More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0247 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0247  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 205 aa  412  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.767965  normal  0.730186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0277  50S ribosomal protein L4  85.37 
 
 		 205 aa  355  1.9999999999999998e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.187422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0584  50S ribosomal protein L4  81.07 
 
 		 206 aa  340  7e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.745098 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0362  50S ribosomal protein L4  74.27 
 
 		 206 aa  314  6e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1717  50S ribosomal protein L4  74.27 
 
 		 206 aa  314  6e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27266  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2533  50S ribosomal protein L4  73.79 
 
 		 206 aa  313  9e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0760  50S ribosomal protein L4  73.43 
 
 		 206 aa  303  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.536286  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  60.68 
 
 		 206 aa  251  6e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  59.22 
 
 		 206 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  59.71 
 
 		 206 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  58.25 
 
 		 206 aa  230  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2124  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 		 206 aa  230  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2441  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 		 206 aa  230  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.527594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2163  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 		 206 aa  230  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.591953 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 206 aa  229  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 		 206 aa  228  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1365  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 		 206 aa  228  6e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.65413  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1546  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 		 206 aa  228  6e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2219  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 		 206 aa  226  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  56.8 
 
 		 206 aa  226  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  226  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 206 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 206 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1250  50S ribosomal protein L4  57.97 
 
 		 207 aa  219  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.919527  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1957  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0135033  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1232  50S ribosomal protein L4  54.37 
 
 		 206 aa  218  5e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.24642  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1195  50S ribosomal protein L4  54.37 
 
 		 206 aa  218  5e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.280242  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0579  50S ribosomal protein L4  53.4 
 
 		 206 aa  216  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 		 206 aa  214  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2967  50S ribosomal protein L4  53.43 
 
 		 204 aa  211  4.9999999999999996e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.191884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 		 206 aa  210  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1945  50S ribosomal protein L4  52.94 
 
 		 216 aa  209  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  54.37 
 
 		 206 aa  208  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 		 206 aa  208  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1615  50S ribosomal protein L4  52.91 
 
 		 212 aa  207  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.140901 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0699  50S ribosomal protein L4  53.88 
 
 		 206 aa  205  4e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000231924  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0667  50S ribosomal protein L4  53.88 
 
 		 206 aa  205  4e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764856  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2817  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 		 208 aa  204  9e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1355  50S ribosomal protein L4  49.51 
 
 		 206 aa  201  6e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal  0.0533022 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1794  50S ribosomal protein L4  53.4 
 
 		 211 aa  200  9e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130776  normal  0.0731355 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2737  ribosomal protein L4/L1e  54.85 
 
 		 206 aa  200  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.508185  normal  0.224795 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1352  50S ribosomal protein L4  52.43 
 
 		 208 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.149539 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17340  Putative mitochondrial ribosomal protein L4  44.83 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000952824  normal  0.0986734 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  40.69 
 
 		 207 aa  149  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  42.13 
 
 		 207 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  39.02 
 
 		 205 aa  149  3e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  147  9e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 		 206 aa  145  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  39.22 
 
 		 207 aa  145  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 		 207 aa  145  5e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0410  50S ribosomal protein L4  38.05 
 
 		 205 aa  145  5e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 		 207 aa  145  5e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0266  50S ribosomal protein L4  41.75 
 
 		 200 aa  145  6e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000651042  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  41.92 
 
 		 206 aa  144  8.000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0680  50S ribosomal protein L4  37.56 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0323983  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  43.54 
 
 		 215 aa  142  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0267  ribosomal protein L4  42.58 
 
 		 214 aa  140  9.999999999999999e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000000335514  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  38.83 
 
 		 207 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  39.8 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2906  ribosomal protein L4/L1e  41.71 
 
 		 211 aa  138  7e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1866  50S ribosomal protein L4  40.5 
 
 		 213 aa  137  7.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0257015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  38.42 
 
 		 209 aa  136  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  41.18 
 
 		 206 aa  136  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  40.51 
 
 		 206 aa  136  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  39.8 
 
 		 206 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  42.56 
 
 		 206 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 		 204 aa  134  8e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  39.39 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  37.25 
 
 		 205 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  34.65 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2618  50S ribosomal protein L4/L1e  40.44 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0455519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_418  ribosomal protein L4  38.12 
 
 		 210 aa  132  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00538527  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  41.8 
 
 		 207 aa  132  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_002936  DET0475  50S ribosomal protein L4  37.13 
 
 		 210 aa  131  6e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00700158  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0452  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 210 aa  131  6.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000515236  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  37.2 
 
 		 208 aa  131  7.999999999999999e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  37.76 
 
 		 207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1912  50S ribosomal protein L4  42.16 
 
 		 206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.224726 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1945  50S ribosomal protein L4  43.14 
 
 		 206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  35.89 
 
 		 222 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  38.42 
 
 		 207 aa  129  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  39.13 
 
 		 208 aa  129  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  36.89 
 
 		 207 aa  129  3e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  35.96 
 
 		 223 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  35.29 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0661  50S ribosomal protein L4  38.97 
 
 		 210 aa  125  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000586581  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  36.14 
 
 		 207 aa  125  3e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  34.83 
 
 		 207 aa  125  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>