More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0224 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
317 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.843746  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.64 
 
 
317 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0790804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.43 
 
 
317 aa  567  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7149  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  90.58 
 
 
310 aa  564  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.23 
 
 
314 aa  521  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.09 
 
 
317 aa  437  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.61 
 
 
317 aa  434  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.507762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2702  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.66 
 
 
317 aa  432  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.72 
 
 
317 aa  424  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.721893  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.04 
 
 
317 aa  427  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0415626  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.66 
 
 
317 aa  426  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.335221 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.03 
 
 
317 aa  427  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00377444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0852  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.66 
 
 
317 aa  415  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.3 
 
 
317 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.62 
 
 
316 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00447351  normal  0.799564 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.25 
 
 
317 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 
334 aa  238  6.999999999999999e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
334 aa  238  6.999999999999999e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
306 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
312 aa  238  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.51 
 
 
306 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  235  7e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
306 aa  235  7e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.7 
 
 
332 aa  231  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
306 aa  230  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  230  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
306 aa  230  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  38.68 
 
 
307 aa  229  6e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
311 aa  228  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1835  nickel transporter permease NikB  40.62 
 
 
314 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.829834  hitchhiker  0.0019148 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.61 
 
 
306 aa  226  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  39.56 
 
 
306 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  39.56 
 
 
306 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  39.24 
 
 
306 aa  225  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4817  nickel transporter permease NikB  39.38 
 
 
314 aa  225  8e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  39.24 
 
 
306 aa  225  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  39.24 
 
 
306 aa  225  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.84 
 
 
333 aa  225  9e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  38.61 
 
 
314 aa  225  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
306 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03326  nickel transporter subunit  39.06 
 
 
314 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0238  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  39.06 
 
 
314 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3676  nickel transporter permease NikB  39.06 
 
 
314 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
307 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3844  nickel transporter permease NikB  39.06 
 
 
314 aa  224  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0239  nickel transporter permease NikB  39.06 
 
 
314 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3959  nickel transporter permease NikB  39.06 
 
 
314 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03279  hypothetical protein  39.06 
 
 
314 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
307 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
334 aa  224  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.29 
 
 
306 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  38.29 
 
 
306 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3761  nickel transporter permease NikB  39.06 
 
 
314 aa  223  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.29 
 
 
306 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.29 
 
 
306 aa  223  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.29 
 
 
306 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  223  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
313 aa  223  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  37.97 
 
 
306 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  37.97 
 
 
306 aa  222  7e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.97 
 
 
306 aa  222  7e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.97 
 
 
306 aa  222  7e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.97 
 
 
306 aa  222  7e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
334 aa  222  8e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
306 aa  221  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.05 
 
 
315 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.66 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  37.66 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
326 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.467018  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.97 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.34 
 
 
306 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
306 aa  219  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  37.66 
 
 
327 aa  219  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.97 
 
 
306 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  37.97 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  39.46 
 
 
339 aa  218  1e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
306 aa  217  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
306 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
306 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
309 aa  217  2e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
334 aa  216  4e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
315 aa  215  9e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
316 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.627946 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  35.71 
 
 
310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  38.61 
 
 
306 aa  211  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  35.76 
 
 
316 aa  211  1e-53  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>