More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4612 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4612  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 339 aa  681    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4808  transcriptional regulator, GntR family  57.06 
 
 		 338 aa  380  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000782631 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3237  transcriptional regulator, GntR family  48.66 
 
 		 365 aa  305  8.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.563369 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4217  regulatory protein GntR, HTH  44.35 
 
 		 346 aa  290  3e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.53296  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3881  regulatory protein GntR HTH  43.9 
 
 		 343 aa  278  7e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0954  transcriptional regulator, GntR family  41.34 
 
 		 338 aa  272  7e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1116  regulatory protein GntR, HTH  41.1 
 
 		 332 aa  251  8.000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3120  regulatory protein GntR HTH  37.8 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.109016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1999  regulatory protein GntR, HTH  36.39 
 
 		 335 aa  213  4.9999999999999996e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5298  transcriptional regulator, GntR family  31.95 
 
 		 342 aa  199  6e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.278192  normal  0.0567929 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3597  regulatory protein GntR HTH  34.86 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5644  regulatory protein GntR HTH  30.51 
 
 		 352 aa  164  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.961176  normal  0.782486 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.53 
 
 		 247 aa  67  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0162  regulatory protein GntR, HTH  40.24 
 
 		 121 aa  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000379114  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0160  GntR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 121 aa  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000659048  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0631  transcriptional regulator, GntR family  40.54 
 
 		 121 aa  64.3  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3916  GntR family regulatory protein  26.94 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3808  GntR family regulatory protein  26.48 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1175  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 124 aa  63.5  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0796897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3977  GntR family regulatory protein  26.51 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3796  GntR family regulatory protein  26.51 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2407  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 159 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00608999  normal  0.35427 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3874  GntR family regulatory protein  26.51 
 
 		 239 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 243 aa  62  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2228  regulatory protein GntR HTH  24.7 
 
 		 370 aa  62  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.916284  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0429  regulatory protein GntR HTH  35.63 
 
 		 122 aa  61.6  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2363  GntR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 459 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2248  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 128 aa  60.5  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3936  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.105249 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0646  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1407  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.378384  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1271  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  43.59 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1243  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.151316  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1245  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1514  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1373  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3880  transcriptional regulator, GntR family  40.51 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000682902  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1445  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000575051 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02430  transcriptional regulator with HTH domain and aminotransferase domain  37.18 
 
 		 478 aa  59.7  0.00000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3817  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4098  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.57441e-29 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1133  regulatory protein GntR, HTH  32.56 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4209  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000240895  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4146  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1606  transcriptional regulator, GntR family  39.76 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000225231  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4063  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1278  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0107112  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15470  regulatory protein GntR HTH  41.77 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230103  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1472  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 126 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  28.81 
 
 		 252 aa  58.9  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1857  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.88 
 
 		 468 aa  58.9  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1424  putative transcriptional regulator, GntR family  39.76 
 
 		 246 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.07575  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  32.71 
 
 		 231 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  39.02 
 
 		 243 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  32.71 
 
 		 231 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4186  transcriptional regulator, GntR family  30.28 
 
 		 139 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0817984  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4299  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606617  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4333  transcriptional regulator, GntR family  44.78 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000068149  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18240  transcriptional regulator, GntR family  39.71 
 
 		 160 aa  57.8  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.41291  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4126  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000992152  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2742  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 		 482 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.254452  hitchhiker  0.00000487111 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3966  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000936551  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2581  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 482 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3833  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 139 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 231 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1052  transcriptional regulator, GntR family  30.28 
 
 		 139 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681455 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 493 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4445  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000230512  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1077  regulatory protein GntR HTH  32.88 
 
 		 126 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4242  transcriptional regulator, GntR family  44.78 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4077  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000584944  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1390  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 129 aa  58.5  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000697536  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3766  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4353  transcriptional regulator, GntR family  44.78 
 
 		 124 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000250168  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  29.9 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2920  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2666  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154672  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2722  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3243  regulatory protein GntR, HTH  32.05 
 
 		 126 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4822  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2389  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 477 aa  57.4  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486375  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2355  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 482 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2665  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 		 482 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.135654  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2609  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 482 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  37.5 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  37.5 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  37.5 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1937  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 466 aa  57.8  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>