More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3336 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3506  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  84.33 
 
 		 428 aa  701    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3336  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 429 aa  879    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0132236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3005  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.87 
 
 		 445 aa  600  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.20592  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3021  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.03 
 
 		 472 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1363  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.03 
 
 		 472 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1337  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.03 
 
 		 472 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1327  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.03 
 
 		 472 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1254  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.57 
 
 		 481 aa  587  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1501  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  67.66 
 
 		 456 aa  568  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2752  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.71 
 
 		 461 aa  567  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2830  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.71 
 
 		 461 aa  567  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2928  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.3 
 
 		 487 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2777  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.73 
 
 		 451 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2576  DEAD/DEAH box helicase-like protein  61.78 
 
 		 422 aa  518  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2796  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.46 
 
 		 423 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1590  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.64 
 
 		 455 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1807  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  50.71 
 
 		 433 aa  421  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.527975  normal  0.043326 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.11 
 
 		 453 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.11 
 
 		 453 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.11 
 
 		 453 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.11 
 
 		 453 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.11 
 
 		 453 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  53.58 
 
 		 454 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.58 
 
 		 454 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.58 
 
 		 454 aa  415  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.58 
 
 		 454 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  53.58 
 
 		 454 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.58 
 
 		 454 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.58 
 
 		 455 aa  414  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.58 
 
 		 454 aa  414  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.32 
 
 		 454 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.44 
 
 		 462 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.88 
 
 		 477 aa  408  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.09 
 
 		 476 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.58 
 
 		 456 aa  408  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.44 
 
 		 452 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.89 
 
 		 435 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0919  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.51 
 
 		 432 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.88 
 
 		 432 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3241  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.88 
 
 		 433 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1279  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.88 
 
 		 433 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0871578 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3098  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.88 
 
 		 433 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.872049  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.88 
 
 		 433 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3068  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.61 
 
 		 433 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546349  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1312  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  53.46 
 
 		 434 aa  395  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.539045  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.88 
 
 		 433 aa  398  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.05 
 
 		 455 aa  397  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1383  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.5 
 
 		 433 aa  394  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0950  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.37 
 
 		 432 aa  394  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.52 
 
 		 418 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.54 
 
 		 451 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0886  DEAD/DEAH box helicase-like protein  52.13 
 
 		 433 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.54 
 
 		 451 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2892  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.38 
 
 		 433 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2988  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.13 
 
 		 433 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.13 
 
 		 433 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  47.13 
 
 		 540 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.52 
 
 		 565 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.53 
 
 		 426 aa  382  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.52 
 
 		 560 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.74 
 
 		 485 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.53 
 
 		 486 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.4 
 
 		 522 aa  378  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1101  DEAD/DEAH box helicase  48.91 
 
 		 460 aa  377  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.173172  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  49.74 
 
 		 485 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  49.74 
 
 		 485 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  50.53 
 
 		 484 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 		 482 aa  376  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2447  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.29 
 
 		 447 aa  376  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  49.74 
 
 		 485 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  50.53 
 
 		 486 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  49.74 
 
 		 485 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 480 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.53 
 
 		 486 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001506  ATP-dependent RNA helicase  46.35 
 
 		 430 aa  372  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000291883  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  50.13 
 
 		 398 aa  372  1e-102  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.34 
 
 		 543 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.13 
 
 		 515 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.35 
 
 		 479 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05443  ATP-dependent RNA helicase  45.88 
 
 		 430 aa  373  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.62 
 
 		 443 aa  375  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.64 
 
 		 477 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.35 
 
 		 480 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  48.19 
 
 		 420 aa  370  1e-101  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.34 
 
 		 488 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.77 
 
 		 492 aa  370  1e-101  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  49.09 
 
 		 510 aa  371  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  50.27 
 
 		 473 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.89 
 
 		 441 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.36 
 
 		 540 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.19 
 
 		 411 aa  371  1e-101  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.07 
 
 		 420 aa  367  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  45.97 
 
 		 495 aa  366  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.68 
 
 		 425 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.68 
 
 		 506 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1362  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.59 
 
 		 469 aa  366  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.8 
 
 		 471 aa  368  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.84 
 
 		 422 aa  367  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.68 
 
 		 550 aa  363  3e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.37 
 
 		 515 aa  363  4e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.846245 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>