More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1352 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1352  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 208 aa  413  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.149539 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2817  50S ribosomal protein L4  75.96 
 
 		 208 aa  316  2e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1250  50S ribosomal protein L4  74.16 
 
 		 207 aa  295  3e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.919527  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  53.4 
 
 		 206 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 		 206 aa  211  7e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1365  50S ribosomal protein L4  52.91 
 
 		 206 aa  211  7.999999999999999e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.65413  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  53.4 
 
 		 206 aa  211  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2219  50S ribosomal protein L4  54.37 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  53.4 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1546  50S ribosomal protein L4  51.94 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2124  50S ribosomal protein L4  54.37 
 
 		 206 aa  205  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  52.43 
 
 		 206 aa  205  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_004310  BR1232  50S ribosomal protein L4  52.43 
 
 		 206 aa  204  5e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.24642  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1195  50S ribosomal protein L4  52.43 
 
 		 206 aa  204  5e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.280242  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1957  50S ribosomal protein L4  52.43 
 
 		 206 aa  204  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0135033  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2163  50S ribosomal protein L4  53.4 
 
 		 206 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.591953 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2441  50S ribosomal protein L4  53.4 
 
 		 206 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.527594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  52.43 
 
 		 206 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  51.94 
 
 		 206 aa  201  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0579  50S ribosomal protein L4  51.46 
 
 		 206 aa  201  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1794  50S ribosomal protein L4  52.88 
 
 		 211 aa  201  9e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130776  normal  0.0731355 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1355  50S ribosomal protein L4  49.51 
 
 		 206 aa  201  9e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal  0.0533022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  51.46 
 
 		 206 aa  200  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  51.46 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0247  50S ribosomal protein L4  52.43 
 
 		 205 aa  198  3.9999999999999996e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.767965  normal  0.730186 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0584  50S ribosomal protein L4  50 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.745098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1615  50S ribosomal protein L4  51.69 
 
 		 212 aa  196  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.140901 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  50.97 
 
 		 206 aa  195  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0277  50S ribosomal protein L4  52.91 
 
 		 205 aa  195  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.187422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2533  50S ribosomal protein L4  50.97 
 
 		 206 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0699  50S ribosomal protein L4  50.49 
 
 		 206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000231924  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0667  50S ribosomal protein L4  50.49 
 
 		 206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764856  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  50.49 
 
 		 206 aa  195  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0362  50S ribosomal protein L4  50.49 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  50 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1717  50S ribosomal protein L4  50.49 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27266  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  50.49 
 
 		 206 aa  192  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2737  ribosomal protein L4/L1e  54.37 
 
 		 206 aa  187  8e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.508185  normal  0.224795 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1945  50S ribosomal protein L4  52.4 
 
 		 216 aa  186  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0760  50S ribosomal protein L4  52.43 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.536286  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  47.83 
 
 		 206 aa  175  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2967  50S ribosomal protein L4  48.06 
 
 		 204 aa  169  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.191884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  44.21 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 		 205 aa  145  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17340  Putative mitochondrial ribosomal protein L4  40.98 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000952824  normal  0.0986734 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  36.41 
 
 		 209 aa  142  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  38.83 
 
 		 205 aa  142  4e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0410  50S ribosomal protein L4  38.83 
 
 		 205 aa  142  5e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  40.59 
 
 		 207 aa  141  8e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  39.51 
 
 		 207 aa  141  9e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0266  50S ribosomal protein L4  39.69 
 
 		 200 aa  140  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000651042  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  42.23 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  42.16 
 
 		 206 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  40.39 
 
 		 206 aa  137  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  41.97 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  37.13 
 
 		 207 aa  136  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000351414  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  35.78 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  38.35 
 
 		 215 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1866  50S ribosomal protein L4  43.35 
 
 		 213 aa  133  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0257015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  39.6 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  36.63 
 
 		 207 aa  131  7.999999999999999e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  37.67 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0934  50S ribosomal protein L4  38.12 
 
 		 207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000521211  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3327  50S ribosomal protein L4  38.12 
 
 		 207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.78315e-16 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  42.93 
 
 		 206 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  42.11 
 
 		 206 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0680  50S ribosomal protein L4  36.41 
 
 		 204 aa  129  4.0000000000000003e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0323983  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  36.59 
 
 		 208 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  36.63 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  37.37 
 
 		 207 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  35.12 
 
 		 208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2906  ribosomal protein L4/L1e  39.71 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  37.56 
 
 		 207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0627  50S ribosomal protein L4  38.95 
 
 		 220 aa  125  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000530014  hitchhiker  0.00000000000031805 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  38.69 
 
 		 207 aa  124  7e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  32.2 
 
 		 207 aa  124  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  34.98 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  32.21 
 
 		 209 aa  123  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  37.38 
 
 		 208 aa  123  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  35.75 
 
 		 205 aa  123  2e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  35.29 
 
 		 209 aa  122  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  35.12 
 
 		 209 aa  122  4e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  36.41 
 
 		 207 aa  121  6e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  33.17 
 
 		 207 aa  121  6e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  32.41 
 
 		 221 aa  121  7e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0290  ribosomal protein L4/L1e  33.33 
 
 		 208 aa  121  7e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00437959  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  36.87 
 
 		 204 aa  121  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>