More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3953 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3953  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 95 aa  189  8e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4344  GntR family transcriptional regulator  91.55 
 
 		 75 aa  135  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0366486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3960  regulatory protein GntR, HTH  70.67 
 
 		 75 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  47.76 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0259  regulatory protein GntR, HTH  47.83 
 
 		 78 aa  61.6  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0311021 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0724  transcriptional regulator, GntR family  41.89 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4773  regulatory protein GntR HTH  42.11 
 
 		 86 aa  58.5  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0230746  decreased coverage  0.0000199602 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8668  putative transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 111 aa  58.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  39.19 
 
 		 252 aa  57.8  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1165  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 129 aa  57  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  46.27 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  42.42 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  34.38 
 
 		 262 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0086  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.266832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0482  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 105 aa  55.1  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4331  regulatory protein GntR, HTH  41.33 
 
 		 83 aa  55.1  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.157834  normal  0.0446909 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1606  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000225231  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  40.91 
 
 		 247 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0590  transcriptional regulator, GntR family  36.51 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000490216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2941  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 259 aa  54.7  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.994772  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 243 aa  54.7  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 248 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 243 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 243 aa  54.7  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 243 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 243 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4240  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.71 
 
 		 517 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  39.47 
 
 		 255 aa  54.3  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  39.47 
 
 		 255 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 255 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2551  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 242 aa  53.9  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.321871  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1148  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 446 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.976845  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1109  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 446 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  37.88 
 
 		 229 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14010  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 253 aa  53.5  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.646916  normal  0.765571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2428  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 262 aa  52.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 225 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0240  GntR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 473 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4612  transcriptional regulator, GntR family  38.46 
 
 		 339 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3895  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 249 aa  52.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.221719  normal  0.3606 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0740  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 245 aa  52.4  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000268297  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4304  transcriptional regulator  37.68 
 
 		 446 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  36.05 
 
 		 253 aa  51.6  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0659  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 376 aa  51.6  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.263292  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3599  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 256 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5605  transcriptional regulator, GntR family  40.91 
 
 		 266 aa  52  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0794  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 376 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3508  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 246 aa  51.2  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1841  putative transcriptional regulator, GntR family  41.18 
 
 		 83 aa  51.6  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0164679 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  36.36 
 
 		 229 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2596  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.99 
 
 		 464 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.481198 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2320  regulatory protein GntR HTH  36.99 
 
 		 464 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.303874  normal  0.360666 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 255 aa  51.6  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  34.29 
 
 		 238 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 253 aa  50.8  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 266 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1750  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 332 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2473  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 266 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  36.51 
 
 		 253 aa  50.8  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2408  histidine utilization repressor  38.24 
 
 		 266 aa  51.2  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.067403  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2793  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 444 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.102841 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 266 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 266 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 266 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0853  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 282 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.122159  hitchhiker  0.00270002 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0606  GntR domain-containing protein  41.67 
 
 		 245 aa  51.2  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1126  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 475 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5185  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 496 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411857 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6358  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 127 aa  50.4  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2387  transcriptional regulator, GntR family  42.31 
 
 		 133 aa  50.8  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.136165 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 266 aa  50.8  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 269 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 249 aa  50.4  0.000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2005  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 249 aa  50.4  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00857221  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 258 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 		 293 aa  50.4  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  41.67 
 
 		 233 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2153  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 274 aa  50.1  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1294  histidine utilization repressor  42.25 
 
 		 244 aa  50.4  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 251 aa  50.1  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0152  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 237 aa  49.7  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117397 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5275  GntR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 496 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.187277  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  32.88 
 
 		 274 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 233 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 245 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0700  putative transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 		 238 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.516841 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 315 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2483  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 470 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0358309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0046  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 244 aa  49.7  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 243 aa  50.1  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4270  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 254 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000212772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1802  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 264 aa  49.7  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0871111  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 492 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3400  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 442 aa  50.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0939  histidine utilization repressor  37.97 
 
 		 241 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.997369  normal  0.595643 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0426  regulatory protein GntR HTH  36.07 
 
 		 243 aa  50.1  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4653  transcriptional regulator, GntR family  36.62 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4520  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 278 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0718  putative transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 		 238 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5327  transcriptional regulator  38.55 
 
 		 496 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898471  normal  0.06298 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>