241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2945 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2945  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 113 aa  228  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1700  anti-sigma-factor antagonist  87.5 
 
 		 113 aa  204  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.293305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1430  anti-sigma-factor antagonist  71.17 
 
 		 121 aa  168  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2011  anti-sigma-factor antagonist  61.82 
 
 		 131 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.382584  normal  0.0232293 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1431  anti-anti-sigma factor family protein  34.95 
 
 		 114 aa  82  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5267  anti-sigma-factor antagonist  32.35 
 
 		 118 aa  71.2  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2660  anti-sigma-factor antagonist  37.65 
 
 		 111 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.144992  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0395  anti-sigma-factor antagonist  29.63 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126622  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0792  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 112 aa  68.2  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0407  anti-sigma-factor antagonist  29.63 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0416  anti-sigma-factor antagonist  29.63 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2516  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 114 aa  66.2  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.206701 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1972  anti-sigma-factor antagonist  30.39 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000507939  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1585  anti-sigma-factor antagonist  36.78 
 
 		 113 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.760541 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0035  anti-sigma-factor antagonist  26.79 
 
 		 116 aa  65.1  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0024  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  38.54 
 
 		 105 aa  64.3  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1702  anti-anti-sigma regulatory factor  28.32 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.39095  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1427  anti-anti-sigma factor  33.01 
 
 		 111 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473908  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3055  anti-sigma factor antagonist  33.71 
 
 		 151 aa  62.4  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1874  anti- anti-sigma regulatory factor  34.02 
 
 		 113 aa  61.6  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000307887  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1146  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  33.33 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0512464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0435  anti-sigma-factor antagonist  30.77 
 
 		 102 aa  62  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2044  anti-sigma-factor antagonist  33.98 
 
 		 111 aa  61.6  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000100859  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0283  anti-sigma-factor antagonist  33.67 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2649  anti-sigma-factor antagonist  35.63 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.779168  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2101  anti-sigma-factor antagonist  34.95 
 
 		 111 aa  60.8  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1523  anti-sigma-factor antagonist  39.22 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0135  anti-sigma F factor antagonist  30.39 
 
 		 117 aa  59.7  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1686  anti-sigma B factor antagonist  38.96 
 
 		 111 aa  58.9  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0920  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 115 aa  57.8  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4431  anti-sigma-factor antagonist  32.95 
 
 		 100 aa  58.2  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3451  anti-sigma-factor antagonist  28 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2976  anti-sigma factor antagonist  43.75 
 
 		 111 aa  55.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.467221  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0371  anti-anti-sigma factor  29.47 
 
 		 112 aa  55.5  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.117703  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0996  anti-anti-sigma regulatory factor  31.52 
 
 		 112 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1567  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  35.53 
 
 		 112 aa  55.1  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.329396 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1279  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  48.44 
 
 		 112 aa  54.7  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0179706  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0177  anti-sigma-factor antagonist  32.99 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2616  anti-sigma-factor antagonist  28.57 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0115  anti-sigma-factor antagonist  30.43 
 
 		 110 aa  54.7  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1117  anti-sigma-factor antagonist  26.88 
 
 		 117 aa  55.1  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113154  normal  0.94353 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0872  anti-sigma-factor antagonist  29.52 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4413  anti-sigma-factor antagonist  34.57 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0192298 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0353  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 115 aa  54.3  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0122  anti-sigma factor antagonist  25.93 
 
 		 117 aa  53.9  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.672861  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1498  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  45.16 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2189  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 111 aa  53.9  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4411  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  31.37 
 
 		 133 aa  53.5  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1392  anti-sigma-factor antagonist  32.04 
 
 		 114 aa  53.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0962748  normal  0.699009 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2747  anti-sigma-factor antagonist  32.5 
 
 		 110 aa  52.8  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4032  anti-anti-sigma factor  34.57 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.175492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2672  anti-sigma-factor antagonist  32.05 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4611  anti-sigma-factor antagonist  36.49 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.335434  normal  0.584863 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2079  anti-sigma-factor antagonist  33.77 
 
