More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3183 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 206 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  97.57 
 
 		 206 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  93.2 
 
 		 206 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  90.29 
 
 		 206 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  87.86 
 
 		 206 aa  371  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1546  50S ribosomal protein L4  87.86 
 
 		 206 aa  366  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1365  50S ribosomal protein L4  84.47 
 
 		 206 aa  354  3.9999999999999996e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.65413  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0579  50S ribosomal protein L4  74.76 
 
 		 206 aa  310  1e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  73.79 
 
 		 206 aa  308  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  71.84 
 
 		 206 aa  306  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  72.82 
 
 		 206 aa  305  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  73.79 
 
 		 206 aa  302  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  70.87 
 
 		 206 aa  296  2e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1355  50S ribosomal protein L4  69.42 
 
 		 206 aa  295  4e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal  0.0533022 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  72.33 
 
 		 206 aa  295  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  71.84 
 
 		 206 aa  292  3e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  71.84 
 
 		 206 aa  290  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1957  50S ribosomal protein L4  69.42 
 
 		 206 aa  288  5.0000000000000004e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0135033  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1232  50S ribosomal protein L4  68.93 
 
 		 206 aa  286  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.24642  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1195  50S ribosomal protein L4  68.93 
 
 		 206 aa  286  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.280242  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2441  50S ribosomal protein L4  66.99 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.527594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2163  50S ribosomal protein L4  66.99 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.591953 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2124  50S ribosomal protein L4  66.5 
 
 		 206 aa  282  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2219  50S ribosomal protein L4  67.48 
 
 		 206 aa  280  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2737  ribosomal protein L4/L1e  69.42 
 
 		 206 aa  272  3e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.508185  normal  0.224795 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0699  50S ribosomal protein L4  64.08 
 
 		 206 aa  266  1e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000231924  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0667  50S ribosomal protein L4  64.08 
 
 		 206 aa  266  1e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764856  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1615  50S ribosomal protein L4  63.59 
 
 		 212 aa  260  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.140901 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1794  50S ribosomal protein L4  60.68 
 
 		 211 aa  250  9.000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130776  normal  0.0731355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  61.17 
 
 		 206 aa  240  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0277  50S ribosomal protein L4  59.22 
 
 		 205 aa  231  5e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.187422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2533  50S ribosomal protein L4  56.31 
 
 		 206 aa  227  8e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0247  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.767965  normal  0.730186 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0760  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 206 aa  225  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.536286  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0584  50S ribosomal protein L4  56.31 
 
 		 206 aa  224  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.745098 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0362  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  223  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1717  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  223  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27266  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1352  50S ribosomal protein L4  52.43 
 
 		 208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.149539 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2817  50S ribosomal protein L4  52.2 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2967  50S ribosomal protein L4  51.22 
 
 		 204 aa  195  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.191884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1250  50S ribosomal protein L4  52.66 
 
 		 207 aa  194  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.919527  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1945  50S ribosomal protein L4  49.27 
 
 		 216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  46.11 
 
 		 207 aa  177  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  45.6 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  43.52 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  45.77 
 
 		 206 aa  170  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  43.41 
 
 		 207 aa  169  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  43.01 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  42.49 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  42.49 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  42.49 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  42.49 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  42.49 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  42.49 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  42.49 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  42.49 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  42.49 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  43.43 
 
 		 207 aa  160  8.000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  43.43 
 
 		 207 aa  160  8.000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  40.59 
 
 		 205 aa  160  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  42.86 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  41.46 
 
 		 205 aa  157  9e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0410  50S ribosomal protein L4  41.46 
 
 		 205 aa  155  3e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  40.87 
 
 		 209 aa  155  4e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  42.86 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  39.69 
 
 		 207 aa  155  4e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17340  Putative mitochondrial ribosomal protein L4  45.32 
 
 		 224 aa  155  4e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000952824  normal  0.0986734 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 		 206 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  40.5 
 
 		 205 aa  155  6e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  41.35 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  37.38 
 
 		 209 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  40.4 
 
 		 207 aa  152  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  39.23 
 
 		 209 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_002978  WD0680  50S ribosomal protein L4  40 
 
 		 204 aa  152  5e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0323983  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  43.01 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  37.69 
 
 		 221 aa  149  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  41.45 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  36.82 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000351414  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  41.05 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  37.11 
 
 		 207 aa  148  5e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  41.54 
 
 		 208 aa  147  8e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  38.38 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  37.86 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0267  ribosomal protein L4  43.88 
 
 		 214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000000335514  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 		 208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  37.88 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  38.81 
 
 		 207 aa  144  7.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  40.1 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  40.41 
 
 		 207 aa  143  2e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  40.49 
 
 		 215 aa  143  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  37.56 
 
 		 208 aa  142  3e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  40 
 
 		 209 aa  142  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  37.31 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  38.07 
 
 		 204 aa  141  5e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  37.63 
 
 		 207 aa  142  5e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  35.68 
 
 		 223 aa  142  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  38.07 
 
 		 204 aa  141  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  40.69 
 
 		 206 aa  141  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  37.81 
 
 		 212 aa  140  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>