More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_05060 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_05060  transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  604  9.999999999999999e-173  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 296 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4995  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.631415  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  30.72 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1680  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21592  normal  0.237518 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 307 aa  89.4  7e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0412  transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0159161  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.61 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 313 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 301 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 320 aa  86.3  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 317 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.46 
 
 		 296 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 293 aa  85.9  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  26.71 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.92 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  22.42 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.9 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  33.92 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.9 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.2 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.9 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.33 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  32.88 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  26.19 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.87 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.87 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.87 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  24.05 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.87 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  26.97 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  25.25 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 327 aa  82  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  27.82 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>