More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3002 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_02211  amino acid transporter  79.41 
 
 		 462 aa  663    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.213349  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3002  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 455 aa  875    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.993611  normal  0.0187345 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2563  amino acid permease-associated region  70.11 
 
 		 461 aa  555  1e-157  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.239027  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2299  amino acid permease-associated region  69.38 
 
 		 459 aa  554  1e-156  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000157648 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0972  amino acid permease-associated region  67.72 
 
 		 470 aa  514  1e-144  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1078  amino acid permease-associated region  66.37 
 
 		 469 aa  507  9.999999999999999e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22390  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  50.77 
 
 		 457 aa  389  1e-107  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3591  amino acid permease-associated region  53.78 
 
 		 465 aa  382  1e-105  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.251837  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3325  amino acid permease-associated region  50.11 
 
 		 471 aa  355  1e-96  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2876  GABA permease  43.33 
 
 		 463 aa  344  2e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.975083  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3893  amino acid permease-associated region  43.81 
 
 		 472 aa  339  5e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.375275 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2921  GABA permease  43.11 
 
 		 463 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.84822  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1317  GABA permease  45.23 
 
 		 465 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.319742  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2583  GABA permease  42.48 
 
 		 463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0452  GABA permease  42.26 
 
 		 463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.131648  normal  0.0220043 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0522  GABA permease  42.48 
 
 		 463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829612  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3609  GABA transporter  42.26 
 
 		 463 aa  336  5e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0426  GABA permease  42.26 
 
 		 463 aa  336  5e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0494  GABA permease  42.48 
 
 		 463 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3572  GABA permease  43.46 
 
 		 467 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1926  GABA permease  43.46 
 
 		 467 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.620655  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0660  GABA permease  43.46 
 
 		 467 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4133  amino acid permease-associated region  45 
 
 		 472 aa  334  2e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0956  GABA permease  43.46 
 
 		 467 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0515  GABA permease  43.46 
 
 		 467 aa  333  4e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3590  GABA permease  43.46 
 
 		 541 aa  333  5e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.566491  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3600  GABA permease  43.46 
 
 		 587 aa  333  5e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18864  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4765  amino acid permease-associated region  45.21 
 
 		 463 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4627  amino acid permease-associated region  44.98 
 
 		 463 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000229605 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5356  gamma-aminobutyrate permease  41.02 
 
 		 463 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3774  GABA permease  41.74 
 
 		 464 aa  329  7e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000143928  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4756  amino acid permease  44.75 
 
 		 463 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000433889  hitchhiker  0.00291295 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3751  GABA permease  41.52 
 
 		 487 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00254323  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0667  amino acid permease-associated region  43.21 
 
 		 464 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.450649  normal  0.0171669 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3823  GABA permease  41.39 
 
 		 464 aa  327  3e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.110576  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3570  GABA permease  40.94 
 
 		 464 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.132748  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3468  gamma-aminobutyrate permease  40.94 
 
 		 464 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3482  gamma-aminobutyrate permease  40.94 
 
 		 464 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4909  GABA permease  40.89 
 
 		 463 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3489  GABA permease  41.74 
 
 		 464 aa  326  4.0000000000000003e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3853  GABA permease  40.94 
 
 		 464 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.261193  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1805  amino acid permease-associated region  44.84 
 
 		 469 aa  321  1.9999999999999998e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0607317  normal  0.317235 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02519  gamma-aminobutyrate transporter  40 
 
 		 466 aa  320  3e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2911  GABA permease  40.27 
 
 		 463 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3905  gamma-aminobutyrate transporter  40 
 
 		 466 aa  320  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.667666 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02483  hypothetical protein  40 
 
 		 466 aa  320  3e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1020  GABA permease  40 
 
 		 466 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1043  gamma-aminobutyrate transporter  40 
 
 		 466 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2783  gamma-aminobutyrate transporter  40 
 
 		 466 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.414998 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2798  gamma-aminobutyrate transporter  40 
 
 		 466 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2938  gamma-aminobutyrate transporter  40.54 
 
 		 466 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.111546 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3218  gamma-aminobutyrate transporter  40 
 
