More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2508 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  100 
 
 		 425 aa  885    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6044  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.46 
 
 		 425 aa  655    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.946493 
 
 
-
 
NC_004310  BR0245  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.52 
 
 		 425 aa  648    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  100 
 
 		 425 aa  885    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5129  hypothetical protein  68.79 
 
 		 429 aa  640    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.12 
 
 		 425 aa  704    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 425 aa  885    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  76.42 
 
 		 427 aa  696    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.75 
 
 		 425 aa  658    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.89 
 
 		 425 aa  706    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  76.18 
 
 		 425 aa  700    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0878  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.52 
 
 		 426 aa  649    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.59 
 
 		 426 aa  716    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.42 
 
 		 425 aa  702    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.42 
 
 		 425 aa  702    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.43 
 
 		 425 aa  765    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7202  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.63 
 
 		 425 aa  659    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0303573 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.18 
 
 		 425 aa  700    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0238  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.28 
 
 		 451 aa  645    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.18 
 
 		 425 aa  702    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  76.6 
 
 		 426 aa  697    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.81 
 
 		 425 aa  647    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3391  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  68.79 
 
 		 425 aa  616  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  63.92 
 
 		 432 aa  594  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2815  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.78 
 
 		 436 aa  591  1e-168  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.143363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.76 
 
 		 434 aa  588  1e-167  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.74 
 
 		 432 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.32 
 
 		 432 aa  569  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3515  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  60.38 
 
 		 433 aa  565  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000711925  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.32 
 
 		 431 aa  565  1e-160  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.81 
 
 		 442 aa  559  1e-158  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2951  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.28 
 
 		 437 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.364706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.81 
 
 		 437 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3012  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  59.76 
 
 		 435 aa  549  1e-155  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  58.59 
 
 		 438 aa  546  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06035  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09810)  58.47 
 
 		 451 aa  526  1e-148  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  58.57 
 
 		 431 aa  527  1e-148  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2831  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  60.15 
 
 		 411 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2104  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  57.38 
 
 		 431 aa  521  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.429752  normal  0.478191 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.2 
 
 		 437 aa  513  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.66 
 
 		 453 aa  508  1e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.38 
 
 		 470 aa  508  9.999999999999999e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.87 
 
 		 435 aa  502  1e-141  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.11 
 
 		 453 aa  499  1e-140  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.37 
 
 		 431 aa  501  1e-140  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00640  L-fuconate dehydratase  56.26 
 
 		 442 aa  495  1e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  55.19 
 
 		 439 aa  488  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.9 
 
 		 448 aa  480  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01020  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  51 
 
 		 472 aa  478  1e-133  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.629016  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.92 
 
 		 444 aa  477  1e-133  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0366  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.48 
 
 		 440 aa  461  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1860  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.89 
 
 		 408 aa  351  1e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.23 
 
 		 413 aa  327  2.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.24 
 
 		 376 aa  132  9e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.99 
 
 		 371 aa  123  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.11 
 
 		 370 aa  119  7e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.26 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.26 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.93 
 
 		 370 aa  117  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.95 
 
 		 377 aa  116  8.999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.66 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  28.77 
 
 		 383 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36 
 
 		 398 aa  112  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36 
 
 		 398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  26.29 
 
 		 362 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.27 
 
 		 398 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.27 
 
 		 398 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.27 
 
 		 398 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.27 
 
 		 398 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.82 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.15 
 
 		 375 aa  107  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.14 
 
 		 390 aa  107  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.33 
 
 		 384 aa  107  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.5 
 
 		 398 aa  106  9e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.09 
 
 		 378 aa  104  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.27 
 
 		 370 aa  103  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.2 
 
 		 369 aa  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.56 
 
 		 378 aa  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  36.71 
 
 		 359 aa  103  7e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.34 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.88 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.44 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.86 
 
 		 378 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.5 
 
 		 374 aa  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.71 
 
 		 381 aa  100  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.34 
 
 		 367 aa  100  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.36 
 
 		 373 aa  100  7e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.58 
 
 		 387 aa  99.8  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.59 
 
 		 385 aa  99.8  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.96 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  40.43 
 
 		 351 aa  98.2  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.93 
 
 		 362 aa  97.1  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.69 
 
 		 367 aa  95.9  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.84 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.65 
 
 		 379 aa  95.5  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.88 
 
 		 369 aa  94.7  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.92 
 
 		 363 aa  94  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.71 
 
 		 358 aa  94  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.17 
 
 		 377 aa  93.6  6e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.92 
 
 		 421 aa  93.6  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>