More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2334 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2334  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  100 
 
 
658 aa  1368    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0217317  normal  0.528208 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2277  Na+-transporting NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NqrF  50.07 
 
 
639 aa  638    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.52996  normal  0.712445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0270  hypothetical protein  53.39 
 
 
241 aa  261  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0735  hypothetical protein  49.8 
 
 
256 aa  239  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1802  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.02 
 
 
407 aa  182  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0589652  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0095  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.88 
 
 
412 aa  182  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2109  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.89 
 
 
411 aa  174  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1600  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.43 
 
 
407 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00235477  normal  0.010966 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1926  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.37 
 
 
408 aa  174  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.300144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14640  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.43 
 
 
407 aa  174  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.405931  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2429  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.89 
 
 
411 aa  173  7.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1716  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.18 
 
 
408 aa  172  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0915983  normal  0.0536811 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2384  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.18 
 
 
407 aa  170  6e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2165  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.39 
 
 
407 aa  169  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25350  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.39 
 
 
407 aa  169  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1574  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.43 
 
 
410 aa  167  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.136104  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3412  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.36 
 
 
407 aa  167  8e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0792891  normal  0.513538 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0816  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.43 
 
 
407 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.709855  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3206  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  31.81 
 
 
405 aa  163  9e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.619292  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2976  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  31.08 
 
 
405 aa  163  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3440  PepSY-associated TM helix domain protein  37.97 
 
 
258 aa  161  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3400  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.27 
 
 
405 aa  161  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.541196  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3511  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.49 
 
 
258 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1578  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.52 
 
 
405 aa  159  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0753  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.67 
 
 
405 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0907  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.67 
 
 
405 aa  158  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3373  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.42 
 
 
405 aa  158  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3634  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.08 
 
 
260 aa  158  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.22 
 
 
258 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3267  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.17 
 
 
405 aa  157  6e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0854  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.42 
 
 
405 aa  156  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0858084  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2704  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.17 
 
 
405 aa  154  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0023982 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2541  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.14 
 
 
406 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3490  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.93 
 
 
405 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0958  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.68 
 
 
407 aa  153  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3559  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.93 
 
 
405 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3577  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.54 
 
 
405 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.606717  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1085  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.28 
 
 
407 aa  147  7.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12138  NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit  25.67 
 
 
434 aa  146  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3426  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.89 
 
 
415 aa  146  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3312  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.2 
 
 
407 aa  144  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.588875  hitchhiker  0.0000291382 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3300  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.2 
 
 
407 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.92794  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0759  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.93 
 
 
405 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.516373  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3161  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.2 
 
 
407 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00750  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.65 
 
 
410 aa  144  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3680  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.68 
 
 
405 aa  143  8e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0438325 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0751  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.02 
 
 
407 aa  143  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.013276  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0457  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  30.02 
 
 
408 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.323552  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0954  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  29.31 
 
 
415 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000185689  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0116  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.11 
 
 
431 aa  140  6e-32  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2177  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.55 
 
 
412 aa  139  1e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03270  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  26.26 
 
 
407 aa  139  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2380  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.83 
 
 
409 aa  139  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.650264  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3612  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.15 
 
 
415 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.538206  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1879  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.21 
 
 
408 aa  137  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.876962  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2133  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.24 
 
 
409 aa  137  5e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0420648  normal  0.988223 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2876  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.74 
 
 
415 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3433  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.44 
 
 
418 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690048  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3558  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.44 
 
 
418 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00671502  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3361  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.44 
 
 
418 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00861649  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0929  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.44 
 
 
418 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.340506  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0941  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.74 
 
 
418 aa  137  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.108525  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0979  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.74 
 
 
418 aa  137  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1108  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.44 
 
 
418 aa  137  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0036  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  25.93 
 
 
437 aa  137  9e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2534  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.9 
 
 
418 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.948189 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0066  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  26.72 
 
 
372 aa  136  9.999999999999999e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0954  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.42 
 
 
408 aa  135  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.310824  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0987  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.71 
 
 
408 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00101326  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1688  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.43 
 
 
407 aa  134  3.9999999999999996e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0943  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.44 
 
 
418 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669911  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0945  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  28.14 
 
 
418 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0537088  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002712  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  26.54 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3098  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F  27.72 
 
 
415 aa  132  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0648  oxidoreductase FAD-binding subunit  26.85 
 
 
365 aa  128  3e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2125  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.97 
 
 
765 aa  127  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517485  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0633  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit F  27.38 
 
 
369 aa  122  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0441983  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3464  ferredoxin  31.71 
 
 
375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2460  hypothetical protein  30.34 
 
 
257 aa  107  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2357  PepSY-associated TM helix  32 
 
 
238 aa  107  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.402019  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0344  ferredoxin  30.25 
 
 
378 aa  107  9e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.253262  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.3 
 
 
359 aa  107  9e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.798295 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3581  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.68 
 
 
359 aa  106  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3754  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.33 
 
 
359 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0303924 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0204  hypothetical protein  30.21 
 
 
251 aa  102  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4185  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  24 
 
 
752 aa  100  8e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.452741 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3633  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  24.24 
 
 
341 aa  95.9  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1223  oxidoreductase  26.21 
 
 
343 aa  95.9  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256584  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2409  PepSY-associated TM helix  28.7 
 
 
244 aa  96.3  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0289711  normal  0.0591759 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3238  oxidoreductase FAD-binding subunit  23.82 
 
 
338 aa  95.1  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.408698  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2876  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  35.67 
 
 
173 aa  94.7  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3630  multidomain oxidoreductase  22.4 
 
 
334 aa  94.4  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0951  propane monoxygenase reductase  24.87 
 
 
353 aa  90.1  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3111  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  23.87 
 
 
351 aa  89.4  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.461281  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3358  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  25.12 
 
 
354 aa  89.4  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1828  putative CDP-6-deoxy-delta-3,4- glucoseen reductase  23.27 
 
 
341 aa  89.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3631  putative phenol hydroxylase (phenol 2-monooxygenase P5 component)  24.55 
 
 
356 aa  88.6  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.411014 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2519  oxidoreductase FAD-binding region  23.12 
 
 
350 aa  89  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4410  oxidoreductase FAD-binding subunit  22.89 
 
 
376 aa  88.2  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.421266 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1261  ferredoxin  24.43 
 
 
356 aa  88.2  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.842707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>