74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3464 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3464  ferredoxin  100 
 
 		 375 aa  769    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3754  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.09 
 
 		 359 aa  241  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0303924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3581  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.08 
 
 		 359 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.29 
 
 		 359 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.798295 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0344  ferredoxin  34.37 
 
 		 378 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.253262  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0343  ferredoxin  31.32 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.799415  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2334  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  30.88 
 
 		 658 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0217317  normal  0.528208 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0270  hypothetical protein  28.69 
 
 		 241 aa  93.2  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2277  Na+-transporting NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NqrF  29.14 
 
 		 639 aa  90.9  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.52996  normal  0.712445 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2460  hypothetical protein  27.24 
 
 		 257 aa  90.1  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0735  hypothetical protein  30.08 
 
 		 256 aa  85.5  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2357  PepSY-associated TM helix  27.64 
 
 		 238 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.402019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3634  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3440  PepSY-associated TM helix domain protein  28.92 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3511  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.82 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.19 
 
 		 258 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2409  PepSY-associated TM helix  23.67 
 
 		 244 aa  65.1  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0289711  normal  0.0591759 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2410  hypothetical protein  22.08 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0940252  normal  0.107205 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3463  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.5 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.234764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2335  hypothetical protein  24.43 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761845  normal  0.418419 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0204  hypothetical protein  24.37 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1052  hypothetical protein  22.46 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2745  ferredoxin  52.27 
 
 		 499 aa  57.4  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.168531  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4322  ferredoxin  43.08 
 
 		 611 aa  57  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0649  hypothetical protein  36.25 
 
 		 612 aa  56.6  0.0000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.891312  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0648  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.15 
 
 		 365 aa  56.6  0.0000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2356  hypothetical protein  24.46 
 
 		 234 aa  55.8  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3753  hypothetical protein  25 
 
 		 234 aa  53.9  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0289731 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12138  NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit  41.67 
 
 		 434 aa  53.5  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0376  PepSY-associated TM helix  24.68 
 
 		 235 aa  53.1  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.778755 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2276  hypothetical protein  21.05 
 
 		 247 aa  52.8  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0509869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0344  PepSY-associated TM helix  21.56 
 
 		 238 aa  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.305287 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0692  hypothetical protein  37.93 
 
 		 517 aa  51.6  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3412  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  37.5 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0792891  normal  0.513538 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3510  PepSY-associated TM helix  23.46 
 
 		 241 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3580  PepSY-associated TM helix  22.51 
 
 		 234 aa  50.4  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.590786 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3132  PepSY-associated TM helix domain protein  25.88 
 
 		 510 aa  49.7  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.268952  normal  0.785962 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0730  ferredoxin  36.92 
 
 		 570 aa  49.3  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.281306  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0036  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  33.85 
 
 		 437 aa  49.3  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6865  hypothetical protein  22.86 
 
 		 259 aa  48.9  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0428  ferredoxin  39.68 
 
 		 605 aa  49.3  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0066  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  41.38 
 
 		 372 aa  49.7  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15350  ferredoxin  42.62 
 
 		 598 aa  48.5  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0633  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit F  31.15 
 
 		 369 aa  48.9  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0441983  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2035  ferredoxin  45.45 
 
 		 514 aa  48.1  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000915993  hitchhiker  0.000116196 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25350  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.69 
 
 		 407 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3201  ferredoxin  40 
 
 		 614 aa  46.6  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1042  ferredoxin  31.03 
 
 		 612 aa  46.6  0.0008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.745403  normal  0.711049 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1824  ferredoxin  38.89 
 
 		 592 aa  45.8  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2076  ferredoxin  35.19 
 
 		 534 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.083 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0271  hypothetical protein  24.07 
 
 		 252 aa  45.4  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2165  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.87 
 
 		 407 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2384  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  38.1 
 
 		 407 aa  46.2  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0816  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  32.86 
 
 		 407 aa  46.2  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.709855  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1574  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  26.98 
 
 		 410 aa  44.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.136104  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0734  hypothetical protein  22.77 
 
 		 235 aa  45.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.611753  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6817  hypothetical protein  25.64 
 
 		 259 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26170  uncharacterized metal-binding protein  37.1 
 
 		 606 aa  45.1  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.911751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_608  iron-sulfur cluster binding protein  31.76 
 
 		 640 aa  44.3  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0078  ferredoxin  38.89 
 
 		 592 aa  44.7  0.003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.483879  normal  0.0362162 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3879  ferredoxin  33.33 
 
 		 616 aa  43.9  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0639  ferredoxin  32 
 
 		 640 aa  44.3  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0345  PepSY-associated TM helix  23.3 
 
 		 247 aa  44.3  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.965963  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2795  ferredoxin  35.38 
 
 		 638 aa  43.9  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0095  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  31.51 
 
 		 412 aa  43.5  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1926  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  35.48 
 
 		 408 aa  43.5  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.300144  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2429  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  33.33 
 
 		 411 aa  43.5  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0704  iron-sulfur cluster binding protein  37.29 
 
 		 640 aa  43.9  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0670  iron-sulfur cluster binding protein  37.29 
 
 		 640 aa  43.9  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2109  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  35.48 
 
 		 411 aa  43.5  0.006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1716  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  32.43 
 
 		 408 aa  43.1  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0915983  normal  0.0536811 
 
 
-
 
NC_002620  TC0116  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  32.76 
 
 		 431 aa  43.1  0.008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2653  ferredoxin  33.72 
 
 		 124 aa  42.7  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0837  ferredoxin  40 
 
 		 592 aa  42.7  0.009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.957001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>