155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3705 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3705  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 109 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0534968  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1621  anti-sigma-factor antagonist  33.02 
 
 		 110 aa  63.9  0.0000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2451  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 100 aa  61.2  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1352  anti-sigma-factor antagonist  29.81 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0187779  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0353  anti-sigma-factor antagonist  28.04 
 
 		 115 aa  60.5  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8450  anti-sigma-factor antagonist  28.57 
 
 		 113 aa  59.3  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000560985 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0115  anti-sigma-factor antagonist  25.96 
 
 		 110 aa  58.5  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2907  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  29.13 
 
 		 111 aa  58.2  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1334  anti-sigma-factor antagonist  28.85 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0232359  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3867  Anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)-like protein  29.9 
 
 		 114 aa  56.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0564534  normal  0.0300049 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3055  anti-sigma factor antagonist  25 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1231  anti-sigma-factor antagonist  29.91 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0872  anti-sigma-factor antagonist  30.1 
 
 		 120 aa  55.5  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2044  anti-sigma-factor antagonist  30 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000100859  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0035  anti-sigma-factor antagonist  24.53 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4828  anti-sigma-factor antagonist  26.8 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5360  anti-sigma-factor antagonist  27.37 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5267  anti-sigma-factor antagonist  24.74 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0135  anti-sigma F factor antagonist  20.75 
 
 		 117 aa  52.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1015  anti-sigma-factor antagonist  27.1 
 
 		 107 aa  53.5  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155666  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1427  anti-anti-sigma factor  32.73 
 
 		 111 aa  52  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473908  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0208  anti-sigma-factor antagonist  29.59 
 
 		 103 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1431  anti-anti-sigma factor family protein  29.36 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1975  anti-sigma-factor antagonist  26.21 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.441965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0483  anti-sigma-factor antagonist  26.32 
 
 		 122 aa  51.6  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0339513  hitchhiker  0.00320787 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1567  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  31.11 
 
 		 112 aa  51.6  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.329396 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0501  anti-sigma-factor antagonist  25.71 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2660  anti-sigma-factor antagonist  31 
 
 		 111 aa  50.8  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.144992  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4431  anti-sigma-factor antagonist  31.31 
 
 		 100 aa  50.4  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1183  anti-sigma-factor antagonist  34.65 
 
 		 112 aa  50.4  0.000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1122  anti-anti-sigma factor  26.21 
 
 		 112 aa  50.1  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0122  anti-sigma factor antagonist  25 
 
 		 117 aa  50.1  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.672861  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0471  anti-sigma-factor antagonist  26.21 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00988083  hitchhiker  0.0000661434 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0371  anti-anti-sigma factor  25.23 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.117703  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0312  anti-sigma-factor antagonist  24.76 
 
 		 113 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7537  hypothetical protein  25.25 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.773264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4411  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  29.81 
 
 		 133 aa  48.9  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1523  anti-sigma-factor antagonist and sugar transfersase  27.18 
 
 		 336 aa  49.3  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.229071  normal  0.0638325 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5320  anti-sigma-factor antagonist  25.51 
 
 		 115 aa  48.9  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.232831 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3767  anti-sigma-factor antagonist  26.67 
 
 		 117 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0751293  unclonable  0.00000923115 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1084  anti sigma b factor antagonist RsbV  27.91 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2101  anti-sigma-factor antagonist  30.19 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4848  anti-sigma-factor antagonist  27.96 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0951523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5225  anti-sigma-factor antagonist  26.67 
 
 		 157 aa  48.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0769527 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1827  anti-sigma-factor antagonist  29.41 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0252  anti-sigma-factor antagonist  23.23 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00491893 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2067  anti-sigma-factor antagonist  23.23 
 
 		 112 aa  48.1  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02233  hypothetical protein  26.67 
 
 		 106 aa  47.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4302  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  23.81 
 
