285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0158 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A2716  histidine ammonia-lyase  74.32 
 
 
526 aa  690    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0158  histidine ammonia-lyase  100 
 
 
517 aa  1025    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1043  histidine ammonia-lyase  82.98 
 
 
514 aa  850    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.693412  normal  0.100833 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2642  histidine ammonia-lyase  71.29 
 
 
518 aa  689    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2855  histidine ammonia-lyase  72.5 
 
 
522 aa  682    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288537  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1264  histidine ammonia-lyase  71.88 
 
 
518 aa  660    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0149  histidine ammonia-lyase  75.35 
 
 
523 aa  731    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2965  histidine ammonia-lyase  77.86 
 
 
512 aa  712    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.048059  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3645  histidine ammonia-lyase  73.08 
 
 
520 aa  695    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1530  histidine ammonia-lyase  63.19 
 
 
507 aa  588  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.851036  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5482  histidine ammonia-lyase  62.32 
 
 
507 aa  585  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.211889  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1820  histidine ammonia-lyase  62.5 
 
 
514 aa  585  1e-166  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2947  histidine ammonia-lyase  63.04 
 
 
507 aa  585  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0126455  normal  0.823203 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2667  histidine ammonia-lyase  63.35 
 
 
507 aa  585  1e-166  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0314474  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2723  histidine ammonia-lyase  63.15 
 
 
507 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0645  histidine ammonia-lyase  63.15 
 
 
529 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.125977  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2796  histidine ammonia-lyase  63.15 
 
 
529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1482  histidine ammonia-lyase  63.02 
 
 
510 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.468777  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0058  histidine ammonia-lyase  60.76 
 
 
511 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2919  histidine ammonia-lyase  63.15 
 
 
507 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1814  histidine ammonia-lyase  62.78 
 
 
507 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.74245  normal  0.102325 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1681  histidine ammonia-lyase  63.15 
 
 
507 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2366  histidine ammonia-lyase  63.15 
 
 
533 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0822  histidine ammonia-lyase  57.82 
 
 
511 aa  569  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107913  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1458  histidine ammonia-lyase  62.24 
 
 
515 aa  568  1e-161  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0209656  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1098  histidine ammonia-lyase  62.73 
 
 
506 aa  569  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489486  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2189  histidine ammonia-lyase  62.32 
 
 
507 aa  568  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0881955  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2088  histidine ammonia-lyase  62.11 
 
 
507 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358963  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2211  histidine ammonia-lyase  62.11 
 
 
507 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5082  histidine ammonia-lyase  58.55 
 
 
510 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150624  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1264  histidine ammonia-lyase  60 
 
 
506 aa  564  1.0000000000000001e-159  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0098  histidine ammonia-lyase  58.38 
 
 
513 aa  558  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0918  histidine ammonia-lyase  60 
 
 
506 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19052  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4833  histidine ammonia-lyase  57.76 
 
 
515 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0366  histidine ammonia-lyase  58.81 
 
 
510 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3901  histidine ammonia-lyase  58.1 
 
 
511 aa  559  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.912183  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0855  histidine ammonia-lyase  60 
 
 
506 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.628758  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0886  histidine ammonia-lyase  60 
 
 
506 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0941  histidine ammonia-lyase  60 
 
 
506 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.895576 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0908  histidine ammonia-lyase  55.71 
 
 
514 aa  555  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26290  histidine ammonia-lyase  62.53 
 
 
509 aa  558  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.663417  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5275  histidine ammonia-lyase  57.17 
 
 
515 aa  556  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0804  histidine ammonia-lyase  56.64 
 
 
511 aa  556  1e-157  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.422259  normal  0.987509 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4446  histidine ammonia-lyase  57.99 
 
 
510 aa  555  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5905  histidine ammonia-lyase  62.53 
 
 
507 aa  558  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4168  histidine ammonia-lyase  57.79 
 
 
510 aa  556  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0827  histidine ammonia-lyase  59.59 
 
 
506 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294508  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2172  histidine ammonia-lyase  62.53 
 
 
507 aa  558  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307198  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0432  histidine ammonia-lyase  58.15 
 
 
510 aa  558  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44898  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003723  histidine ammonia-lyase  57.73 
 
 
511 aa  555  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00913143  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02072  histidine ammonia-lyase  57.09 
 
