More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_00640 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_00640  L-fuconate dehydratase  100 
 
 
442 aa  885    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  65.18 
 
 
431 aa  573  1.0000000000000001e-162  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.66 
 
 
435 aa  565  1e-160  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.46 
 
 
453 aa  559  1e-158  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.08 
 
 
448 aa  552  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.67 
 
 
437 aa  545  1e-154  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  64.53 
 
 
439 aa  545  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.92 
 
 
444 aa  536  1e-151  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.74 
 
 
470 aa  525  1e-148  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.47 
 
 
431 aa  506  9.999999999999999e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6044  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.21 
 
 
425 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.946493 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  56.26 
 
 
425 aa  495  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  56.26 
 
 
425 aa  495  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.26 
 
 
425 aa  495  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7202  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.79 
 
 
425 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0303573 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.03 
 
 
425 aa  485  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.97 
 
 
425 aa  488  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.03 
 
 
425 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  55.32 
 
 
427 aa  483  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.45 
 
 
425 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  57.45 
 
 
425 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.74 
 
 
425 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.45 
 
 
425 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.76 
 
 
425 aa  478  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.26 
 
 
425 aa  480  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.86 
 
 
453 aa  479  1e-134  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.5 
 
 
425 aa  480  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.4 
 
 
434 aa  475  1e-133  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.56 
 
 
432 aa  474  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3012  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  54.57 
 
 
435 aa  476  1e-133  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.19 
 
 
426 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5129  hypothetical protein  54.25 
 
 
429 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2104  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  53.4 
 
 
431 aa  470  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.429752  normal  0.478191 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2815  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.84 
 
 
436 aa  471  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.143363  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3391  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  53.65 
 
 
425 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.64 
 
 
442 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.4 
 
 
432 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0878  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.9 
 
 
426 aa  468  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0245  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.06 
 
 
425 aa  467  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0238  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.06 
 
 
451 aa  467  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3515  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.2 
 
 
433 aa  464  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000711925  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2951  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.69 
 
 
437 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.364706  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.46 
 
 
437 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.44 
 
 
438 aa  464  1e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.44 
 
 
431 aa  462  1e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.4 
 
 
432 aa  464  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.27 
 
 
426 aa  461  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0366  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  53.6 
 
 
440 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2831  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  51.36 
 
 
411 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236635  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01020  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  47.91 
 
 
472 aa  434  1e-120  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.629016  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06035  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09810)  50.23 
 
 
451 aa  431  1e-119  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1860  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.12 
 
 
408 aa  348  1e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.62 
 
 
413 aa  327  2.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.78 
 
 
376 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.31 
 
 
369 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.78 
 
 
369 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
370 aa  130  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.75 
 
 
371 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.17 
 
 
377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.4 
 
 
370 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.1 
 
 
375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.3 
 
 
367 aa  111  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.22 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.19 
 
 
396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.45 
 
 
398 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  27.45 
 
 
362 aa  110  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.45 
 
 
398 aa  110  7.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.33 
 
 
374 aa  110  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.95 
 
 
372 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.96 
 
 
375 aa  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.58 
 
 
390 aa  106  9e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
366 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.57 
 
 
398 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.57 
 
 
398 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.57 
 
 
398 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.57 
 
 
398 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0809  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.6 
 
 
365 aa  104  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
398 aa  103  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  25.9 
 
 
383 aa  102  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  42.41 
 
 
351 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.84 
 
 
380 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.49 
 
 
379 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
362 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.28 
 
 
373 aa  99.4  1e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.39 
 
 
377 aa  97.4  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0857  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.94 
 
 
365 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  34.2 
 
 
382 aa  97.4  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.94 
 
 
365 aa  97.1  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.583508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.95 
 
 
378 aa  97.1  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  31.53 
 
 
359 aa  96.3  9e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6282  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.96 
 
 
366 aa  96.3  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.757548  hitchhiker  0.00438042 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.81 
 
 
382 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4191  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.72 
 
 
364 aa  95.5  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.71 
 
 
381 aa  95.5  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.44 
 
 
396 aa  95.5  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.2 
 
 
378 aa  94.7  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.44 
 
 
396 aa  94.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.57 
 
 
366 aa  94.4  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3926  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.7 
 
 
409 aa  94  5e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.82 
 
 
382 aa  93.6  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>