More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1818 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1818  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 246 aa  473  1e-132  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2045  LysR family transcriptional regulator  68.29 
 
 		 237 aa  295  4e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.416404  normal  0.715968 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4302  LysR family transcriptional regulator  66.38 
 
 		 229 aa  272  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1867  LysR family transcriptional regulator  69.11 
 
 		 237 aa  261  8e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.749679  normal  0.902128 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1820  LysR family transcriptional regulator  69.11 
 
 		 237 aa  261  8e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.822688  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1801  LysR family transcriptional regulator  69.51 
 
 		 237 aa  260  1e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.557057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3127  hypothetical protein  54.5 
 
 		 242 aa  229  4e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.339021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3180  transcriptional regulator, LysR family  53.91 
 
 		 241 aa  224  9e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000913233 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1918  transcriptional regulator, LysR family  53.66 
 
 		 247 aa  181  8.000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0105994 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1897  transcriptional regulator, LysR family  45.19 
 
 		 269 aa  179  4.999999999999999e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.843455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08160  LysR family regulator  51.09 
 
 		 276 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0863613 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2610  LysR, substrate-binding  47.03 
 
 		 197 aa  165  5.9999999999999996e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.175126  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2644  transcriptional regulator, LysR family  48.88 
 
 		 306 aa  157  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.539905  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0541  transcriptional regulator, LysR family  46.41 
 
 		 236 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066395 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0048  transcriptional regulator, LysR family  40.57 
 
 		 251 aa  146  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0059  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13200  LysR family regulator  38.07 
 
 		 181 aa  117  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0261452  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3529  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.741174 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  28.78 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.78 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.78 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  28.78 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.78 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.78 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.5 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1855  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1102  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  31.43 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  31.43 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  31.43 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  31.43 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08760  Transcriptional regulator, LysR family  30.05 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.139187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  27.75 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4429  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.68 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2452  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.429303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 319 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 320 aa  57  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  29.81 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 308 aa  56.2  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.65 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 296 aa  55.5  0.0000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2230  LysR substrate-binding protein  30.32 
 
 		 313 aa  55.5  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 319 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6051  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 327 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  24.34 
 
 		 292 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  25.48 
 
 		 300 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 299 aa  54.7  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2571  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 303 aa  55.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000871152  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 302 aa  54.7  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4518  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 302 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 300 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3007  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 297 aa  53.9  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 319 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  23.65 
 
 		 301 aa  53.5  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 301 aa  53.5  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 301 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.57 
 
 		 307 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  23.65 
 
 		 301 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  23.65 
 
 		 301 aa  53.5  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2453  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 305 aa  53.9  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.317953 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2173  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 308 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  24.14 
 
 		 301 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8824  transcriptional regulator, LysR family  28.64 
 
 		 316 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 321 aa  53.1  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.53 
 
 		 302 aa  53.1  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 296 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 302 aa  53.1  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  23.65 
 
 		 299 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  23.65 
 
 		 299 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 299 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 297 aa  52.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 302 aa  52.8  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 299 aa  52.8  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 319 aa  52.8  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>