More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0144 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0144  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
318 aa  636    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51950  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.22 
 
 
312 aa  340  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00934563  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.35 
 
 
311 aa  336  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.224896  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.92 
 
 
312 aa  309  5e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.736056  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.07 
 
 
312 aa  268  7e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2070  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.06 
 
 
329 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
323 aa  247  2e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.19 
 
 
336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.441244  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
313 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
312 aa  192  6e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  33.01 
 
 
310 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03326  nickel transporter subunit  34.38 
 
 
314 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0238  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  34.38 
 
 
314 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3676  nickel transporter permease NikB  34.38 
 
 
314 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0239  nickel transporter permease NikB  34.38 
 
 
314 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3959  nickel transporter permease NikB  34.38 
 
 
314 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03279  hypothetical protein  34.38 
 
 
314 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3844  nickel transporter permease NikB  34.38 
 
 
314 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
304 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4817  nickel transporter permease NikB  34.06 
 
 
314 aa  186  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3761  nickel transporter permease NikB  34.38 
 
 
314 aa  186  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
314 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
320 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.12 
 
 
317 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.843746  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  36.56 
 
 
314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2031  ABC transporter, permease protein  35.78 
 
 
313 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.381274  normal  0.768388 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0953  peptide ABC transporter, permease protein, putative  33.01 
 
 
333 aa  179  5.999999999999999e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.353357  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1978  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.25 
 
 
314 aa  179  5.999999999999999e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
317 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0790804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  34.38 
 
 
313 aa  178  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
316 aa  178  9e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
311 aa  178  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000854239  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
313 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
305 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.24 
 
 
313 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
313 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
328 aa  176  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000559145  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
304 aa  176  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
328 aa  176  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.242688  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.97 
 
 
305 aa  176  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
316 aa  175  9e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.143195 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.44 
 
 
307 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
313 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
305 aa  172  5e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.507532  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
313 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  34.08 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  34.38 
 
 
314 aa  172  9e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.32 
 
 
314 aa  172  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
318 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  34.38 
 
 
314 aa  171  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1835  nickel transporter permease NikB  36.62 
 
 
314 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.829834  hitchhiker  0.0019148 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
317 aa  170  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
318 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0735009  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2276  nickel transporter permease NikB  35.07 
 
 
314 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293593  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
307 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30112  hitchhiker  0.0000547502 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
313 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
306 aa  169  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  33.01 
 
 
306 aa  170  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  35.55 
 
 
319 aa  169  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
316 aa  169  4e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.8 
 
 
315 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.21 
 
 
314 aa  169  5e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.48 
 
 
340 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7149  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  32.34 
 
 
310 aa  169  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
309 aa  168  9e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4538  peptide ABC transporter, permease protein  32.17 
 
 
315 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
323 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.72 
 
 
313 aa  168  1e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.17 
 
 
340 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
313 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4215  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.38 
 
 
315 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  33.56 
 
 
316 aa  167  2e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
317 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.335221 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
324 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.390523  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.42 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.137804  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
305 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  normal  0.480947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.45 
 
 
313 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
317 aa  166  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0415626  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
317 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.721893  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7614  nickel transporter permease NikB  34.67 
 
 
314 aa  165  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
319 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.17237 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.34 
 
 
320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.79 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.65 
 
 
308 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
306 aa  165  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.63 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.627946 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  34.45 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.15 
 
 
334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>