More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1108 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1108  hypothetical protein  100 
 
 		 248 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1721  cytochrome c, class I  34.52 
 
 		 204 aa  125  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4809  cytochrome c, class I  40.12 
 
 		 213 aa  95.9  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3764  hypothetical protein  36.48 
 
 		 359 aa  93.2  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0186816  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  33.18 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  27.27 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  28.34 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  28.88 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1404  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  31.87 
 
 		 256 aa  70.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  30.63 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3894  cytochrome c553-like protein  30.41 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  27.7 
 
 		 200 aa  68.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0670  cytochrome c553  28.73 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.680454  normal  0.316567 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  31.6 
 
 		 220 aa  68.2  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4237  cytochrome c class I  30.69 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00192123  normal  0.323742 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  27.59 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  27.23 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  28.19 
 
 		 205 aa  66.2  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0687  cytochrome c class I  27.09 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  28.26 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  27.83 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  28.5 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  28.32 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  30.77 
 
 		 217 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  29.47 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  30.67 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  29.44 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  28.64 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  30.32 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  29.41 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32530  putative cytochrome c  28.43 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.274349 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  29.28 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6402  cytochrome c, class I  29.89 
 
 		 218 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35390  pyoverdine biosynthesis protein PvcD  33.78 
 
 		 215 aa  62  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.15131  normal  0.0513213 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  31.29 
 
 		 223 aa  61.6  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  27.51 
 
 		 179 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2984  pyoverdine biosynthesis protein PvcD  33.11 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  28.64 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  29.91 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2739  cytochrome c, class I  28.89 
 
 		 218 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.437808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  26.09 
 
 		 246 aa  62  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  29.91 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  29.12 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  29.91 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  29.91 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1848  cytochrome c class I  28.98 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.298737  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2865  cytochrome c, class I  32.12 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.240799  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1530  cytochrome c class I  30.48 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0409  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 267 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  29.28 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0076  cytochrome c4 precursor  29.11 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  30.38 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  28.64 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  28.64 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2756  putative cytochrome c  29.29 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170388  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  26.47 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3546  cytochrome c family protein  29.13 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3403  cytochrome c class I  28.72 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.670594  normal  0.50409 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4605  cytochrome c, class I  33.53 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0013993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2705  cytochrome c class I  26.82 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000103804  unclonable  0.0000000000307641 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3107  cytochrome c4  26.82 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0350454  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1493  putative cytochrome c related protein  30 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.164831  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  30.11 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  30.11 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1360  cytochrome c family protein  30 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.264003  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  26.89 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2873  cytochrome c family protein  30.46 
 
 		 262 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2566  putative cytochrome c  28.42 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458345 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  25.65 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  27.27 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  27.6 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  27.84 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  28.57 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  30.85 
 
 		 211 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2750  cytochrome c class I  26.01 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0318755  hitchhiker  0.00000419826 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1354  cytochrome c family protein  30 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3152  cytochrome c552  26.01 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.720354  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  30.93 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  27.86 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  29.19 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  28.49 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  30.93 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8118  cytochrome c class I  29.41 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0808523  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  30.93 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  29.61 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1798  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.86 
 
 		 292 aa  57  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0621  cytochrome c class I  27.23 
 
 		 269 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  29.03 
 
 		 217 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  43.75 
 
 		 206 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  27.19 
 
 		 207 aa  57  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  27.27 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  26.29 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  29.03 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1242  putative cytochrome c  28.02 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.291072  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  25.97 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  29.03 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  29.03 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4451  cytochrome c class I  28.99 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.676804  normal  0.145709 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>