More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4114 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4627  amino acid permease-associated region  73.17 
 
 		 463 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000229605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4756  amino acid permease  72.95 
 
 		 463 aa  649    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000433889  hitchhiker  0.00291295 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4114  GABA permease  100 
 
 		 463 aa  918    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2293  GABA permease  71.43 
 
 		 468 aa  641    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0667  amino acid permease-associated region  73.35 
 
 		 464 aa  657    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.450649  normal  0.0171669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4765  amino acid permease-associated region  73.39 
 
 		 463 aa  653    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0494  GABA permease  63.6 
 
 		 463 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2583  GABA permease  63.6 
 
 		 463 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0522  GABA permease  63.6 
 
 		 463 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829612  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0205  gamma-aminobutyrate permease  70.47 
 
 		 475 aa  594  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.390807  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01580  gamma-aminobutyrate permease  70.47 
 
 		 475 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.683743  normal  0.83882 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0452  GABA permease  63.38 
 
 		 463 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.131648  normal  0.0220043 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2921  GABA permease  65 
 
 		 463 aa  589  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.84822  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0426  GABA permease  63.58 
 
 		 463 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3609  GABA transporter  63.95 
 
 		 463 aa  585  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1926  GABA permease  65.74 
 
 		 467 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.620655  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0515  GABA permease  65.51 
 
 		 467 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3590  GABA permease  65.74 
 
 		 541 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.566491  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3572  GABA permease  65.74 
 
 		 467 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0956  GABA permease  65.74 
 
 		 467 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3600  GABA permease  65.74 
 
 		 587 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18864  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0660  GABA permease  65.74 
 
 		 467 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2876  GABA permease  65.73 
 
 		 463 aa  581  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.975083  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3276  GABA permease  66.89 
 
 		 461 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4909  GABA permease  63.05 
 
 		 463 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0284  GABA permease  63.64 
 
 		 461 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.466033  hitchhiker  0.000157703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5356  gamma-aminobutyrate permease  62.83 
 
 		 463 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0302  GABA permease  63.64 
 
 		 461 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0415765 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0307  GABA permease  63.64 
 
 		 461 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.220085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0313  GABA permease  64.47 
 
 		 463 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374621  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2911  GABA permease  61.38 
 
 		 463 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2780  GABA permease  61.38 
 
 		 463 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.725918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4926  GABA permease  62.53 
 
 		 461 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015996 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2872  GABA permease  60.95 
 
 		 463 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02519  gamma-aminobutyrate transporter  59.32 
 
 		 466 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1020  GABA permease  59.55 
 
 		 466 aa  527  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2943  gamma-aminobutyrate transporter  59.32 
 
 		 466 aa  526  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3095  gamma-aminobutyrate transporter  60.55 
 
 		 466 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.5594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3218  gamma-aminobutyrate transporter  59.55 
 
 		 466 aa  527  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2990  gamma-aminobutyrate transporter  60.55 
 
 		 466 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0706778 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2973  gamma-aminobutyrate transporter  60.55 
 
 		 466 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  0.0482196 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1043  gamma-aminobutyrate transporter  59.55 
 
 		 466 aa  527  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2938  gamma-aminobutyrate transporter  60.09 
 
 		 466 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.111546 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3905  gamma-aminobutyrate transporter  59.32 
 
 		 466 aa  526  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.667666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2783  gamma-aminobutyrate transporter  59.55 
 
 		 466 aa  527  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.414998 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2798  gamma-aminobutyrate transporter  59.55 
 
 		 466 aa  527  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2906  gamma-aminobutyrate transporter  60.55 
 
 		 466 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02483  hypothetical protein  59.32 
 
 		 466 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1805  amino acid permease-associated region  55.65 
 
 		 469 aa  480  1e-134  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0607317  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2214  amino acid permease-associated region  53.04 
 
 		 469 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.369206  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2038  amino acid permease-associated region  52.6 
 
 		 470 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.948577 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3570  amino acid permease-associated region  55.08 
 
 		 460 aa  474  1e-132  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.406953  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2543  amino acid ABC transporter permease  54 
 
 		 470 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0431573 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3171  amino acid permease-associated region  54 
 
