30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0701 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0101  PepSY-associated TM helix  82.99 
 
 		 482 aa  815    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0410  PepSY-associated TM helix domain protein  71.52 
 
 		 481 aa  689    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0701  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 482 aa  951    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.326156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0228  PepSY-associated TM helix domain protein  54.15 
 
 		 481 aa  462  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.557536 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1406  PepSY-associated TM helix domain protein  54.12 
 
 		 471 aa  443  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.798402  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0832  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  50.84 
 
 		 475 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0108  hypothetical protein  41.54 
 
 		 475 aa  330  3e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0860  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.39 
 
 		 488 aa  324  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0536  hypothetical protein  40.41 
 
 		 492 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.569284  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05650  hypothetical protein  40.82 
 
 		 492 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2117  PepSY-associated TM helix domain protein  35.77 
 
 		 519 aa  279  7e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3656  hypothetical protein  39.67 
 
 		 510 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00652624  normal  0.297307 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4739  hypothetical protein  40.24 
 
 		 524 aa  269  8.999999999999999e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1525  PepSY-associated TM helix domain protein  37.8 
 
 		 517 aa  259  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3132  PepSY-associated TM helix domain protein  31.19 
 
 		 510 aa  258  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.268952  normal  0.785962 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3331  hypothetical protein  38.83 
 
 		 497 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.525329 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2332  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.62 
 
 		 517 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0059  hypothetical protein  32.92 
 
 		 501 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4221  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.19 
 
 		 477 aa  239  8e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0908  PepSY-associated TM helix domain protein  35.35 
 
 		 499 aa  230  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.957301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3461  putative membrane/exported protein of unknown function  37.68 
 
 		 484 aa  220  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.412473 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0204  hypothetical protein  27.27 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0103  hypothetical protein  40 
 
 		 78 aa  50.8  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.928575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2276  hypothetical protein  25.22 
 
 		 247 aa  50.4  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0509869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2335  hypothetical protein  28.33 
 
 		 246 aa  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761845  normal  0.418419 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0344  ferredoxin  22.17 
 
 		 378 aa  47.8  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.253262  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3463  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 236 aa  47.8  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.234764 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0345  PepSY-associated TM helix  26.8 
 
 		 247 aa  46.6  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.965963  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2460  hypothetical protein  24.69 
 
 		 257 aa  44.7  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3708  hypothetical protein  31.71 
 
 		 476 aa  43.9  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>