More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2858 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2831  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  99.76 
 
 
411 aa  850    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236635  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
437 aa  902    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3515  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  80.09 
 
 
433 aa  744    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000711925  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  75.47 
 
 
432 aa  691    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  75.93 
 
 
438 aa  698    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75 
 
 
432 aa  684    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2951  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  97.71 
 
 
437 aa  885    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.364706  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.3 
 
 
432 aa  674    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.13 
 
 
442 aa  629  1e-179  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3012  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  66.67 
 
 
435 aa  625  1e-178  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.67 
 
 
434 aa  617  1e-175  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00423764  normal  0.461549 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2815  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.97 
 
 
436 aa  608  1e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.143363  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2104  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  64.27 
 
 
431 aa  600  1e-170  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.429752  normal  0.478191 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0640  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.47 
 
 
425 aa  566  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.106919  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0622  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.47 
 
 
425 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5243  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.23 
 
 
425 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.47 
 
 
425 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3597  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.47 
 
 
425 aa  561  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3326  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  62 
 
 
425 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4449  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.23 
 
 
425 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.148415 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5041  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62 
 
 
425 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1697  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  60.81 
 
 
425 aa  556  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0225927 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2410  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  60.81 
 
 
425 aa  556  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2508  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.81 
 
 
425 aa  556  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1189  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.14 
 
 
431 aa  551  1e-156  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.73287  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.9 
 
 
426 aa  550  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5129  hypothetical protein  59.43 
 
 
429 aa  541  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3391  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  59.29 
 
 
425 aa  538  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_004310  BR0245  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.77 
 
 
425 aa  536  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3134  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  57.98 
 
 
427 aa  537  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174435  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1084  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.43 
 
 
426 aa  538  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214438  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  57.87 
 
 
431 aa  533  1e-150  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0238  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.53 
 
 
451 aa  533  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7202  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59 
 
 
425 aa  531  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0303573 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4969  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.48 
 
 
425 aa  531  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.25 
 
 
435 aa  529  1e-149  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0878  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.81 
 
 
426 aa  529  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6044  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.77 
 
 
425 aa  525  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.946493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4921  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.48 
 
 
444 aa  526  1e-148  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.64 
 
 
425 aa  523  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.81 
 
 
431 aa  519  1e-146  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.71 
 
 
453 aa  511  1e-144  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.942147  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.51 
 
 
453 aa  511  1e-144  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03266  RTS beta protein  56.74 
 
 
439 aa  511  1e-144  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1458  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.34 
 
 
437 aa  511  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.841619  normal  0.43864 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06035  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09810)  56.14 
 
 
451 aa  508  9.999999999999999e-143  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01020  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  53.56 
 
 
472 aa  506  9.999999999999999e-143  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.629016  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.42 
 
 
470 aa  493  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.76 
 
 
448 aa  482  1e-135  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00640  L-fuconate dehydratase  52.36 
 
 
442 aa  458  9.999999999999999e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0366  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  52.78 
 
 
440 aa  457  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1860  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.93 
 
 
408 aa  361  2e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.03 
 
 
413 aa  334  2e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.24 
 
 
376 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.4 
 
 
371 aa  144  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.67 
 
 
370 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.38 
 
 
370 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.37 
 
 
372 aa  124  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.13 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  26.81 
 
 
362 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.85 
 
 
369 aa  116  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.07 
 
 
375 aa  116  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.44 
 
 
377 aa  111  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.32 
 
 
369 aa  109  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.84 
 
 
375 aa  109  9.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.31 
 
 
378 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.88 
 
 
390 aa  109  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.49 
 
 
390 aa  106  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.6 
 
 
390 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.88 
 
 
390 aa  104  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.71 
 
 
381 aa  103  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.05 
 
 
380 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.21 
 
 
390 aa  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.05 
 
 
369 aa  103  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
390 aa  103  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.71 
 
 
369 aa  103  8e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.95 
 
 
390 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.82 
 
 
390 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  27.99 
 
 
383 aa  101  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.89 
 
 
384 aa  100  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.95 
 
 
390 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.95 
 
 
390 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  34.81 
 
 
359 aa  99.8  8e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.35 
 
 
370 aa  99.8  8e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.79 
 
 
378 aa  98.6  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
398 aa  97.1  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
398 aa  97.1  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
398 aa  97.1  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.53 
 
 
398 aa  97.1  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.27 
 
 
367 aa  96.7  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.88 
 
 
398 aa  96.3  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  24.12 
 
 
382 aa  96.3  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  27.76 
 
 
382 aa  96.3  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.21 
 
 
398 aa  95.9  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.89 
 
 
396 aa  95.5  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0809  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.14 
 
 
365 aa  95.5  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.5 
 
 
351 aa  95.5  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.21 
 
 
381 aa  95.5  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.2 
 
 
379 aa  93.6  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.3 
 
 
401 aa  93.6  7e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>