More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3793 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009956  Dshi_3793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
317 aa  625  1e-178  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.335221 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.29 
 
 
317 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0790804 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  70.66 
 
 
317 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.843746  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7149  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  72.55 
 
 
310 aa  457  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.61 
 
 
317 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0375695  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.15 
 
 
316 aa  448  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00447351  normal  0.799564 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.76 
 
 
317 aa  443  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.35 
 
 
314 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0852  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.08 
 
 
317 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.87 
 
 
317 aa  434  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00377444 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.77 
 
 
317 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.29 
 
 
317 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.507762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2702  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.29 
 
 
317 aa  420  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.82 
 
 
317 aa  415  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.72 
 
 
317 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.721893  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.72 
 
 
317 aa  411  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0415626  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
306 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
307 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
306 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
306 aa  223  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
307 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.8 
 
 
333 aa  223  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  221  9e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.29 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  38.29 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.29 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.29 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.29 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.29 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  37.34 
 
 
306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  37.03 
 
 
307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.97 
 
 
306 aa  218  7e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.39 
 
 
306 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
332 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 
334 aa  218  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
312 aa  215  7e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  37.34 
 
 
306 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  37.34 
 
 
306 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
311 aa  215  9e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  38.44 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
306 aa  215  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  37.03 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  35.31 
 
 
336 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
309 aa  212  5.999999999999999e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  35.91 
 
 
336 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
336 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
334 aa  212  7.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  36.71 
 
 
306 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  36.71 
 
 
306 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  34.72 
 
 
336 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
306 aa  210  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
306 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.03 
 
 
306 aa  210  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  34.6 
 
 
336 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
316 aa  210  3e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
313 aa  209  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
315 aa  209  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  36.42 
 
 
314 aa  209  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  34.6 
 
 
336 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  36.42 
 
 
314 aa  209  6e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
334 aa  209  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
336 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
336 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  34.9 
 
 
336 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
326 aa  207  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  37.09 
 
 
336 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  36.31 
 
 
336 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
334 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
315 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  35.57 
 
 
334 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
333 aa  207  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
316 aa  207  3e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
306 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
334 aa  206  5e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  37.97 
 
 
314 aa  206  6e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
345 aa  206  6e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.83 
 
 
336 aa  205  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  205  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
315 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.01 
 
 
336 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  35.71 
 
 
336 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
320 aa  204  2e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000461837  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
308 aa  203  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  36.2 
 
 
336 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  36.2 
 
 
336 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  36.2 
 
 
336 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
306 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.44 
 
 
306 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
306 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
336 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>