.63 
 
 		 382 aa  97.1  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.35 
 
 		 373 aa  95.5  1e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.03 
 
 		 377 aa  95.9  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 		 365 aa  96.3  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.583508  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0773  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.39 
 
 		 366 aa  95.5  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.9 
 
 		 382 aa  95.1  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0947  mandelate racemase  29.39 
 
 		 366 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215309  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.16 
 
 		 369 aa  95.1  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0785  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.39 
 
 		 366 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.244096  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.82 
 
 		 389 aa  95.5  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>