More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4394 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4394  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 319 aa  651    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0284996  normal  0.833034 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2477  ribokinase-like domain-containing protein  31.69 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2589  PfkB domain protein  30.61 
 
 		 387 aa  122  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2607  PfkB domain protein  28.81 
 
 		 363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000945109 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2897  ribokinase-like domain-containing protein  28.71 
 
 		 387 aa  108  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3857  PfkB domain protein  31.38 
 
 		 373 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1520  PfkB domain protein  27.62 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.395402  normal  0.0514354 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0660  ribokinase family sugar kinase  27.93 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0298925  normal  0.606106 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00870  sugar kinase, ribokinase  30.29 
 
 		 445 aa  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.454231  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2767  putative carbohydrate kinase  26.41 
 
 		 385 aa  98.6  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.634409  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1706  PfkB domain protein  26.76 
 
 		 319 aa  96.3  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5122  PfkB domain protein  27.15 
 
 		 347 aa  95.5  9e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1214  ribokinase-like domain-containing protein  30.47 
 
 		 329 aa  93.6  5e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0185  ribokinase  27.03 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000069064  normal  0.0609987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4692  PfkB domain protein  30.57 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.099486  normal  0.349994 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  25.4 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  26.92 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0970  carbohydrate kinase  26.87 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3217  PfkB domain protein  25.38 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  27.92 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  25.73 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  25.32 
 
 		 398 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1170  PfkB domain-containing protein  27.92 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0154398  normal  0.362053 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5056  PfkB domain protein  29.68 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1649  ribokinase-like domain-containing protein  26.46 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0416676  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0735  PfkB domain-containing protein  26.64 
 
 		 317 aa  75.9  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.263465  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0987  ribokinase  27.89 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.135221  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2129  putative sugar kinase  30.71 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.101939  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0151  PfkB  38.02 
 
 		 331 aa  75.5  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  24.27 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  24.27 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  24.27 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  24.27 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  24.27 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0395  aminoimidazole riboside kinase  28.12 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0581877  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05691  carbohydrate kinase  30.95 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0990225  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2291  PfkB domain protein  29.74 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3386  ribokinase-like domain-containing protein  24.41 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.139536 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18220  Fructokinase  26.52 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.749798  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6402  kinase, PfkB family  40.95 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223985  normal  0.0576873 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2001  PfkB domain protein  38.53 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  25 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2019  aminoimidazole riboside kinase  28.78 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0270358  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0351  aminoimidazole riboside kinase  28.34 
 
 		 307 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.735787  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2905  aminoimidazole riboside kinase  29.39 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00998461  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  27.14 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  25.72 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  23.86 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5895  sugar kinase, putative  39.05 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.760771  normal  0.0122717 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1627  PfkB domain protein  28.14 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.100578  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  27.14 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0178  ribokinase-like domain-containing protein  27.14 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.613115  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  24.83 
 
 		 424 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0971  aminoimidazole riboside kinase  26.88 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00309121  normal  0.0346902 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  27.72 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  26.64 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  30.37 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  30.37 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  27.14 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  27.34 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1996  PfkB family kinase  27.14 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  30.37 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  26.21 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  27.81 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7479  ribokinase  27.49 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  26.96 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  27.54 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2452  PfkB  25.27 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.826037  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  25.71 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  25.41 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  26.21 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  24.5 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  25.4 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1802  ribokinase family sugar kinase  24.91 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00331295  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  24.34 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  26.79 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  23.39 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2568  ribokinase-like domain-containing protein  27.43 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7068  PfkB  28.23 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1366  ribokinase-like domain-containing protein  27.41 
 
 		 320 aa  68.9  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  26.54 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0873  ribokinase-like domain-containing protein  29.83 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.763397  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  26.54 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2720  PfkB domain protein  27.87 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0169  carbohydrate kinase  26.77 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1622  hypothetical protein  23.91 
 
 		 628 aa  67.8  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1617  hypothetical protein  24.31 
 
 		 628 aa  68.2  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0259  ribokinase  38.32 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00211116  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0162  carbohydrate kinase  26.77 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.98466  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1856  PfkB family kinase  26.98 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0158072  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2132  PfkB domain protein  28.47 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  23.38 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0501  PfkB domain protein  26.9 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.501412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  24.76 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0275  PfkB domain-containing protein  29.96 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2872  PfkB  33.73 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.626247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2797  carbohydrate kinase  23.9 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.375815  normal  0.409466 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1626  PfkB domain protein  26.69 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.124685  normal  0.814532 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05321  carbohydrate kinase  25.4 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0559209  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2854  ribokinase-like domain-containing protein  26.45 
 
 		 328 aa  67  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000011716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>