More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0244 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
383 aa  773    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.18 
 
 
373 aa  162  1e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.44 
 
 
387 aa  159  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.86 
 
 
390 aa  153  5e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.63 
 
 
382 aa  150  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.78 
 
 
378 aa  149  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.6 
 
 
389 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.74 
 
 
384 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.47 
 
 
370 aa  146  6e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.95 
 
 
389 aa  145  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.34 
 
 
381 aa  142  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2226  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.53 
 
 
366 aa  142  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.706193 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.24 
 
 
388 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.36 
 
 
375 aa  140  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.75 
 
 
388 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.580739 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.86 
 
 
377 aa  139  7.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.9 
 
 
390 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.86 
 
 
372 aa  137  2e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.61 
 
 
382 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.04 
 
 
373 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3926  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.27 
 
 
409 aa  138  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
387 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0846  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.86 
 
 
391 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.122674  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.45 
 
 
368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 
375 aa  137  4e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.43 
 
 
390 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.72 
 
 
390 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.43 
 
 
390 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.83 
 
 
398 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.83 
 
 
398 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.83 
 
 
398 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.83 
 
 
398 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.09 
 
 
384 aa  135  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.46 
 
 
378 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.81 
 
 
389 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.43 
 
 
390 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.57 
 
 
372 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.98 
 
 
381 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.85 
 
 
367 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  29.11 
 
 
391 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.43 
 
 
390 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.43 
 
 
390 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  30.19 
 
 
381 aa  133  5e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.72 
 
 
388 aa  133  6e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  30.77 
 
 
383 aa  132  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.94 
 
 
396 aa  132  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.48 
 
 
391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.57 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  29.11 
 
 
391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.1 
 
 
379 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.29 
 
 
403 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1862  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.71 
 
 
370 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.324326  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.41 
 
 
390 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.06 
 
 
398 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.19 
 
 
411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.16 
 
 
423 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  30.15 
 
 
382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.27 
 
 
382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.49 
 
 
403 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.73 
 
 
398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7855  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.24 
 
 
396 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.3 
 
 
400 aa  127  4.0000000000000003e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.75 
 
 
378 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.86 
 
 
376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  29.38 
 
 
382 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  31.61 
 
 
382 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.95 
 
 
369 aa  126  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  29.12 
 
 
382 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3682  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.97 
 
 
384 aa  126  6e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4521  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.42 
 
 
406 aa  126  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1686  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.54 
 
 
391 aa  126  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  31.61 
 
 
382 aa  126  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  30.94 
 
 
384 aa  125  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.63 
 
 
391 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  30.15 
 
 
382 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  31.61 
 
 
382 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  30.89 
 
 
502 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  30.18 
 
 
382 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.51 
 
 
381 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  31.35 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.16 
 
 
398 aa  124  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  31.35 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  31.35 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  28.61 
 
 
382 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4045  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26 
 
 
396 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  30 
 
 
382 aa  124  3e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3673  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.09 
 
 
410 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232525  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  31.35 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  29.65 
 
 
382 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.49 
 
 
398 aa  123  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.19 
 
 
382 aa  123  6e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.43 
 
 
384 aa  123  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  29.65 
 
 
382 aa  123  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.5 
 
 
396 aa  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128808  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  30.05 
 
 
382 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4167  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.25 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585922 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  30.05 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.51 
 
 
386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2396  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.79 
 
 
386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.42613  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01739  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.32 
 
 
394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>