More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1365 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1365  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 206 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.65413  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1546  50S ribosomal protein L4  93.69 
 
 		 206 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  85.92 
 
 		 206 aa  361  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  84.47 
 
 		 206 aa  354  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  83.5 
 
 		 206 aa  354  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  83.98 
 
 		 206 aa  353  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  83.98 
 
 		 206 aa  352  2e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0579  50S ribosomal protein L4  74.76 
 
 		 206 aa  314  5e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  74.27 
 
 		 206 aa  314  5e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  73.79 
 
 		 206 aa  312  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  72.33 
 
 		 206 aa  308  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  72.82 
 
 		 206 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1355  50S ribosomal protein L4  68.45 
 
 		 206 aa  301  6.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal  0.0533022 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  70.87 
 
 		 206 aa  296  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  71.84 
 
 		 206 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  71.36 
 
 		 206 aa  295  5e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2441  50S ribosomal protein L4  67.96 
 
 		 206 aa  292  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.527594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  71.36 
 
 		 206 aa  292  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2163  50S ribosomal protein L4  67.96 
 
 		 206 aa  292  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.591953 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2124  50S ribosomal protein L4  67.48 
 
 		 206 aa  291  6e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2219  50S ribosomal protein L4  68.45 
 
 		 206 aa  291  7e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1957  50S ribosomal protein L4  67.96 
 
 		 206 aa  288  4e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0135033  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1232  50S ribosomal protein L4  67.48 
 
 		 206 aa  286  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.24642  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1195  50S ribosomal protein L4  67.48 
 
 		 206 aa  286  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.280242  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2737  ribosomal protein L4/L1e  69.9 
 
 		 206 aa  275  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.508185  normal  0.224795 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0699  50S ribosomal protein L4  64.08 
 
 		 206 aa  270  1e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000231924  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0667  50S ribosomal protein L4  64.08 
 
 		 206 aa  270  1e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764856  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1615  50S ribosomal protein L4  61.17 
 
 		 212 aa  254  9e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.140901 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1794  50S ribosomal protein L4  59.71 
 
 		 211 aa  243  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130776  normal  0.0731355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  61.65 
 
 		 206 aa  242  3e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0277  50S ribosomal protein L4  60.19 
 
 		 205 aa  239  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.187422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0584  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 206 aa  237  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.745098 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2533  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 		 206 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0247  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 		 205 aa  228  6e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.767965  normal  0.730186 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0760  50S ribosomal protein L4  58.25 
 
 		 206 aa  226  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.536286  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1717  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 		 206 aa  225  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27266  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0362  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 		 206 aa  225  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1352  50S ribosomal protein L4  52.91 
 
 		 208 aa  206  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.149539 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2817  50S ribosomal protein L4  52.2 
 
 		 208 aa  202  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2967  50S ribosomal protein L4  51.22 
 
 		 204 aa  200  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.191884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1250  50S ribosomal protein L4  51.69 
 
 		 207 aa  191  5e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.919527  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1945  50S ribosomal protein L4  48.78 
 
 		 216 aa  185  4e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  45.6 
 
 		 207 aa  177  9e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  45.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  46.07 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  46.27 
 
 		 206 aa  172  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17340  Putative mitochondrial ribosomal protein L4  47.29 
 
 		 224 aa  171  6.999999999999999e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000952824  normal  0.0986734 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  42.71 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  42.71 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  40.8 
 
 		 207 aa  164  5.9999999999999996e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 205 aa  164  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  40.3 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  41.46 
 
 		 205 aa  160  1e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  43.88 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0410  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 		 205 aa  158  4e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  38.35 
 
 		 209 aa  157  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  42.86 
 
 		 206 aa  154  6e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0267  ribosomal protein L4  44.9 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000000335514  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  37.19 
 
 		 207 aa  151  5e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  37.5 
 
 		 207 aa  151  5e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  38.31 
 
 		 221 aa  151  8e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  39.11 
 
 		 205 aa  150  8.999999999999999e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  39.61 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0680  50S ribosomal protein L4  39.51 
 
 		 204 aa  149  3e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0323983  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  38.78 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 		 206 aa  149  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  38.19 
 
 		 207 aa  148  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  41.8 
 
 		 206 aa  147  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  38.42 
 
 		 206 aa  147  7e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  40.84 
 
 		 207 aa  147  9e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  37.31 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000351414  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  40.62 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  39.39 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  36.89 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  39.9 
 
 		 209 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  37.19 
 
 		 223 aa  145  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  38.42 
 
 		 223 aa  145  5e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  40.69 
 
 		 206 aa  145  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  37.98 
 
 		 208 aa  144  7.0000000000000006e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  40.86 
 
 		 206 aa  144  8.000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  37.88 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  34.42 
 
 		 221 aa  143  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  37.98 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  39.51 
 
 		 215 aa  142  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3327  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 		 207 aa  142  5e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.78315e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0934  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 		 207 aa  142  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000521211  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0452  50S ribosomal protein L4  36.63 
 
 		 210 aa  141  6e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000515236  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_418  ribosomal protein L4  36.63 
 
 		 210 aa  141  6e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00538527  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0475  50S ribosomal protein L4  36.63 
 
 		 210 aa  141  8e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00700158  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  37.82 
 
 		 207 aa  141  9e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>