More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5664 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
380 aa  746    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.88 
 
 
376 aa  193  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.47 
 
 
370 aa  139  7e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.07 
 
 
369 aa  133  6e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.81 
 
 
384 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
377 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.03 
 
 
374 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.33 
 
 
369 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0121  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.12 
 
 
392 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.226806  normal  0.0192494 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.29 
 
 
370 aa  117  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.96 
 
 
364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000039481  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.41 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0536  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.41 
 
 
364 aa  110  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.059524  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.3 
 
 
373 aa  110  6e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.31 
 
 
389 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.12 
 
 
372 aa  109  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.7 
 
 
371 aa  106  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.76 
 
 
370 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.45 
 
 
378 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.03 
 
 
381 aa  102  9e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1012  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.49 
 
 
384 aa  102  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.68 
 
 
390 aa  102  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.58 
 
 
376 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3665  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.97 
 
 
387 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.86 
 
 
384 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.72 
 
 
389 aa  98.2  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.6 
 
 
369 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 
379 aa  97.4  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.85 
 
 
369 aa  96.7  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0845  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.7 
 
 
392 aa  96.7  6e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  26.38 
 
 
383 aa  95.1  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  26.74 
 
 
361 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.84 
 
 
373 aa  92  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  29.84 
 
 
362 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.78 
 
 
421 aa  92  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.43 
 
 
387 aa  90.5  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.823236  normal  0.123267 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.15 
 
 
383 aa  90.5  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.58 
 
 
388 aa  90.1  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.03 
 
 
398 aa  89.4  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.79 
 
 
398 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.79 
 
 
398 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.79 
 
 
398 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.79 
 
 
398 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.79 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.95 
 
 
377 aa  88.6  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5120  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.49 
 
 
369 aa  87.8  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  0.114753 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.15 
 
 
401 aa  87.4  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.86 
 
 
396 aa  86.7  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.38 
 
 
387 aa  86.7  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.67 
 
 
398 aa  86.7  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0404  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.03 
 
 
377 aa  85.5  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.125828  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.55 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.71 
 
 
423 aa  84.7  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  27.49 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.73 
 
 
383 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.34 
 
 
367 aa  84.3  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.95 
 
 
385 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3925  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.2 
 
 
388 aa  84.3  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  27.49 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.96 
 
 
398 aa  84.3  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  27.49 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.83 
 
 
381 aa  84.3  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  27.49 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.18 
 
 
366 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.95 
 
 
384 aa  84  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  27.19 
 
 
382 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  27.19 
 
 
382 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.11 
 
 
375 aa  83.2  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.46 
 
 
367 aa  83.2  0.000000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1091  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.23 
 
 
387 aa  82.8  0.000000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.08586 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.4 
 
 
412 aa  82.4  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  28.74 
 
 
382 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  28.86 
 
 
382 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  26.89 
 
 
382 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1931  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.81 
 
 
366 aa  82.4  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.132079  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  30.81 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.81 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  30.81 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  30.81 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  28.86 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  30.81 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  28.86 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.67 
 
 
390 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  28.86 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  28.86 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  31.31 
 
 
384 aa  81.3  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  30.81 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.33 
 
 
378 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  28.86 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.23 
 
 
396 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02060  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  30.88 
 
 
438 aa  81.3  0.00000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  30.81 
 
 
382 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.67 
 
 
390 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1357  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.95 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.108147 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1409  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.69 
 
 
367 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435097  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.67 
 
 
390 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  30.81 
 
 
382 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  29.15 
 
 
382 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  27.31 
 
 
381 aa  80.5  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>