More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4940 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4940  hypothetical protein  100 
 
 		 304 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.234076  normal  0.439093 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2053  RarD family protein  68.21 
 
 		 301 aa  358  5e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.163977  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1169  hypothetical protein  39.16 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2716  hypothetical protein  39.1 
 
 		 329 aa  188  9e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.596336  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  29.31 
 
 		 320 aa  96.7  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.73 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  25.74 
 
 		 317 aa  89.4  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0929  hypothetical protein  29.51 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0374563 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.09 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2143  drug/metabolite exporter family protein  28.92 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000798469  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  28.83 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  26.1 
 
 		 292 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  25.75 
 
 		 331 aa  85.5  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  26.01 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.48 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  24.66 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  24.19 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  25.93 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  32.74 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  27.96 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  26.15 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  26.01 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  26.01 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  26.35 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0408  integral membrane protein  27.5 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00379615  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  28.73 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  24.32 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.08 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  30.04 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  24.32 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  22.89 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  22.95 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2509  hypothetical protein  26.11 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126674  normal  0.276837 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  29.85 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.29 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0573  hypothetical protein  23.72 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  24.58 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  24.32 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63910  hypothetical protein  26.01 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4162  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.56 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  26.9 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  22.26 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0400  hypothetical protein  24.07 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  27.68 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1600  drug/metabolite exporter (DME) family protein  28.09 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  27.8 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0255  hypothetical protein  28.71 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0393  hypothetical protein  26.92 
 
 		 334 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.21317 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  24.41 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  29.85 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.24 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  25.17 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  25.27 
 
 		 294 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  25.68 
 
 		 306 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.6 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  24.75 
 
 		 319 aa  72.4  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  25.63 
 
 		 281 aa  71.2  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  24.25 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00760  hypothetical protein  26.69 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0158  hypothetical protein  25.27 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  27.83 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  27.68 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.15 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  26.88 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1038  hypothetical protein  26.86 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  26.91 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07041  integral membrane protein, DUF6  23.96 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0828931  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09201  integral membrane protein, DUF6  26.43 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0599232  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0751  hypothetical protein  27.85 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.27541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5553  hypothetical protein  25.68 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1711  RhaT family protein  23.73 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.466454  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1388  hypothetical protein  24.01 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  25.11 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2540  hypothetical protein  26.26 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0643  hypothetical protein  25.34 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254759  normal  0.394325 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1573  integral membrane protein  25.41 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  25.42 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1559  hypothetical protein  25.44 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  29.19 
 
 		 316 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0341  hypothetical protein  23.39 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.514286 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0355  hypothetical protein  23.39 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  23.18 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.03 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3812  hypothetical protein  29.59 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0283  hypothetical protein  27.06 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2410  hypothetical protein  41.84 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116098  normal  0.54382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  24.25 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0859  integral membrane protein, DUF6  22.99 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.24873  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2483  hypothetical protein  30.69 
 
 		 288 aa  65.1  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.941945  normal  0.050629 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  29.52 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  27.93 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15881  integral membrane protein, DUF6  25.89 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  24.13 
 
 		 331 aa  63.9  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  26.92 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.75 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  27.85 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1751  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.46 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  28.25 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  25.45 
 
 		 305 aa  62  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>