More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0954 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0954  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 338 aa  689    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3881  regulatory protein GntR HTH  51.94 
 
 		 343 aa  354  2e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4612  transcriptional regulator, GntR family  41.34 
 
 		 339 aa  272  7e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4808  transcriptional regulator, GntR family  41.79 
 
 		 338 aa  267  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000782631 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3237  transcriptional regulator, GntR family  39.82 
 
 		 365 aa  250  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.563369 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4217  regulatory protein GntR, HTH  38.97 
 
 		 346 aa  249  5e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.53296  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1116  regulatory protein GntR, HTH  35.03 
 
 		 332 aa  206  5e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1999  regulatory protein GntR, HTH  34.34 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3120  regulatory protein GntR HTH  32.64 
 
 		 337 aa  189  9e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.109016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5298  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.278192  normal  0.0567929 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3597  regulatory protein GntR HTH  30.37 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5644  regulatory protein GntR HTH  28.61 
 
 		 352 aa  143  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.961176  normal  0.782486 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06740  predicted transcriptional regulator  41.18 
 
 		 135 aa  60.5  0.00000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.581792  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08090  transcriptional regulator with HTH domain and aminotransferase domain  36.71 
 
 		 475 aa  60.1  0.00000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000657612 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4186  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0817984  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4146  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3817  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3833  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4209  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000240895  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1052  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681455 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4098  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.57441e-29 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3907  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 139 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4705  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.03 
 
 		 472 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798058 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3628  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  27.03 
 
 		 472 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3826  transcriptional regulator, GntR family  26.52 
 
 		 329 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.28204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 478 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  39.24 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1857  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40 
 
 		 468 aa  58.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3775  transcriptional regulator, GntR family  26.52 
 
 		 329 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3987  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 139 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.142638  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4298  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 139 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4553  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1076  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0019673 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0646  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1294  GntR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 243 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.014181  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0597  trehalose operon transcriptional repressor  35.38 
 
 		 236 aa  55.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.464881  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  28.09 
 
 		 240 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2506  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 477 aa  55.8  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00205118  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2472  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 477 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.656755  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0366  transcriptional regulator, GntR family  39.74 
 
 		 128 aa  55.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0389778  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18240  transcriptional regulator, GntR family  33.8 
 
 		 160 aa  55.8  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.41291  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0630  trehalose operon transcriptional repressor  35.38 
 
 		 236 aa  55.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1315  transcriptional regulator, GntR family  27.38 
 
 		 125 aa  55.5  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0274198  hitchhiker  0.00236205 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2775  regulatory protein GntR HTH  35 
 
 		 139 aa  55.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.233655  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1471  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  41.79 
 
 		 472 aa  55.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.352994  normal  0.0159158 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  28.09 
 
 		 240 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2769  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 477 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000296805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0541  trehalose operon transcriptional repressor  35.38 
 
 		 236 aa  55.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0541  trehalose operon transcriptional repressor  35.38 
 
 		 236 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4671  trehalose operon repressor  35.38 
 
 		 236 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.38863e-21 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0543  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 236 aa  55.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0685  trehalose operon repressor  35.38 
 
 		 236 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.327487 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0666  trehalose operon repressor  35.38 
 
 		 236 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6904  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 483 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2745  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I protein  42.03 
 
 		 477 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.59979e-16 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0698  trehalose operon transcriptional repressor  35.38 
 
 		 236 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2550  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 477 aa  54.7  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241547  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2409  transcriptional regulator  39.74 
 
 		 479 aa  54.3  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00453228  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2737  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 477 aa  54.7  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0759  trehalose operon repressor  35.38 
 
 		 236 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0722  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 245 aa  54.3  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0740  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 245 aa  53.9  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000268297  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3945  transcriptional regulator  26.14 
 
 		 476 aa  54.3  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1106  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 		 125 aa  53.9  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.866665  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  34.67 
 
 		 245 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  34.67 
 
 		 245 aa  53.9  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1647  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 467 aa  53.9  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.420905 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0726  transcriptional regulator  25.22 
 
 		 482 aa  53.9  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0919196 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1572  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 288 aa  53.5  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289458 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1216  GntR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 329 aa  53.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2133  GntR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 476 aa  53.5  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20911  putative transcriptional regulator  26.62 
 
 		 329 aa  53.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.605524  normal  0.66693 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1750  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 254 aa  53.5  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0970545  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0126  regulatory protein GntR HTH  36.92 
 
 		 251 aa  53.1  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0616081  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0121  regulatory protein GntR, HTH  36.92 
 
 		 251 aa  53.1  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000430087  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  34.67 
 
 		 245 aa  53.1  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  34.67 
 
 		 245 aa  53.1  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3135  transcriptional regulator GntR  25.77 
 
 		 247 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0018  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 467 aa  53.1  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3960  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 586 aa  52.8  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0473267 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  30.48 
 
 		 231 aa  52.8  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15050  regulatory protein GntR HTH  33.75 
 
 		 368 aa  52.8  0.000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.34825  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2504  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 327 aa  52.8  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  35.44 
 
 		 240 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  35.44 
 
 		 240 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  25.84 
 
 		 240 aa  52  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0073  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 127 aa  52.4  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.138424  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  35.44 
 
 		 240 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  30.48 
 
 		 231 aa  52.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3799  histidine utilization repressor  30.48 
 
 		 231 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0076  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 488 aa  52.4  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2386  histidine utilization repressor  30.48 
 
 		 231 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  35.44 
 
 		 240 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 243 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0107  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 126 aa  52.4  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  35.44 
 
 		 240 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4641  histidine utilization repressor  30.48 
 
 		 231 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1451  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.33 
 
 		 490 aa  52  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  37.5 
 
 		 240 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  29.52 
 
 		 231 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3722  histidine utilization repressor  30.48 
 
 		 231 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0942262 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>