 		 470 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.12607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3380  amino acid permease-associated region  54.24 
 
 		 460 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4106  amino acid ABC transporter permease  53.35 
 
 		 460 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.486591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3679  amino acid permease-associated region  53.83 
 
 		 460 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.720671  hitchhiker  0.00000622895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1758  amino acid permease-associated region  53.71 
 
 		 460 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0174265 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3893  amino acid permease-associated region  51.21 
 
 		 472 aa  438  1e-121  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.375275 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1317  GABA permease  50.92 
 
 		 465 aa  415  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.319742  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4133  amino acid permease-associated region  50.71 
 
 		 472 aa  412  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3823  GABA permease  47.5 
 
 		 464 aa  398  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.110576  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3774  GABA permease  47.05 
 
 		 464 aa  393  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000143928  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3489  GABA permease  46.82 
 
 		 464 aa  392  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3751  GABA permease  46.36 
 
 		 487 aa  392  1e-107  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00254323  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3570  GABA permease  46.39 
 
 		 464 aa  387  1e-106  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.132748  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3468  gamma-aminobutyrate permease  46.39 
 
 		 464 aa  387  1e-106  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3482  gamma-aminobutyrate permease  46.39 
 
 		 464 aa  387  1e-106  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3853  GABA permease  46.39 
 
 		 464 aa  387  1e-106  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.261193  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2523  amino acid permease-associated region  49.88 
 
 		 464 aa  374  1e-102  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1479  GABA permease  47.83 
 
 		 449 aa  374  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10983  hitchhiker  0.00182133 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0122  amino acid permease-associated region  47.75 
 
 		 606 aa  365  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1998  amino acid permease-associated region  46.88 
 
 		 608 aa  361  1e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.89102 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3753  amino acid permease-associated region  45.41 
 
 		 478 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109507  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2021  amino acid permease-associated region  45.31 
 
 		 480 aa  359  6e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0906  amino acid permease-associated region  41.57 
 
 		 468 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10533  gaba permease gabP (4-amino butyrate transport carrier)  47.13 
 
 		 434 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3382  amino acid permease-associated region  45.05 
 
 		 606 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3371  amino acid permease-associated region  45.05 
 
 		 606 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3433  amino acid permease-associated region  45.05 
 
 		 606 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4525  amino acid permease-associated region  45.45 
 
 		 473 aa  356  5e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.411369 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0448  amino acid permease-associated region  41.67 
 
 		 456 aa  355  1e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.807242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4364  amino acid permease-associated region  45.71 
 
 		 476 aa  352  8e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.590232 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0686  beta-alanine/gamma-aminobutyrate-H+ symporter  45.48 
 
 		 483 aa  351  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6223  amino acid permease-associated region  45.96 
 
 		 481 aa  349  7e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22390  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  42.09 
 
 		 457 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2616  amino acid permease-associated region  43.33 
 
 		 464 aa  336  7e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923502  normal  0.46243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2002  amino acid transporter  44.92 
 
 		 473 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2188  amino acid permease-associated region  41.12 
 
 		 491 aa  327  3e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.0000662916  hitchhiker  0.000260404 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6620  amino acid permease-associated region  44.21 
 
 		 484 aa  322  7e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.693405 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3325  amino acid permease-associated region  43.66 
 
 		 471 aa  315  9.999999999999999e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3002  amino acid permease-associated region  42.69 
 
 		 455 aa  313  5.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.993611  normal  0.0187345 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3459  amino acid permease-associated region  39.82 
 
 		 459 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.105146  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4907  amino acid permease-associated region  39.82 
 
 		 459 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5379  amino acid permease-associated region  39.82 
 
 		 459 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0243202  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3734  GABA permease  52.81 
 
 		 309 aa  309  5.9999999999999995e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9528e-18 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0786  amino acid tranporter  38.98 
 
 		 459 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528577  normal  0.194759 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1107  amino acid permease-associated region  38.8 
 
 		 453 aa  305  1.0000000000000001e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.144574  normal  0.611938 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02211  amino acid transporter  41.54 
 
 		 462 aa  301  2e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.213349  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  37.41 
 
 		 485 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>