More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1342 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 312 aa  593  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.31 
 
 		 312 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.736056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.5 
 
 		 311 aa  306  4.0000000000000004e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.224896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51950  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.87 
 
 		 312 aa  293  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00934563  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0144  ABC transporter, permease protein  54.07 
 
 		 318 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.37 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2070  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54 
 
 		 329 aa  266  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.72 
 
 		 336 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.441244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.627946 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 		 306 aa  192  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 		 306 aa  192  8e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 		 306 aa  192  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 		 315 aa  192  9e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2276  nickel transporter permease NikB  39.26 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293593  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.166982  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  38.31 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 		 306 aa  189  8e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  36.33 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.68 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.68 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.68 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  36.68 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.68 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.68 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2031  ABC transporter, permease protein  37.72 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.381274  normal  0.768388 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2591  ABC transporter permease  35.42 
 
 		 326 aa  185  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.140744 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0503  ABC transporter permease protein  37.09 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.64 
 
 		 311 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03326  nickel transporter subunit  36.48 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0238  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  36.48 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.33 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3844  nickel transporter permease NikB  36.48 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3959  nickel transporter permease NikB  36.48 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03279  hypothetical protein  36.48 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0239  nickel transporter permease NikB  36.48 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3676  nickel transporter permease NikB  36.48 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  36.27 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  36.27 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  35.62 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  36.27 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  36.27 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  36.27 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  37.14 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4817  nickel transporter permease NikB  36.16 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3761  nickel transporter permease NikB  36.48 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7271  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  34.8 
 
 		 326 aa  182  9.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.29 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  37.72 
 
 		 319 aa  180  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.64 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  33.55 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  37.37 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4215  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.67 
 
 		 315 aa  178  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  37.59 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  37.04 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.97 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 		 320 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.34 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7614  nickel transporter permease NikB  38.67 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 		 316 aa  176  7e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 		 340 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2598  binding-protein-dependent transport system permease  38.8 
 
 		 312 aa  175  8e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.020314 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1978  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.91 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.31 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4538  peptide ABC transporter, permease protein  35.67 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3006  nickel transporter permease NikB  37.75 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0438476  normal  0.3014 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0021  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  32.08 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00143513  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  33.67 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  33.67 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  36.24 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.67 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 		 313 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3343  nickel transporter permease NikB  37.09 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 		 311 aa  172  5.999999999999999e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  36.59 
 
 		 336 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  34.6 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 		 307 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30112  hitchhiker  0.0000547502 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  36.46 
 
 		 327 aa  172  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>