More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0603 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  100 
 
 
209 aa  423  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  64.71 
 
 
209 aa  279  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  62.2 
 
 
209 aa  272  3e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  61.27 
 
 
208 aa  266  2e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  59.81 
 
 
209 aa  264  7e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5786  ribosomal protein L4/L1e  60.29 
 
 
209 aa  261  4e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.116422 
 
 
-
 
NC_002950  PG1937  50S ribosomal protein L4  59.9 
 
 
209 aa  258  4e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3161  50S ribosomal protein L4  57.84 
 
 
208 aa  249  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0196  50S ribosomal protein L4  60.87 
 
 
210 aa  247  8e-65  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.371225 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  51.69 
 
 
212 aa  227  9e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  49.04 
 
 
208 aa  216  1e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000340203  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  50 
 
 
208 aa  213  9.999999999999999e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  50 
 
 
208 aa  211  7e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2295  50S ribosomal protein L4  50.48 
 
 
208 aa  208  5e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0333756  hitchhiker  0.00351228 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  48.08 
 
 
208 aa  204  7e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  47.6 
 
 
208 aa  204  1e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0290  50S ribosomal protein L4  49.52 
 
 
212 aa  202  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0843  ribosomal protein L4/L1e  48.77 
 
 
214 aa  199  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  48.1 
 
 
206 aa  194  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
206 aa  192  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  44.66 
 
 
206 aa  184  6e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  6e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
207 aa  184  8e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  9e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  9e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  9e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  9e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  9e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  9e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  9e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  9e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  184  9e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  45.41 
 
 
207 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  42.11 
 
 
209 aa  175  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  44.44 
 
 
207 aa  174  8e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  43.69 
 
 
206 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  43.48 
 
 
208 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  42.93 
 
 
207 aa  172  2.9999999999999996e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  44.88 
 
 
207 aa  171  5e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  42.51 
 
 
207 aa  170  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  44.56 
 
 
209 aa  170  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 
208 aa  169  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0290  ribosomal protein L4/L1e  42.11 
 
 
208 aa  169  3e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00437959  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  169  4e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  169  4e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  42.03 
 
 
207 aa  167  7e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  42.23 
 
 
207 aa  167  1e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 
208 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  43.75 
 
 
206 aa  165  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 
204 aa  165  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  41.06 
 
 
204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  40.67 
 
 
209 aa  162  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  41.09 
 
 
205 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  41.75 
 
 
206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  42.58 
 
 
208 aa  161  5.0000000000000005e-39  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  45.24 
 
 
206 aa  161  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  40.58 
 
 
212 aa  161  7e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  41.06 
 
 
207 aa  161  8.000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  41.55 
 
 
207 aa  160  9e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
207 aa  160  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  41.36 
 
 
221 aa  160  1e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  39.55 
 
 
221 aa  160  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  39.22 
 
 
207 aa  159  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  43.16 
 
 
206 aa  159  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  40.67 
 
 
208 aa  159  3e-38  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000604234  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  38.1 
 
 
214 aa  159  4e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  40.7 
 
 
207 aa  157  1e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  39.81 
 
 
207 aa  157  1e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  40.2 
 
 
207 aa  155  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  42.23 
 
 
221 aa  155  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  40.87 
 
 
206 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  41.83 
 
 
206 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  40.88 
 
 
210 aa  154  8e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  40.39 
 
 
206 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  37.13 
 
 
207 aa  153  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  41.26 
 
 
207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  38.94 
 
 
208 aa  152  2.9999999999999998e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  39.61 
 
 
207 aa  152  4e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  38.29 
 
 
223 aa  151  5e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000824266  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  41.26 
 
 
223 aa  151  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  39.42 
 
 
206 aa  151  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
206 aa  150  8.999999999999999e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  40.29 
 
 
207 aa  150  8.999999999999999e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 
210 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  38.92 
 
 
206 aa  150  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0692  50S ribosomal protein L4  38.57 
 
 
210 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000477042  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  37.38 
 
 
207 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1417  ribosomal protein L4/L1e  39.42 
 
 
211 aa  149  3e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.977567  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  37.86 
 
 
205 aa  149  3e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  38.92 
 
 
207 aa  148  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000351414  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  37.02 
 
 
206 aa  148  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1293  50S ribosomal protein L4  40.56 
 
 
210 aa  147  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000205733  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  39.11 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  39.6 
 
 
206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2231  50S ribosomal protein L4  44.44 
 
 
210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.402946 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  43.98 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17641  50S ribosomal protein L4  41.63 
 
 
210 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17481  50S ribosomal protein L4  41.15 
 
 
210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.533381  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17391  50S ribosomal protein L4  41.63 
 
 
210 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>