 		 111 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.632413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2898  anti-sigma-factor antagonist  27.27 
 
 		 104 aa  52.8  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195933  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1103  anti-sigma-factor antagonist  32.67 
 
 		 112 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2150  anti-sigma-factor antagonist  30.53 
 
 		 99 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0483  anti-sigma-factor antagonist  29.21 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0339513  hitchhiker  0.00320787 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2764  anti-sigma factor antagonist  24.24 
 
 		 122 aa  52  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2067  anti-sigma-factor antagonist  26.85 
 
 		 112 aa  52  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1364  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  33.7 
 
 		 117 aa  51.6  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.941434 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1765  anti-sigma-factor antagonist  35 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2671  anti-sigma-factor antagonist  32.88 
 
 		 119 aa  51.6  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2307  anti-sigma F factor antagonist  28.16 
 
 		 111 aa  51.6  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2022  anti-sigma F factor antagonist  28.16 
 
 		 111 aa  51.6  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2451  anti-sigma-factor antagonist  30.23 
 
 		 100 aa  52  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2773  anti-sigma-factor antagonist  30.53 
 
 		 116 aa  51.2  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.165938  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0066  anti-sigma-factor antagonist  37.18 
 
 		 114 aa  51.2  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.517234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1975  anti-sigma-factor antagonist  26.37 
 
 		 113 aa  51.2  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.441965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0751  anti-sigma-factor antagonist  27.72 
 
 		 111 aa  51.2  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0517631  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4443  anti-sigma-factor antagonist  31.4 
 
 		 114 aa  51.6  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1663  anti-sigma-factor antagonist  29.63 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1736  anti-sigma-factor antagonist  29.63 
 
 		 113 aa  50.8  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1941  anti-sigma-factor antagonist  30.68 
 
 		 114 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623131  normal  0.231223 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3767  anti-sigma-factor antagonist  34.92 
 
 		 117 aa  50.8  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0751293  unclonable  0.00000923115 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1259  anti-sigma-factor antagonist  25.49 
 
 		 110 aa  50.8  0.000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07000  anti-sigma-factor antagonist spoIIAA  28.43 
 
 		 120 aa  50.4  0.000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1843  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1869  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.735453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1621  anti-sigma-factor antagonist  39.06 
 
 		 110 aa  50.4  0.000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2907  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  39.74 
 
 		 111 aa  50.4  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1017  anti-sigma-factor antagonist  27.08 
 
 		 117 aa  50.1  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.128025  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4828  anti-sigma-factor antagonist  26.88 
 
 		 117 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0720  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  23.36 
 
 		 110 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4302  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  27.47 
 
 		 113 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2467  anti-sigma-factor antagonist  26.32 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0628  anti-sigma-factor antagonist  26.14 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1015  anti-sigma-factor antagonist  30.97 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155666  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4144  anti-sigma F factor antagonist  30.53 
 
 		 116 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.131803  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3985  anti-sigma F factor antagonist  30.53 
 
 		 116 aa  48.9  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.342658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3815  anti-sigma F factor antagonist  30.53 
 
 		 116 aa  48.9  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4096  anti-sigma F factor antagonist  30.53 
 
 		 116 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.64366e-25 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3195  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 132 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1423  anti-sigma-factor antagonist  26.55 
 
 		 116 aa  49.3  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0182  anti-sigma-factor antagonist  31.03 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.143145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1231  anti-sigma-factor antagonist  31 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0347  anti-sigma-factor antagonist  22.73 
 
 		 117 aa  48.9  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4184  anti-sigma F factor antagonist  30.53 
 
 		 116 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0744787  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4207  anti-sigma F factor antagonist  30.53 
 
 		 116 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263049  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0312  anti-sigma-factor antagonist  28.41 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.123512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>