 
514 aa  556  1e-157  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5032  histidine ammonia-lyase  57.99 
 
 
510 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2646  histidine ammonia-lyase  59.88 
 
 
518 aa  552  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0281382  normal  0.523313 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0850  histidine ammonia-lyase  57.37 
 
 
519 aa  553  1e-156  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.03365 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4251  histidine ammonia-lyase  57.82 
 
 
513 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1301  histidine ammonia-lyase  61.76 
 
 
514 aa  552  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0084  histidine ammonia-lyase  57.85 
 
 
510 aa  553  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4906  histidine ammonia-lyase  57.99 
 
 
510 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.685103  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0103  histidine ammonia-lyase  58.02 
 
 
513 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0103  histidine ammonia-lyase  57.82 
 
 
513 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0098  histidine ammonia-lyase  57.82 
 
 
513 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1029  histidine ammonia-lyase  55.26 
 
 
510 aa  553  1e-156  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0827766  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3756  histidine ammonia-lyase  57.43 
 
 
510 aa  550  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0185291 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0708  histidine ammonia-lyase  56.04 
 
 
510 aa  551  1e-155  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.085386  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2474  histidine ammonia-lyase  59.28 
 
 
518 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0100  histidine ammonia-lyase  57.59 
 
 
513 aa  550  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0095  histidine ammonia-lyase  57.59 
 
 
513 aa  550  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2880  histidine ammonia-lyase  59.48 
 
 
518 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0101  histidine ammonia-lyase  57.59 
 
 
513 aa  550  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03126  histidine ammonia-lyase  57 
 
 
538 aa  550  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.840651  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4069  histidine ammonia-lyase  59.75 
 
 
511 aa  546  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.790613  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0080  histidine ammonia-lyase  57.43 
 
 
513 aa  547  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1022  histidine ammonia-lyase  56.73 
 
 
509 aa  548  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4837  histidine ammonia-lyase  56.44 
 
 
510 aa  542  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67320  histidine ammonia-lyase  59.8 
 
 
509 aa  541  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3952  histidine ammonia-lyase  57.76 
 
 
512 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5831  histidine ammonia-lyase  58.12 
 
 
524 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0796  histidine ammonia-lyase  60.48 
 
 
506 aa  532  1e-150  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1932  histidine ammonia-lyase  57.4 
 
 
520 aa  528  1e-149  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5637  histidine ammonia-lyase  56.45 
 
 
518 aa  526  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2550  histidine ammonia-lyase  57.31 
 
 
513 aa  522  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1331  histidine ammonia-lyase  54.34 
 
 
506 aa  524  1e-147  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5047  histidine ammonia-lyase  56.67 
 
 
518 aa  523  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.114235  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4632  histidine ammonia-lyase  59.88 
 
 
509 aa  524  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551445  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1335  histidine ammonia-lyase  53.94 
 
 
506 aa  521  1e-146  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1603  histidine ammonia-lyase  58.16 
 
 
507 aa  520  1e-146  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.329412  normal  0.712329 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4085  histidine ammonia-lyase  54.85 
 
 
510 aa  512  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4137  histidine ammonia-lyase  55.05 
 
 
510 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0926785  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0077  histidine ammonia-lyase  54.85 
 
 
510 aa  512  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0930  histidine ammonia-lyase  58.52 
 
 
511 aa  509  1e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0872  histidine ammonia-lyase  58.52 
 
 
511 aa  508  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1297  histidine ammonia-lyase  57.61 
 
 
511 aa  508  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0927091 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1747  histidine ammonia-lyase  59.43 
 
 
508 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000510266  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1689  histidine ammonia-lyase  57.71 
 
 
509 aa  501  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1435  histidine ammonia-lyase  55.91 
 
 
511 aa  501  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1038  histidine ammonia-lyase  59.59 
 
 
515 aa  498  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116739  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4658  histidine ammonia-lyase  57.2 
 
 
511 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0234611  normal  0.0199218 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2985  histidine ammonia-lyase  57.91 
 
 
511 aa  495  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.981657  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00727  histidine ammonia-lyase  57.44 
 
 
513 aa  493  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.396834  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1653  histidine ammonia-lyase  59.34 
 
 
513 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129126  normal  0.0772192 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>