232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1897 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1897  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
269 aa  541  1e-153  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.843455  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3127  hypothetical protein  44.74 
 
 
242 aa  182  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.339021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3180  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 
241 aa  176  4e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000913233 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1918  transcriptional regulator, LysR family  49.24 
 
 
247 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0105994 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2045  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
237 aa  171  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.416404  normal  0.715968 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1818  transcriptional regulator, LysR family  49.74 
 
 
246 aa  171  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4302  LysR family transcriptional regulator  47.94 
 
 
229 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1820  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 
237 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.822688  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1801  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
237 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.557057  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1867  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 
237 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.749679  normal  0.902128 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08160  LysR family regulator  46.83 
 
 
276 aa  145  6e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0863613 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0048  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2610  LysR, substrate-binding  39.7 
 
 
197 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.175126  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2644  transcriptional regulator, LysR family  43.52 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.539905  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0059  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
242 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0541  transcriptional regulator, LysR family  36.8 
 
 
236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000066395 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13200  LysR family regulator  39.8 
 
 
181 aa  118  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0261452  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 
289 aa  92  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
304 aa  71.6  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6051  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 
327 aa  69.3  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 
299 aa  66.6  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3529  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
299 aa  66.2  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.741174 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2571  transcriptional regulator, LysR family  36.23 
 
 
303 aa  64.3  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000871152  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
305 aa  64.3  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2323  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
309 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3007  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
306 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 
298 aa  60.8  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 
323 aa  60.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1712  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 
308 aa  59.7  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 
292 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
295 aa  58.5  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 
289 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8824  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 
316 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2453  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
305 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.317953 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00910  hypothetical protein  28 
 
 
301 aa  57.8  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
297 aa  57.4  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 
293 aa  56.6  0.0000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 
307 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4518  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
302 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
316 aa  55.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 
313 aa  55.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5901  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 
279 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
299 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1556  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 
286 aa  54.7  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 
324 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
319 aa  54.3  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  29.2 
 
 
304 aa  54.7  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0921  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
296 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.422562  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0884  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 
296 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000164987  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
319 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
319 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
319 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3051  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
296 aa  53.9  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000517942  normal  0.0334887 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
319 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 
299 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4429  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 
296 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
306 aa  53.1  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3026  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
296 aa  53.1  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
299 aa  52.8  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.98 
 
 
302 aa  52  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  30.41 
 
 
319 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
319 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.41 
 
 
319 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.41 
 
 
319 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  22.56 
 
 
296 aa  51.2  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 
317 aa  50.8  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
319 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
295 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
321 aa  50.4  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
326 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
326 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
326 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.95 
 
 
306 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.38 
 
 
293 aa  50.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  22.77 
 
 
298 aa  50.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
306 aa  49.7  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
296 aa  50.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 
303 aa  49.7  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.73 
 
 
319 aa  49.7  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
301 aa  49.7  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.73 
 
 
319 aa  49.3  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.73 
 
 
319 aa  49.3  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.73 
 
 
319 aa  49.3  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.73 
 
 
319 aa  49.3  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
307 aa  48.9  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  24.86 
 
 
293 aa  48.9  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
319 aa  48.9  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2452  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 
308 aa  48.9  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.429303  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  29.89 
 
 
304 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  29.89 
 
 
306 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4460  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
291 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.220159  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
305 aa  48.5  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 
315 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 
315 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 
319 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  29.89 
 
 
306 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26300  transcriptional regulator  28.77 
 
 
297 aa  48.9  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  29.89 
 
 
306 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  29.89 
 
 
306 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  29.89 
 
 
306 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>