56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0344 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0344  ferredoxin  100 
 
 		 378 aa  778    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.253262  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.47 
 
 		 359 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.798295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3754  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.68 
 
 		 359 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0303924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3581  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 359 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3464  ferredoxin  34.37 
 
 		 375 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0343  ferredoxin  34.55 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.799415  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2334  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  30.25 
 
 		 658 aa  106  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0217317  normal  0.528208 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2277  Na+-transporting NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NqrF  27.97 
 
 		 639 aa  106  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.52996  normal  0.712445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0270  hypothetical protein  30.16 
 
 		 241 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2460  hypothetical protein  30.68 
 
 		 257 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3634  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.33 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0735  hypothetical protein  26.4 
 
 		 256 aa  75.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1052  hypothetical protein  25.1 
 
 		 245 aa  75.5  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3440  PepSY-associated TM helix domain protein  28.39 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3511  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.54 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.05 
 
 		 258 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0204  hypothetical protein  25.41 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2357  PepSY-associated TM helix  25.7 
 
 		 238 aa  68.9  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.402019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2276  hypothetical protein  23.79 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0509869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2335  hypothetical protein  25.64 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761845  normal  0.418419 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3463  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 236 aa  54.7  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.234764 
 
 
-
 
NC_002620  TC0116  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  40 
 
 		 431 aa  53.5  0.000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2711  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  36.45 
 
 		 554 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6865  hypothetical protein  25.98 
 
 		 259 aa  52.8  0.000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4322  ferredoxin  35.71 
 
 		 611 aa  52.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0101  PepSY-associated TM helix  22.18 
 
 		 482 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2745  ferredoxin  34.88 
 
 		 499 aa  52.8  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.168531  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3132  PepSY-associated TM helix domain protein  24.02 
 
 		 510 aa  52.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.268952  normal  0.785962 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2410  hypothetical protein  23.29 
 
 		 234 aa  52.4  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0940252  normal  0.107205 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0701  PepSY-associated TM helix  22.22 
 
 		 482 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.326156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0908  PepSY-associated TM helix domain protein  26.6 
 
 		 499 aa  49.7  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.957301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0271  hypothetical protein  25.29 
 
 		 252 aa  49.7  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0692  hypothetical protein  38.3 
 
 		 517 aa  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0376  PepSY-associated TM helix  25.85 
 
 		 235 aa  47.8  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.778755 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0734  hypothetical protein  22.77 
 
 		 235 aa  47  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.611753  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2356  hypothetical protein  24.88 
 
 		 234 aa  47  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2384  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  36.21 
 
 		 407 aa  47  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12138  NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit  34.43 
 
 		 434 aa  46.2  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3510  PepSY-associated TM helix  23.33 
 
 		 241 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2165  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.26 
 
 		 407 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0066  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  39.19 
 
 		 372 aa  45.4  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3331  hypothetical protein  22.96 
 
 		 497 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.525329 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1398  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  38.1 
 
 		 685 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1716  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  32.79 
 
 		 408 aa  44.3  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0915983  normal  0.0536811 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2076  ferredoxin  40.43 
 
 		 534 aa  44.7  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.083 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3412  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  36.07 
 
 		 407 aa  43.9  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0792891  normal  0.513538 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0108  hypothetical protein  21.19 
 
 		 475 aa  44.3  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1926  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  31.15 
 
 		 408 aa  43.5  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.300144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25350  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.95 
 
 		 407 aa  43.9  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1574  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.68 
 
 		 410 aa  43.9  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.136104  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6817  hypothetical protein  24.9 
 
 		 259 aa  43.5  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0633  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit F  33.33 
 
 		 369 aa  43.5  0.006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0441983  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1384  ferredoxin  32.94 
 
 		 618 aa  43.5  0.007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.809303  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0036  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.95 
 
 		 437 aa  43.5  0.007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2409  PepSY-associated TM helix  23.35 
 
 		 244 aa  43.1  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0289711  normal  0.0591759 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1368  ferredoxin  30.1 
 
 		 615 aa  42.7  0.009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.348316 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>