More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0267 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0267  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 335 aa  688    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 335 aa  232  6e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 335 aa  231  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 335 aa  230  3e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  36.59 
 
 		 333 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  23.72 
 
 		 340 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 332 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  24.77 
 
 		 352 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 358 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 358 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  28.11 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 353 aa  107  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 338 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 337 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 360 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 359 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 335 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 363 aa  102  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 339 aa  99.4  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 337 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 345 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 347 aa  96.7  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  23.01 
 
 		 347 aa  95.9  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 333 aa  95.9  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  25.23 
 
 		 390 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 		 338 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  24.04 
 
 		 372 aa  94  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  22.49 
 
 		 340 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 367 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  21.23 
 
 		 376 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 344 aa  92.8  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  26.59 
 
 		 343 aa  91.3  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  22.76 
 
 		 337 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1176  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 345 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  23.91 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 335 aa  89.7  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  23.87 
 
 		 366 aa  89.7  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  24.7 
 
 		 339 aa  89  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 337 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 342 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 338 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 339 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 339 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  21.7 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 338 aa  86.7  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  22.05 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  22.37 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 348 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  20.85 
 
 		 353 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  22.96 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 361 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  22.66 
 
 		 335 aa  82.4  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  20.85 
 
 		 353 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  20.85 
 
 		 353 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 336 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1198  AraC family transcriptional regulator  20 
 
 		 348 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.462338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  22.12 
 
 		 381 aa  82.4  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  25.15 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  22.05 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  21.5 
 
 		 353 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3149  helix-turn-helix domain-containing protein  38.61 
 
 		 118 aa  80.9  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0282952  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  23.01 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  20.86 
 
 		 362 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 373 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 344 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 344 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 344 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 353 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 357 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 352 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 		 356 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  24.82 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 343 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 400 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 344 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  23.1 
 
 		 338 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 353 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  20.54 
 
 		 341 aa  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 		 396 aa  77.4  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>