More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4449 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5129  hypothetical protein  74.47 
 
 
429 aa  678    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0245  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.29 
 
 
425 aa  687    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.98 
 
 
426 aa  761    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  76.42 
 
 
425 aa  702    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0878  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.76 
 
 
426 aa  678    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  95.29 
 
 
425 aa  835    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  79.29 
 
 
427 aa  722    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  76.42 
 
 
425 aa  702    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3391  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  74 
 
 
425 aa  650    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  96.24 
 
 
425 aa  843    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  96.47 
 
 
425 aa  845    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.42 
 
 
425 aa  702    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6044  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.24 
 
 
425 aa  682    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.946493 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  79.29 
 
 
425 aa  710    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
425 aa  872    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  93.18 
 
 
425 aa  820    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  96.24 
 
 
425 aa  843    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  98.82 
 
 
425 aa  863    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.53 
 
 
425 aa  685    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0238  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.06 
 
 
451 aa  684    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.93 
 
 
426 aa  706    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.82 
 
 
425 aa  685    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7202  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.29 
 
 
425 aa  687    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0303573 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.83 
 
 
434 aa  588  1e-167  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2815  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.86 
 
 
436 aa  581  1e-164  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.143363  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.15 
 
 
431 aa  580  1e-164  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3515  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  64.93 
 
 
433 aa  578  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000711925  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  64.86 
 
 
432 aa  581  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.42 
 
 
442 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.15 
 
 
432 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3012  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  64.05 
 
 
435 aa  569  1e-161  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.15 
 
 
432 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.23 
 
 
437 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2951  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.23 
 
 
437 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.364706  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.59 
 
 
453 aa  547  1e-154  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2104  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  60.43 
 
 
431 aa  543  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.429752  normal  0.478191 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  60.24 
 
 
438 aa  544  1e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.21 
 
 
437 aa  541  9.999999999999999e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2831  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  62.16 
 
 
411 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236635  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  61.43 
 
 
431 aa  534  1e-150  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06035  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09810)  60.28 
 
 
451 aa  526  1e-148  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.91 
 
 
431 aa  527  1e-148  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.69 
 
 
470 aa  525  1e-148  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.71 
 
 
453 aa  523  1e-147  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.81 
 
 
435 aa  524  1e-147  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  59.2 
 
 
439 aa  506  9.999999999999999e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.96 
 
 
444 aa  501  1e-140  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01020  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  53.88 
 
 
472 aa  494  9.999999999999999e-139  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.629016  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0366  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  57.14 
 
 
440 aa  487  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.03 
 
 
448 aa  487  1e-136  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00640  L-fuconate dehydratase  56.74 
 
 
442 aa  483  1e-135  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1860  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.93 
 
 
408 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.53 
 
 
413 aa  322  9.999999999999999e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.57 
 
 
376 aa  133  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.12 
 
 
371 aa  133  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.18 
 
 
372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.18 
 
 
372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.47 
 
 
370 aa  127  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.51 
 
 
370 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.68 
 
 
398 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.68 
 
 
398 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.68 
 
 
398 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.68 
 
 
398 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.41 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.09 
 
 
398 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.25 
 
 
369 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.45 
 
 
390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.12 
 
 
374 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  39.18 
 
 
359 aa  114  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.85 
 
 
377 aa  114  4.0000000000000004e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.87 
 
 
370 aa  113  5e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.97 
 
 
369 aa  114  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  28.33 
 
 
383 aa  113  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.82 
 
 
398 aa  112  9e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.12 
 
 
375 aa  110  6e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.77 
 
 
378 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.73 
 
 
381 aa  107  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
358 aa  107  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.92 
 
 
381 aa  106  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.16 
 
 
362 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.21 
 
 
384 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  27.23 
 
 
362 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
377 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.56 
 
 
378 aa  104  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  29.22 
 
 
361 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.81 
 
 
369 aa  102  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.45 
 
 
367 aa  101  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.67 
 
 
389 aa  101  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.19 
 
 
421 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.63 
 
 
375 aa  100  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.09 
 
 
373 aa  98.2  2e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.45 
 
 
366 aa  98.6  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 
379 aa  98.6  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.79 
 
 
380 aa  99  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.67 
 
 
378 aa  98.6  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.44 
 
 
369 aa  98.2  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.12 
 
 
382 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.08 
 
 
367 aa  97.4  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.57 
 
 
382 aa  96.7  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>