55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3618 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3618  hypothetical protein  100 
 
 		 362 aa  742    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1378  hypothetical protein  28.66 
 
 		 1030 aa  123  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.872311  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  28.47 
 
 		 1750 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4088  serine/threonine protein kinase  28.7 
 
 		 850 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.527089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2500  leucine-rich repeat-containing protein  27.56 
 
 		 1351 aa  102  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7287  serine/threonine protein kinase  26.74 
 
 		 892 aa  94.4  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0443497  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2779  hypothetical protein  25.44 
 
 		 1051 aa  90.5  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.380242 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4089  serine/threonine protein kinase  25.98 
 
 		 772 aa  89  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.205571  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1791  NHL repeat containing protein  28.33 
 
 		 425 aa  87.4  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.326453  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  26.65 
 
 		 1763 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1359  NHL repeat containing protein  24.79 
 
 		 439 aa  82.8  0.000000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.666477 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2917  NHL repeat containing protein  27.54 
 
 		 623 aa  80.1  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.304592  normal  0.453442 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0408  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.23 
 
 		 693 aa  77.8  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785735  normal  0.15039 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4618  NHL repeat-containing protein  24.17 
 
 		 1026 aa  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7126  serine/threonine protein kinase  27.44 
 
 		 770 aa  77.4  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  27.36 
 
 		 2831 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2981  NHL repeat containing protein  25.09 
 
 		 2296 aa  76.3  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2265  NHL repeat-containing protein  25.63 
 
 		 963 aa  73.2  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.397951  normal  0.439164 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0556  immunoglobulin I-set domain-containing protein  24.71 
 
 		 1130 aa  71.6  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.329662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0044  serine/threonine protein kinase  26.05 
 
 		 863 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0701705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4185  serine/threonine protein kinase  22.73 
 
 		 719 aa  72  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7086  serine/threonine protein kinase  23.42 
 
 		 732 aa  70.5  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7288  serine/threonine protein kinase  24.62 
 
 		 807 aa  67.4  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134567  normal  0.30608 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2854  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.07 
 
 		 1292 aa  67.4  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0274394  normal  0.093276 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1358  NHL repeat containing protein  23.68 
 
 		 646 aa  64.3  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.967304 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  27.91 
 
 		 2961 aa  63.9  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4090  serine/threonine protein kinase  22.92 
 
 		 756 aa  63.2  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.252638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3843  NHL repeat containing protein  26.79 
 
 		 1046 aa  63.2  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0246016 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0359  NHL repeat-containing protein  26.56 
 
 		 448 aa  60.1  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.570534 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0416  hypothetical protein  25.87 
 
 		 346 aa  57.8  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0322809  normal  0.695963 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  24.13 
 
 		 2350 aa  56.2  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2074  NHL repeat containing protein  27.32 
 
 		 522 aa  55.5  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.614793 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0370  Fibronectin type III domain protein  21.99 
 
 		 841 aa  55.1  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.800383  normal  0.932394 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1345  NHL repeat containing protein  22.71 
 
 		 676 aa  55.1  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.871064 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3814  NHL repeat containing protein  23.74 
 
 		 359 aa  53.9  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000186749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2630  PKD domain containing protein  23.29 
 
 		 930 aa  52.8  0.000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.668358  decreased coverage  0.0001414 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0908  gluconolactonase  22.44 
 
 		 342 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.17943 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2063  NHL repeat containing protein  29.41 
 
 		 652 aa  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2369  NHL repeat containing protein  25.38 
 
 		 579 aa  51.2  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.547997 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2553  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  23.42 
 
 		 338 aa  50.8  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2644  hypothetical protein  25.41 
 
 		 359 aa  49.3  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0696665  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  22.36 
 
 		 1834 aa  48.9  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  25.91 
 
 		 627 aa  48.9  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  20.69 
 
 		 668 aa  48.1  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6443  NHL repeat containing protein  27.41 
 
 		 344 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3599  hypothetical protein  31.03 
 
 		 694 aa  48.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.161985  decreased coverage  0.00880556 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0840  NHL repeat containing protein  24.87 
 
 		 390 aa  47.8  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0361513  normal  0.0920788 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2986  PA14 domain-containing protein  20.28 
 
 		 1293 aa  47  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1869  NHL repeat containing protein  22.42 
 
 		 307 aa  46.6  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3620  putative surface layer protein  20.82 
 
 		 752 aa  46.2  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  23.96 
 
 		 504 aa  44.7  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4723  NHL repeat containing protein  22.47 
 
 		 1079 aa  45.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.645184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1273  NHL repeat containing protein  19.42 
 
 		 387 aa  44.7  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.349999  normal  0.851657 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0423  NHL repeat containing protein  23.08 
 
 		 831 aa  44.3  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0378567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2303  gluconolactonase  21.99 
 
 		 345 aa  43.5  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000255623 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>