 		 466 aa  319  5e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3276  GABA permease  44.82 
 
 		 461 aa  319  6e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3095  gamma-aminobutyrate transporter  40.32 
 
 		 466 aa  319  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.5594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2990  gamma-aminobutyrate transporter  40.32 
 
 		 466 aa  319  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0706778 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2906  gamma-aminobutyrate transporter  40.32 
 
 		 466 aa  319  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2973  gamma-aminobutyrate transporter  40.32 
 
 		 466 aa  319  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  0.0482196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2780  GABA permease  40.27 
 
 		 463 aa  319  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.725918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2943  gamma-aminobutyrate transporter  39.78 
 
 		 466 aa  318  9e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1107  amino acid permease-associated region  45.96 
 
 		 453 aa  318  1e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.144574  normal  0.611938 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3570  amino acid permease-associated region  43.27 
 
 		 460 aa  318  2e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.406953  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0906  amino acid permease-associated region  39.91 
 
 		 468 aa  315  7e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0307  GABA permease  41.33 
 
 		 461 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.220085  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0284  GABA permease  41.33 
 
 		 461 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.466033  hitchhiker  0.000157703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2293  GABA permease  40.88 
 
 		 468 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0302  GABA permease  41.33 
 
 		 461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0415765 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1479  GABA permease  42.61 
 
 		 449 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10983  hitchhiker  0.00182133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2872  GABA permease  40.32 
 
 		 463 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3679  amino acid permease-associated region  39.78 
 
 		 460 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.720671  hitchhiker  0.00000622895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1758  amino acid permease-associated region  39.38 
 
 		 460 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0174265 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3380  amino acid permease-associated region  39.38 
 
 		 460 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4106  amino acid ABC transporter permease  39.38 
 
 		 460 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.486591 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1998  amino acid permease-associated region  41.56 
 
 		 608 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.89102 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4114  GABA permease  42.69 
 
 		 463 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10533  gaba permease gabP (4-amino butyrate transport carrier)  44.96 
 
 		 434 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2616  amino acid permease-associated region  40.13 
 
 		 464 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923502  normal  0.46243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0786  amino acid tranporter  37 
 
 		 459 aa  299  6e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528577  normal  0.194759 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5379  amino acid permease-associated region  37.44 
 
 		 459 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0243202  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3459  amino acid permease-associated region  37.67 
 
 		 459 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.105146  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4907  amino acid permease-associated region  37.67 
 
 		 459 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4926  GABA permease  40.22 
 
 		 461 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015996 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3753  amino acid permease-associated region  40.57 
 
 		 478 aa  294  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0313  GABA permease  39.78 
 
 		 463 aa  294  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3382  amino acid permease-associated region  41.71 
 
 		 606 aa  292  7e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3371  amino acid permease-associated region  41.71 
 
 		 606 aa  292  7e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3433  amino acid permease-associated region  41.71 
 
 		 606 aa  292  7e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2523  amino acid permease-associated region  43.52 
 
 		 464 aa  291  1e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1447  amino acid permease-associated region  37.59 
 
 		 460 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.302331  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2188  amino acid permease-associated region  42.79 
 
 		 491 aa  290  3e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.0000662916  hitchhiker  0.000260404 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0122  amino acid permease-associated region  41.45 
 
 		 606 aa  290  5.0000000000000004e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01580  gamma-aminobutyrate permease  41.32 
 
 		 475 aa  289  7e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.683743  normal  0.83882 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6223  amino acid permease-associated region  42.01 
 
 		 481 aa  289  8e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0205  gamma-aminobutyrate permease  41.32 
 
 		 475 aa  289  8e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.390807  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2021  amino acid permease-associated region  39.57 
 
 		 480 aa  286  4e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4407  amino acid ABC transporter permease  37.12 
 
 		 460 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0417319 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2459  amino acid permease-associated region  38.44 
 
 		 462 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167644  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  37.31 
 
 		 485 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0686  beta-alanine/gamma-aminobutyrate-H+ symporter  41.61 
 
 		 483 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  37.09 
 
 		 461 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  37.53 
 
 		 461 aa  281  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>