More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3391 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009505  BOV_0238  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.63 
 
 
451 aa  635    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0245  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.7 
 
 
425 aa  637    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.47 
 
 
425 aa  659    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.47 
 
 
425 aa  657    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  71.23 
 
 
427 aa  637    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3391  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  100 
 
 
425 aa  873    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  74.47 
 
 
425 aa  658    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.11 
 
 
426 aa  648    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0878  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.33 
 
 
426 aa  636    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.63 
 
 
425 aa  638    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74 
 
 
425 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.47 
 
 
425 aa  654    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.47 
 
 
425 aa  658    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74 
 
 
425 aa  650    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7202  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.63 
 
 
425 aa  634  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0303573 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.99 
 
 
425 aa  634  1e-180  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6044  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.63 
 
 
425 aa  629  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.946493 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.92 
 
 
425 aa  627  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5129  hypothetical protein  69.98 
 
 
429 aa  625  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.79 
 
 
425 aa  616  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  68.79 
 
 
425 aa  616  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  68.79 
 
 
425 aa  616  1e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.97 
 
 
426 aa  609  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.76 
 
 
431 aa  562  1.0000000000000001e-159  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.42 
 
 
432 aa  542  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3515  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  60.42 
 
 
433 aa  542  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000711925  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3012  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  59.81 
 
 
435 aa  542  1e-153  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  60.99 
 
 
431 aa  540  9.999999999999999e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.78 
 
 
442 aa  538  9.999999999999999e-153  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  60.19 
 
 
432 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2951  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.53 
 
 
437 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.364706  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.29 
 
 
437 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  59.11 
 
 
438 aa  530  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.25 
 
 
432 aa  531  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2815  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.1 
 
 
436 aa  524  1e-147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.143363  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.1 
 
 
434 aa  520  1e-146  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.31 
 
 
431 aa  516  1.0000000000000001e-145  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2104  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  58.16 
 
 
431 aa  516  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.429752  normal  0.478191 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06035  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09810)  58.14 
 
 
451 aa  512  1e-144  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.81 
 
 
435 aa  512  1e-144  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.72 
 
 
437 aa  512  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2831  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  59.2 
 
 
411 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236635  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.71 
 
 
453 aa  499  1e-140  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.4 
 
 
444 aa  492  9.999999999999999e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  55.27 
 
 
439 aa  493  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.09 
 
 
453 aa  494  9.999999999999999e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.14 
 
 
470 aa  486  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.82 
 
 
448 aa  485  1e-136  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00640  L-fuconate dehydratase  53.65 
 
 
442 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01020  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  48.67 
 
 
472 aa  457  1e-127  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.629016  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0366  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  53.97 
 
 
440 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1860  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.19 
 
 
408 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.66 
 
 
413 aa  332  1e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.5 
 
 
371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.16 
 
 
370 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.96 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.6 
 
 
370 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.69 
 
 
372 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.93 
 
 
376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.19 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.22 
 
 
378 aa  111  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.06 
 
 
369 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.56 
 
 
377 aa  107  4e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.61 
 
 
390 aa  106  7e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.35 
 
 
396 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  26.74 
 
 
362 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.02 
 
 
398 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.35 
 
 
398 aa  104  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.96 
 
 
389 aa  103  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.51 
 
 
381 aa  100  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.35 
 
 
398 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.76 
 
 
351 aa  100  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  35.54 
 
 
398 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  35.54 
 
 
398 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  35.54 
 
 
398 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  35.54 
 
 
398 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.94 
 
 
379 aa  95.5  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.98 
 
 
366 aa  93.6  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.71 
 
 
358 aa  93.2  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0947  mandelate racemase  29.92 
 
 
366 aa  93.2  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215309  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0785  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.92 
 
 
366 aa  93.2  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.244096  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.83 
 
 
367 aa  92.8  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0773  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.92 
 
 
366 aa  92.8  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.4 
 
 
378 aa  91.3  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  30.22 
 
 
359 aa  90.5  5e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.49 
 
 
384 aa  90.5  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.67 
 
 
382 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.14 
 
 
377 aa  88.6  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.98 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  27.27 
 
 
383 aa  87.8  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.27 
 
 
375 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.04 
 
 
369 aa  87  6e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.37 
 
 
363 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.08 
 
 
378 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0857  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.8 
 
 
365 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.8 
 
 
365 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.583508  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.99 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.93 
 
 
373 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.28 
 
 
381 aa  85.5  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.4 
 
 
401 aa  84.7  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>