More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0987 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 206 aa  411  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  86.89 
 
 		 206 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  87.38 
 
 		 206 aa  373  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  85.44 
 
 		 206 aa  358  2e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1957  50S ribosomal protein L4  82.04 
 
 		 206 aa  350  7e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0135033  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1232  50S ribosomal protein L4  80.1 
 
 		 206 aa  346  1e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.24642  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1195  50S ribosomal protein L4  80.1 
 
 		 206 aa  346  1e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.280242  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  81.55 
 
 		 206 aa  341  2.9999999999999997e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0699  50S ribosomal protein L4  72.33 
 
 		 206 aa  313  9e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000231924  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0667  50S ribosomal protein L4  72.33 
 
 		 206 aa  313  9e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764856  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1546  50S ribosomal protein L4  72.82 
 
 		 206 aa  303  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1365  50S ribosomal protein L4  72.82 
 
 		 206 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.65413  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  73.79 
 
 		 206 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  72.82 
 
 		 206 aa  301  6.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  73.3 
 
 		 206 aa  300  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  72.33 
 
 		 206 aa  296  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  68.93 
 
 		 206 aa  293  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  72.82 
 
 		 206 aa  292  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0579  50S ribosomal protein L4  68.93 
 
 		 206 aa  292  3e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  67.48 
 
 		 206 aa  289  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  66.99 
 
 		 206 aa  285  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1355  50S ribosomal protein L4  67.48 
 
 		 206 aa  282  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal  0.0533022 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2219  50S ribosomal protein L4  66.02 
 
 		 206 aa  279  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2441  50S ribosomal protein L4  65.05 
 
 		 206 aa  276  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.527594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2163  50S ribosomal protein L4  65.05 
 
 		 206 aa  276  2e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.591953 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2124  50S ribosomal protein L4  64.08 
 
 		 206 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1615  50S ribosomal protein L4  63.59 
 
 		 212 aa  257  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.140901 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1794  50S ribosomal protein L4  60.68 
 
 		 211 aa  255  3e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130776  normal  0.0731355 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2737  ribosomal protein L4/L1e  65.53 
 
 		 206 aa  251  5.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.508185  normal  0.224795 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 		 206 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0277  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 		 205 aa  224  6e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.187422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2533  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  221  8e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0584  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 		 206 aa  220  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.745098 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1717  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27266  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0362  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0760  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 		 206 aa  214  7e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.536286  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0247  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 		 205 aa  214  9e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.767965  normal  0.730186 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2967  50S ribosomal protein L4  53.17 
 
 		 204 aa  206  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.191884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1352  50S ribosomal protein L4  50.49 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.149539 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2817  50S ribosomal protein L4  49.76 
 
 		 208 aa  187  7e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1945  50S ribosomal protein L4  50.73 
 
 		 216 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1250  50S ribosomal protein L4  52.66 
 
 		 207 aa  182  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.919527  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  44.78 
 
 		 207 aa  178  4e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  46.91 
 
 		 207 aa  177  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  45.88 
 
 		 207 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  175  5e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  44.28 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  47.96 
 
 		 206 aa  171  5.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17340  Putative mitochondrial ribosomal protein L4  46.8 
 
 		 224 aa  170  1e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000952824  normal  0.0986734 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  42.44 
 
 		 207 aa  165  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  41.09 
 
 		 205 aa  161  6e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  42.44 
 
 		 205 aa  160  1e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  41.09 
 
 		 207 aa  157  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  41.09 
 
 		 207 aa  157  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0680  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 		 204 aa  157  9e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0323983  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0410  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 		 205 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  43.15 
 
 		 206 aa  155  6e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  40.51 
 
 		 207 aa  155  6e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  39.22 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  38.97 
 
 		 207 aa  152  2e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  42.64 
 
 		 206 aa  153  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  39.11 
 
 		 205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  40.69 
 
 		 208 aa  152  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  39.5 
 
 		 207 aa  151  5.9999999999999996e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  43.78 
 
 		 206 aa  150  8.999999999999999e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  41.29 
 
 		 207 aa  150  8.999999999999999e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  38.78 
 
 		 207 aa  149  2e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  40.84 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2773  50S ribosomal protein L4  41.33 
 
 		 206 aa  148  6e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0187174  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0661  50S ribosomal protein L4  42.35 
 
 		 210 aa  147  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000586581  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0290  ribosomal protein L4/L1e  39.61 
 
 		 208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00437959  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  37.98 
 
 		 209 aa  146  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  38.69 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  40.2 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  38.54 
 
 		 209 aa  144  8.000000000000001e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  39.71 
 
 		 223 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  37.38 
 
 		 209 aa  144  9e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  38.35 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  39.29 
 
 		 206 aa  143  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  40.21 
 
 		 207 aa  143  2e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0266  50S ribosomal protein L4  40.62 
 
 		 200 aa  142  3e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000651042  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  40 
 
 		 208 aa  142  3e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  40.72 
 
 		 209 aa  142  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  38.5 
 
 		 207 aa  142  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  37.88 
 
 		 207 aa  142  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  39.34 
 
 		 221 aa  141  6e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  41.33 
 
 		 206 aa  141  7e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_002950  PG1937  50S ribosomal protein L4  38.46 
 
 		 209 aa  140  9.999999999999999e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  40.61 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>