More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3012 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2815  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.9 
 
 
436 aa  661    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.143363  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.47 
 
 
442 aa  662    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69 
 
 
432 aa  648    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3515  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  68.3 
 
 
433 aa  644    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000711925  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  70.02 
 
 
432 aa  655    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3012  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  100 
 
 
435 aa  892    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.15 
 
 
434 aa  661    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.09 
 
 
432 aa  642    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.67 
 
 
437 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2951  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.67 
 
 
437 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.364706  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2104  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  66.67 
 
 
431 aa  616  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.429752  normal  0.478191 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  64.67 
 
 
438 aa  608  1e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.57 
 
 
431 aa  602  1.0000000000000001e-171  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2831  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  67.16 
 
 
411 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236635  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.81 
 
 
425 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.33 
 
 
425 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.29 
 
 
425 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  63.57 
 
 
425 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.05 
 
 
425 aa  569  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.57 
 
 
425 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  63.57 
 
 
425 aa  566  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  62.56 
 
 
431 aa  566  1e-160  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.62 
 
 
425 aa  560  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  59.76 
 
 
425 aa  549  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  59.76 
 
 
425 aa  549  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.76 
 
 
425 aa  549  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0245  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.33 
 
 
425 aa  546  1e-154  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.1 
 
 
425 aa  545  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0238  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.1 
 
 
451 aa  542  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.33 
 
 
426 aa  542  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  60.1 
 
 
427 aa  541  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3391  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  59.81 
 
 
425 aa  542  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.85 
 
 
437 aa  543  1e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0878  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.86 
 
 
426 aa  542  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.45 
 
 
431 aa  543  1e-153  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7202  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.57 
 
 
425 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0303573 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6044  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.81 
 
 
425 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.946493 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.3 
 
 
426 aa  541  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5129  hypothetical protein  58.92 
 
 
429 aa  537  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  61.27 
 
 
470 aa  536  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.11 
 
 
435 aa  536  1e-151  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.04 
 
 
453 aa  535  1e-151  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.81 
 
 
425 aa  536  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.83 
 
 
444 aa  533  1e-150  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06035  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09810)  58.45 
 
 
451 aa  522  1e-147  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.33 
 
 
453 aa  521  1e-147  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01020  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  55.65 
 
 
472 aa  514  1e-144  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.629016  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  58.08 
 
 
439 aa  511  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.53 
 
 
448 aa  488  1e-137  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00640  L-fuconate dehydratase  54.5 
 
 
442 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0366  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  51.4 
 
 
440 aa  449  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1860  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.12 
 
 
408 aa  378  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.15 
 
 
413 aa  350  2e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.47 
 
 
371 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.55 
 
 
376 aa  140  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
370 aa  139  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.88 
 
 
372 aa  134  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.63 
 
 
372 aa  132  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.32 
 
 
369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  28.57 
 
 
362 aa  127  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.88 
 
 
370 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.57 
 
 
370 aa  120  7e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.57 
 
 
369 aa  119  7e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.8 
 
 
378 aa  116  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.06 
 
 
375 aa  113  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.02 
 
 
373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.64 
 
 
390 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.65 
 
 
375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.06 
 
 
398 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.06 
 
 
398 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.06 
 
 
398 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.06 
 
 
398 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  31.14 
 
 
359 aa  110  5e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.33 
 
 
384 aa  110  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.84 
 
 
369 aa  109  7.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.52 
 
 
398 aa  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.17 
 
 
382 aa  109  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.13 
 
 
398 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.13 
 
 
396 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.61 
 
 
374 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.52 
 
 
398 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.62 
 
 
390 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.33 
 
 
378 aa  106  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  26.12 
 
 
361 aa  106  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.06 
 
 
377 aa  106  9e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.54 
 
 
382 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.99 
 
 
390 aa  104  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.17 
 
 
381 aa  103  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.62 
 
 
379 aa  103  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.63 
 
 
390 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.17 
 
 
377 aa  102  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.23 
 
 
390 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.23 
 
 
390 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.96 
 
 
390 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.96 
 
 
390 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.68 
 
 
390 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  40.12 
 
 
351 aa  99.8  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.35 
 
 
385 aa  98.6  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  26.2 
 
 
383 aa  98.2  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>