 		 113 aa  47.8  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1978  anti-sigma-factor antagonist  25.64 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0312  hypothetical protein, putative anti-sigma factor antagonist  26.67 
 
 		 105 aa  47.4  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1686  anti-sigma B factor antagonist  30.48 
 
 		 111 aa  47  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2516  anti-sigma-factor antagonist  29.79 
 
 		 114 aa  47  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.206701 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0024  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  29.76 
 
 		 105 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0066  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 114 aa  46.2  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.517234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6798  Anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)-like protein  24.27 
 
 		 150 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0628  anti-sigma-factor antagonist  26.67 
 
 		 117 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34950  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  32.58 
 
 		 105 aa  47  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0660877  normal  0.672148 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1157  anti sigma b factor antagonist RsbV  26.74 
 
 		 112 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2642  anti-sigma-factor antagonist  29.17 
 
 		 106 aa  47  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000138005  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003528  anti-anti-sigma regulatory factor  23.91 
 
 		 106 aa  46.2  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0221  anti-sigma-factor antagonist  24.27 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1453  anti-sigma-factor antagonist  31.43 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0890138  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1585  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.760541 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3722  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  30.68 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.853614  normal  0.538424 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4580  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  26.6 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.81884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2747  anti-sigma-factor antagonist  24.77 
 
 		 110 aa  46.2  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2121  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  29.52 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2459  anti-sigma-factor antagonist  23.23 
 
 		 117 aa  46.2  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00017667  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0494  putative anti-anti-sigma regulatory factor  23.58 
 
 		 116 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.937687 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0407  anti-sigma-factor antagonist  26.04 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0613  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)-like protein  27.18 
 
 		 110 aa  46.2  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2833  anti-anti-sigma factor  26.8 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0416  anti-sigma-factor antagonist  26.04 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0395  anti-sigma-factor antagonist  26.04 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126622  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2945  anti-sigma-factor antagonist  24.75 
 
 		 113 aa  45.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0435  anti-sigma-factor antagonist  31.07 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6632  anti-sigma-factor antagonist  25.51 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0661941 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2649  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.779168  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4272  anti sigma b factor antagonist RsbV  26.73 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0129629  hitchhiker  0.00320948 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0926  anti sigma b factor antagonist RsbV  26.74 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0911  anti-sigma B factor antagonist (RsbV)  25.58 
 
 		 111 aa  45.4  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000190943  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0894  anti-sigma B factor antagonist  26.74 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1874  anti- anti-sigma regulatory factor  27 
 
 		 113 aa  45.4  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000307887  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0990  anti sigma b factor antagonist RsbV  26.74 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5403  anti-sigma-factor antagonist  27.72 
 
 		 118 aa  45.4  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1117  anti-sigma-factor antagonist  27.91 
 
 		 117 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113154  normal  0.94353 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2976  anti-sigma factor antagonist  30.97 
 
 		 111 aa  45.1  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.467221  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1836  anti-sigma-factor antagonist  24 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3451  anti-sigma-factor antagonist  26.36 
 
 		 110 aa  45.1  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3686  anti-sigma-factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.426422 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2424  anti-sigma-factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3493  anti-sigma-factor antagonist  23.42 
 
 		 123 aa  44.7  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.892416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2150  anti-sigma-factor antagonist  23.23 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302168  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1972  anti-sigma-factor antagonist  28.87 
 
 		 111 aa  43.9  0.0006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000507939  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2671  anti-sigma-factor antagonist  26.19 
 
 		 119 aa  43.9  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1167  anti-sigma-factor antagonist  25 
 
 		 127 aa  43.9  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000216807 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1430  anti-sigma-factor antagonist  24.49 
 
 		 121 aa  43.5  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1700  anti-sigma-factor antagonist  25.77 
 
 		 113 aa  43.9  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.293305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1066  anti sigma b factor antagonist RsbV  25.88 
 
 		 112 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8531e-37 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>