More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3535 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3535  putative transcription regulator  100 
 
 		 303 aa  627  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.93 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  31.29 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  29.21 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  36.18 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  36.18 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  34.81 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  36.18 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  31.63 
 
 		 303 aa  142  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  35.49 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  30.56 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.27 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  34.56 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  27.8 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.46 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 313 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 313 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>