52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3463 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3463  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 236 aa  473  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.234764 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0345  PepSY-associated TM helix  49.25 
 
 		 247 aa  202  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.965963  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3753  hypothetical protein  44.35 
 
 		 234 aa  193  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0289731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0376  PepSY-associated TM helix  44.39 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.778755 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3580  PepSY-associated TM helix  42.48 
 
 		 234 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.590786 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2276  hypothetical protein  42.72 
 
 		 247 aa  174  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0509869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2335  hypothetical protein  42.29 
 
 		 246 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761845  normal  0.418419 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0271  hypothetical protein  40.09 
 
 		 252 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2410  hypothetical protein  39.48 
 
 		 234 aa  165  5e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0940252  normal  0.107205 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2356  hypothetical protein  44.34 
 
 		 234 aa  161  8.000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0344  PepSY-associated TM helix  42.78 
 
 		 238 aa  161  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.305287 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3510  PepSY-associated TM helix  36.57 
 
 		 241 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3439  PepSY-associated TM helix  36.95 
 
 		 221 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0734  hypothetical protein  38.1 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.611753  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3633  PepSY-associated TM helix  36.95 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0854  PepSY-associated TM helix  37.44 
 
 		 221 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0204  hypothetical protein  33.05 
 
 		 251 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2460  hypothetical protein  34.44 
 
 		 257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11713  hypothetical protein  33.33 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2357  PepSY-associated TM helix  33.04 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.402019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6865  hypothetical protein  33.05 
 
 		 259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6817  hypothetical protein  31.54 
 
 		 259 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1052  hypothetical protein  31.53 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0270  hypothetical protein  31.65 
 
 		 241 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.37 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3511  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.37 
 
 		 258 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3440  PepSY-associated TM helix domain protein  28.37 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2409  PepSY-associated TM helix  26.11 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0289711  normal  0.0591759 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2277  Na+-transporting NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NqrF  29.29 
 
 		 639 aa  82  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.52996  normal  0.712445 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3634  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.91 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0735  hypothetical protein  26.69 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.26 
 
 		 359 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.798295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3754  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.75 
 
 		 359 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0303924 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2334  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  25.89 
 
 		 658 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0217317  normal  0.528208 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3464  ferredoxin  27.62 
 
 		 375 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3581  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0343  ferredoxin  29.26 
 
 		 346 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.799415  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0832  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 475 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0344  ferredoxin  23.55 
 
 		 378 aa  53.9  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.253262  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2117  PepSY-associated TM helix domain protein  23.32 
 
 		 519 aa  52.4  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0228  PepSY-associated TM helix domain protein  24.27 
 
 		 481 aa  52  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.557536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0101  PepSY-associated TM helix  26.81 
 
 		 482 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0410  PepSY-associated TM helix domain protein  27.89 
 
 		 481 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05650  hypothetical protein  24.8 
 
 		 492 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1406  PepSY-associated TM helix domain protein  30.68 
 
 		 471 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.798402  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0701  PepSY-associated TM helix  28.12 
 
 		 482 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.326156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1525  PepSY-associated TM helix domain protein  25.13 
 
 		 517 aa  45.4  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0860  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.07 
 
 		 488 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0536  hypothetical protein  24.4 
 
 		 492 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.569284  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0908  PepSY-associated TM helix domain protein  23.61 
 
 		 499 aa  45.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.957301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0059  hypothetical protein  20.9 
 
 		 501 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2332  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.73 
 
 		 517 aa  43.9  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348267  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>