More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2070 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2070  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
329 aa  637    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.16 
 
 
336 aa  408  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.441244  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.61 
 
 
312 aa  299  5e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.736056  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.73 
 
 
323 aa  296  3e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51950  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.64 
 
 
312 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00934563  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54 
 
 
312 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0144  ABC transporter, permease protein  48.06 
 
 
318 aa  258  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.05 
 
 
311 aa  256  5e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.224896  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  35.18 
 
 
310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 
306 aa  192  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
316 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
306 aa  189  8e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2031  ABC transporter, permease protein  38.14 
 
 
313 aa  188  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.381274  normal  0.768388 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
307 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
307 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
312 aa  187  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
306 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
306 aa  187  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  38.03 
 
 
307 aa  185  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1978  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 
314 aa  182  6e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 
306 aa  182  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
306 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
306 aa  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
315 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.7 
 
 
306 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
306 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.23 
 
 
306 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  43.35 
 
 
319 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
313 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  36.13 
 
 
306 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  36.13 
 
 
306 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  36.81 
 
 
306 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  35.41 
 
 
306 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
313 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  35.74 
 
 
306 aa  175  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.75 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  34.75 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  34.75 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2598  binding-protein-dependent transport system permease  39.71 
 
 
312 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.020314 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  34.75 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  34.75 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
313 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  34.75 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  35.08 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  35.08 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
334 aa  172  5e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
314 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  38.01 
 
 
327 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6467  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  38.7 
 
 
309 aa  172  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.77 
 
 
305 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  36.69 
 
 
306 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
306 aa  172  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  34.43 
 
 
306 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4215  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.75 
 
 
315 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
313 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
306 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0953  peptide ABC transporter, permease protein, putative  27.3 
 
 
333 aa  170  2e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.353357  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  32.79 
 
 
305 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.6 
 
 
313 aa  170  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
333 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
313 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
306 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
306 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
306 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0021  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  31.49 
 
 
311 aa  170  3e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00143513  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
306 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
306 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
306 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
306 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  37.67 
 
 
306 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  37.67 
 
 
306 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 
306 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
305 aa  169  7e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
313 aa  169  8e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 
309 aa  169  8e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.14 
 
 
313 aa  169  9e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  31.53 
 
 
333 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
312 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0169288  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  35.03 
 
 
314 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  34.15 
 
 
308 aa  167  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.69 
 
 
313 aa  167  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  32.8 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
313 aa  166  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
313 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
313 aa  166  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
309 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0396577  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
306 aa  166  5e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4538  peptide ABC transporter, permease protein  33.13 
 
 
315 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.589529  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>