More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4429 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4429  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
296 aa  566  1e-160  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4791  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 
290 aa  172  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 
289 aa  159  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3529  LysR family transcriptional regulator  41.63 
 
 
299 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.741174 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 
293 aa  112  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 
295 aa  112  9e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3307  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
300 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  34.67 
 
 
293 aa  105  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
305 aa  105  8e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 
299 aa  105  8e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 
300 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 
300 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
294 aa  104  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 
296 aa  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 
301 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6221  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
282 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
319 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
296 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
296 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
295 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
303 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.12 
 
 
299 aa  102  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 
298 aa  102  9e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4763  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
289 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
296 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 
308 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
304 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.21 
 
 
301 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
297 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 
303 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 
303 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
302 aa  100  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.21 
 
 
301 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.21 
 
 
301 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
301 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
301 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.21 
 
 
301 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
302 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
292 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.21 
 
 
301 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 
302 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 
299 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 
296 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 
299 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 
299 aa  100  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
305 aa  99.8  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4580  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
315 aa  100  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.308792  normal  0.669632 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  37.37 
 
 
330 aa  100  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.97 
 
 
311 aa  99.8  5e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  35.03 
 
 
290 aa  99.8  5e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 
297 aa  99.4  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.97 
 
 
311 aa  99.4  7e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 
290 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 
290 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8824  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 
316 aa  99  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  39.41 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  38.74 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.7 
 
 
300 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
306 aa  98.6  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 
310 aa  98.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  40.84 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  38.74 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  38.74 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 
290 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  32.2 
 
 
294 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  32.2 
 
 
294 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 
300 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 
300 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  32.2 
 
 
294 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  32.2 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.65 
 
 
297 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1190  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
292 aa  96.7  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 
309 aa  97.1  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 
320 aa  97.1  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
323 aa  96.7  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
302 aa  97.1  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
301 aa  96.7  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 
296 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  31.82 
 
 
294 aa  96.3  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
311 aa  96.3  5e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  35.08 
 
 
311 aa  96.3  5e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
293 aa  96.3  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0337  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 
305 aa  96.7  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0334498  normal  0.771059 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  33.65 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  35.08 
 
 
313 aa  95.9  6e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  33.65 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  34.43 
 
 
295 aa  96.3  6e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.65 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.65 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4893  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 
280 aa  96.3  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0696189  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.65 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.65 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 
300 aa  95.9  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 
298 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 
300 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
292 aa  95.9  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 
300 aa  95.9  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.31 
 
 
292 aa  95.9  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 
300 aa  95.9  8e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 
300 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>